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虚拟小鼠模拟服务器

Simulated Mouse MCP Server 是一个基于模型上下文协议（MCP）的虚拟小鼠实验室平台，提供基因组数据集成、行为模拟和生物标志物生成功能，适用于生物医学研究。

  • by mihirchanduka
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 mihirchanduka/SimuMouseMCP

使用说明

模拟鼠标MCP服务器-便携包

此便携式软件包包含将模拟鼠标MCP服务器部署到Dedalus所需的一切。此包可以直接复制到您的 SimulatedMouseMCP 存储库。

概述

模拟小鼠MCP服务器为研究人员提供了使用真实GRCm39基因组数据在计算机上运行小鼠模拟和实验的能力。它实现了模型上下文协议（MCP），允许AI模型访问虚拟鼠标实验室功能。

包含的文件

核心文件

  • pyproject.toml -具有依赖关系的项目配置
  • main.py -Dedalus期望的切入点
  • requirements.txt -必需的Python包
  • README.md -此文件
  • deploy.sh -自动部署脚本

源代码

  • src/main.py -MCP服务器实现
  • virtual_mouse_lab.py -核心虚拟鼠标实验室功能
  • main_api.py -API模型和定义
  • 用于基因组处理和模拟的附加核心文件

数据和模型模块

  • model/ -机器学习模型和预测算法
  • data/ -鼠标数据的统一数据模型
  • genome/ -基因组处理工具
  • behavior/ -行为模拟模块
  • blood_work/ -血液工作模拟模块
  • phenotype/ -表型分析模块
  • sequencing/ -排序实用程序

配置和文件

  • config/.env.example -环境配置模板
  • docs/virtual-mouse-lab.md -详细文件
  • mcp_config.json -MCP服务器配置
  • tests/test_server.py -测试验证脚本

部署说明

  1. 将整个目录复制到您的 SimulatedMouseMCP 仓库
  2. 确保你有 dedalus 已安装CLI
  3. 更新中的包名称 pyproject.toml 如有需要
  4. 跑 ./deploy.sh 并按照提示进行操作
  5. 将使用您提供的名称部署服务器

测试

要在部署前验证包是否正常工作，请执行以下操作：

# Test the server can be loaded
python -c "import sys; from src.main import main; sys.argv = ['main', '--test']; main()"

# Run the test suite
PYTHONPATH=. python tests/test_server.py

可用的MCP工具

  • list_simulations() -列出所有已完成的模拟
  • run_simulation() -使用参数运行鼠标模拟
  • get_simulation_results() -获取已完成模拟的结果
  • get_mouse_genotype_info() -获取有关小鼠基因型的信息
  • list_available_treatments() -列出可用的治疗方法

主要特点

  • 虚拟小鼠模拟：创建具有特定基因型的合成小鼠
  • 治疗实验：应用各种治疗方法（药物、饮食等）
  • 行为分析：模拟开放式现场测试等行为测试
  • 生物标志物生成：生成逼真的血液检查和生物标志物数据
  • 基因组整合：使用真实的GRCm39基因组数据提高准确性
  • 表型双胞胎一代：创造出与真实小鼠表型非常相似的合成小鼠

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