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蛋白质结构分析工具

BioMCP是一个基于模型上下文协议（MCP）的服务器，旨在增强大型语言模型与蛋白质结构分析能力，提供蛋白质活性位点分析和疾病相关蛋白质搜索功能。

  • by acashmoney
  • TypeScript
  • 本地部署
  • 20 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 acashmoney/bio-mcp

使用说明

BioMCP：基于试剂的生物医学研发

概述

BioMCP是一种模型上下文协议 （MCP） 服务器旨在增强具有蛋白质结构分析功能的大型语言模型。它通过与已建立的蛋白质数据库连接，为分析蛋白质活性位点和搜索疾病相关蛋白质提供了工具。

未来的工作将围绕使试剂能够利用BioMCP展开。

特性

  • 活性位点分析：使用PDB ID检查蛋白质的结合位点和功能残基
  • 疾病蛋白质搜索：查找与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质结构
  • 集成数据访问：与RCSB蛋白质数据库无缝连接 （PDB）

技术细节

BioMCP实现了模型上下文协议，允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识，而不需要将这些信息作为其训练数据的一部分。服务器处理API连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构见解。

API终点

BioMCP提供了两个主要工具：

  1. analyze-active-site：使用PDB ID提供有关蛋白质结合位点的详细信息
  2. search-disease-proteins：返回与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质

入门指南

通过Smithery安装

通过以下方式自动安装克劳德桌面版BioMCP 史密瑟里:

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# Install dependencies
npm install

# Start the server
npm start

安装说明

运行MCP检查器

  1. 启动BioMCP服务器：

    npm start

  2. 在单独的终端中，全局安装MCP检查器（如果尚未安装）：

    npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector

  3. 启动MCP检查器并连接到本地BioMCP服务器：

    npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js

  4. 使用检查器界面测试工具并查看响应。

与Claude Desktop一起使用

  1. 构建BioMCP服务器：

    npm run build

  2. 配置Claude Desktop以启动MCP服务器：

    a.找到您的Claude Desktop config.json文件（通常在您的用户目录中）

    b.编辑config.json以包含BioMCP服务器构建路径。配置示例：

    {
  "globalShortcut": "",
  "mcpServers": {
    "bio-mcp": {
      "command": "node",
      "args": [
        "/path/to/your/build/index.js"
      ]
    }
  }
}

    c.更换 /path/to/your/build 使用项目目录的实际路径。

  3. 重新启动Claude Desktop以使更改生效。

  4. 现在，您可以向Claude提出使用BioMCP工具的问题：

    • “PDB结构6LU7活性位点的关键残基是什么？”
    • “寻找与阿尔茨海默病相关的蛋白质”

示例用法

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP支持以下查询：

  • “PDB结构6LU7活性位点的关键残基是什么？”
  • “寻找与阿尔茨海默病相关的蛋白质”

需求

  • Node.js 20.0.0或更高版本
  • TypeScript 5.0+
  • 兼容的MCP客户端实现

测试

BioMCP包括一个全面的测试套件，包括单元、集成和端到端测试。

运行测试

运行所有测试：

npm test

运行特定的测试套件：

# Unit tests only
npm run test:unit

# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration

# End-to-end tests only
npm run test:e2e

代码检查

检查代码质量：

npm run lint

自动修复掉毛问题：

npm run lint:fix

路线图

  • 扩展活动站点描述的详细程度
  • 利用三维坐标
  • 与文献交互的工具
  • 与计算生物学模型接口的工具：
    • 射频扩散
    • 蛋白质MPNN
    • ColabFold
    • 其他蛋白质设计和结构预测工具
  • 基于代理的研究管道
  • 向客户介绍蛋白质可视化工具

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