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预印本检索工具

一个用于访问bioRxiv和medRxiv预印本服务器的工具，提供关键词搜索、预印本元数据检索、资金机构搜索等功能，适用于生物和医学研究领域。

  • by openpharma-org
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在 GitHub 查看 openpharma-org/biorxiv-mcp

使用说明

非官方bioRxiv MCP服务器

用于访问bioRxiv和medRxiv预印本服务器的模型上下文协议（MCP）服务器（冷泉港实验室）。提供27个生物学和51个医学科学类别的260000多份预印本。

特性

  • 单一统一工具 (biorxiv_info)7种方法
  • 无需API密钥-使用公共bioRxiv API
  • 在日期范围浏览中使用客户端过滤进行关键字搜索
  • DOI的完整预印本元数据检索（所有版本）
  • 出版预印本跟踪（预印本→ 日志映射）
  • 按ROR ID搜索资助者（NIH、NSF、Wellcome等）
  • 内容和使用统计（提交、查看、下载）
  • bioRxiv和medRxiv的受试者类别列表

安装

cd biorxiv-mcp-server
npm install
npm run build

用法

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv-mcp-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/biorxiv-mcp-server/build/index.js"]
    }
  }
}

工具：biorxiv_info

单一统一工具，可通过多种方法访问 method 参数。

方法

1.搜索_打印

按关键字搜索预印本。通过bioRxiv日期范围API（无本机关键字搜索终结点）使用客户端筛选。在整个日期范围内扫描多达300个结果。

{
  "method": "search_preprints",
  "query": "CRISPR gene editing",
  "server": "biorxiv",
  "date_from": "2025-01-01",
  "date_to": "2025-12-31",
  "category": "genetics",
  "limit": 30
}

返回：doi、标题、作者、摘要（500个字符）、日期、类别、版本、发布状态。

2.获取价格详情

获取DOI特定预印本的完整元数据，包括所有版本。

{
  "method": "get_preprint_details",
  "doi": "10.1101/2024.01.15.575123",
  "server": "biorxiv"
}

返回：所有包含doi、标题、作者、完整摘要、日期、类别、许可证、发布状态的版本。

3.类别

列出bioRxiv（27）和medRxiv（51）的所有可用主题类别。

{
  "method": "get_categories"
}

4.搜索_发布_打印

查找已在同行评审期刊上正式发表的预印本。

{
  "method": "search_published_preprints",
  "date_from": "2025-01-01",
  "publisher": "10.1038",
  "server": "biorxiv",
  "limit": 30
}

常见的出版商DOI前缀： 10.1038 （自然）， 10.1126 （科学）， 10.1016 （爱思唯尔） 10.1371 （PLOS） 10.7554 （eLife）， 10.1073 （PNAs）。

5.搜索_ _资助者

使用ROR ID按资助组织查找预印本。数据从2025-04-10开始。

{
  "method": "search_by_funder",
  "funder_ror_id": "021nxhr62",
  "server": "biorxiv",
  "limit": 30
}

常见ROR ID： 021nxhr62 （NIH）， 01cwqze88 （NSF）， 02mhbdp94 （欧盟委员会）， 029chgv08 （威康信托）， 05a28rw58 （HHMI）， 006wxqw41 （MRC）。

6.内容统计

获取提交统计数据（新论文、修订版、作者）。

{
  "method": "get_content_statistics",
  "interval": "m"
}

时间间隔： "m" （每月）或 "y" （每年）。

7.获取统计信息

获取参与度统计数据（浏览量、下载量）。

{
  "method": "get_usage_statistics",
  "interval": "m",
  "server": "biorxiv"
}

Claude查询示例

配置后，您可以询问Claude：

  • “在bioRxiv中搜索最近的CRISPR预印本”
  • “获取预印本DOI 10.1101/2024.01.55.75123的详细信息”
  • “有哪些bioRxiv类别可供选择？”
  • “查找本月发表在《自然》杂志上的预印本”
  • “展示美国国立卫生研究院资助的癌症生物学预印本”
  • “bioRxiv的每月提交统计数据是多少？”
  • “搜索medRxiv以获取新冠肺炎疫苗预印本”

重要说明

  • 预印本未经过同行评审 --结果不应被引用为既定事实
  • 关键词搜索 是客户端（bioRxiv API仅支持日期范围浏览），因此窄的日期范围提高了相关性
  • DOI格式: 10.1101/YYYY.MM.DD.NNNNNN （bioRxiv前缀始终为 10.1101)
  • 资助者数据 仅从2025年4月10日起可用

数据源

  • 数据库：bioRxiv/medRxiv（冷泉港实验室）
  • 预印本：生物和医学领域超过260000人
  • 分类：27个生物Rxiv+51个medRxiv受试区域
  • API: https://api.biorxiv.org/
  • 费率限制：没有公布的限制，鼓励尊重使用

许可证

麻省理工学院

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