AI导哈

PubMed文献搜索与分析服务

PubMed MCP Server通过Model Context Protocol (MCP)为AI助手提供对PubMed生物医学文献库的搜索、访问和分析功能，支持关键词搜索、高级搜索、元数据获取和深度分析。

  • by JackKuo666
  • Python
  • 混合部署
  • 132 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 JackKuo666/PubMed-MCP-Server

使用说明

PubMed MCP服务器

🔍 使AI助手能够通过简单的MCP界面搜索、访问和分析PubMed文章。

PubMed MCP服务器通过模型上下文协议（MCP）在人工智能助手和PubMed庞大的生物医学文献库之间架起了一座桥梁。它允许人工智能模型搜索科学文章，访问其元数据，并以程序化的方式进行深入分析。

🤝 贡献•📝 报告Bug

✨ 核心功能

  • 🔎 论文搜索：使用关键字或高级搜索查询PubMed文章✅
  • 🚀 高效检索：快速访问纸质元数据✅
  • 📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据✅
  • 📊 研究支持：促进生物医学科学的研究和分析✅
  • 📄 Paper Access：尝试下载全文PDF内容✅
  • 🧠 深度分析：对论文进行全面分析✅
  • 📝 研究提示：一组专门用于论文分析的提示✅

🚀 快速开始

先决条件

  • Python 3.10+
  • FastMCP库

安装

通过Smithery安装

通过以下方式自动安装克劳德桌面的pubmed mcp服务器 史密瑟里:

克劳德

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

光标

将以下内容粘贴到设置中→ 光标设置→ MCP → 添加新服务器：

  • Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}"

帆板运动

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

渐变群

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

  1. 克隆存储库：

    git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
cd PubMed-MCP-Server

  2. 安装所需的依赖项：

    pip install -r requirements.txt

📊 用法

启动MCP服务器：

python pubmed_server.py

使用Claude Desktop

将此配置添加到您的 claude_desktop_config.json:

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows版本）：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

与Cline一起使用

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 MCP工具

PubMed MCP服务器提供以下工具：

  1. search_pubmed_key_words：使用关键字搜索PubMed上的文章。
  2. search_pubmed_advanced：使用多个参数对PubMed上的文章进行高级搜索。
  3. get_pubmed_article_metadata：使用PubMed文章的PMID获取其元数据。
  4. download_pubmed_pdf：尝试下载PubMed文章的全文PDF。
  5. deep_paper_analysis：对PubMed文章进行全面分析。

搜索论文

你可以让AI助手使用以下查询来搜索论文：

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

获取纸张详细信息

一旦你有了PMID，你可以询问更多细节：

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

分析论文

您可以要求对论文进行深入分析：

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 项目结构

  • pubmed_server.py：使用FastMCP的主MCP服务器实现
  • pubmed_web_search.py：包含搜索PubMed和检索文章信息的逻辑

🔧 依赖项

  • Python 3.10+
  • FastMCP
  • 异步
  • 日志记录
  • 请求：
  • 美容组4

🤝 贡献

欢迎投稿！请随时提交拉取请求。

📄 许可证

该项目根据MIT许可证获得许可。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请尊重PubMed的服务条款，并负责任地使用此工具。

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