使用说明

# PubMed MCP服务器（SSE）

英语| 简体中文

用于生物医学研究人员的MCP服务器，使用以下命令搜索PubMed文献数据库 SSE（服务器发送事件） 运输。

特性

PubMed搜索：查询世界上最大的生物医学文献数据库
SSE运输：通过HTTP使用服务器发送的事件

入门指南

配置API密钥

PubMed API密钥（从https://account.ncbi.nlm.nih.gov/settings/)

设置环境变量

创建 .env 文件：

PUBMED_API_KEY=your_actual_api_key_here
PORT=8080

运行SSE服务器

# Run the prebuilt binary (Windows and Linux builds provided)
./pubmed-mcp

服务器在配置的端口上侦听：

SSE端点: http://localhost:8080/sse
消息端点: http://localhost:8080/message

配置Claude桌面或Cherry Studio

将此代码段添加到MCP客户端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-sse": {
      "url": "http://localhost:8080/sse",
      "transport": "sse"
    }
  }
}

从源代码构建

克隆项目

git clone https://github.com/Morii0603/PubMed-MCP.git
cd PubMed-MCP

安装依赖项

go mod download

构建

go build -o pubmed-mcp

可用工具

1.pubmed_search

使用高级过滤选项搜索PubMed数据库。

参数：

query （必需）：搜索关键字，支持布尔运算符（AND、OR、NOT）和字段标签，例如“癌症和免疫疗法”、“糖尿病[ti]和治疗[tiab]”
max_results （可选）：结果数，默认10，最大100
date_from （可选）：开始日期为YYYY/MM/DD或YYYY格式，例如“2020/01/01”
date_to （可选）：结束日期，格式为YYYY/MM/DD或YYYY，例如“2024/12/31”
date_type （可选）：日期类型-“pdat”（发布日期，默认）、“edat”（Entrez日期）、“mdat”（修改日期）
text_availability （可选）：按文本可用性筛选：
- abstract -有摘要
- free_full_text -免费全文可用
- full_text -全文可用
article_attribute （可选）：按文章属性筛选：
- has_abstract -有摘要
- has_associated_data -具有关联数据
article_type （可选）：按文章类型筛选（逗号分隔）：
- clinical_trial, meta_analysis, randomized_controlled_trial, review, systematic_review, case_reports, editorial, letter, practice_guideline, observational_study, comparative_study
language （可选）：按语言筛选（逗号分隔）：
- english, chinese, french, german, japanese, spanish, russian, italian, korean, portuguese
species （可选）：按物种筛选： humans, animals, other
sex （可选）：按性别筛选： male, female
age （可选）：按年龄组筛选（逗号分隔）：
- infant （0-23个月）， child （0-18岁）， preschool_child （2-5年）， adolescent （13-18岁）， adult （19岁以上）， young_adult （19-24岁）， middle_aged （45-64岁）， aged （65岁以上）， aged_80_over （80岁以上）
exclude_preprints （可选）：设置为true以排除预印本文章
journal （可选）：按日志名称或ISSN筛选
sort （可选）：排序方式： relevance （默认）， pub_date （最新优先）， first_author, journal

示例提示：

Search PubMed for "heart failure treatment" with max 20 results, randomized controlled trials only, from 2020 to now, English language, human studies, adult patients, exclude preprints

响应格式：

{
  "count": 150,
  "query": "cancer immunotherapy",
  "results": [
    {
      "title": "Advances in cancer immunotherapy",
      "authors": ["Smith J", "Johnson A", "Brown R"],
      "journal": "New England Journal of Medicine",
      "pub_date": "2024 Jan",
      "pmid": "12345678",
      "url": "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/",
      "abstract": "This article discusses..."
    }
  ]
}

2.发布_高级_搜索

使用完全支持字段标记和布尔运算符的本地查询语法执行高级PubMed搜索。

参数：

query （必填）：带字段标签和布尔运算符的PubMed原生查询
max_results （可选）：结果数，默认10，最大100
sort （可选）：排序顺序

字段标签参考：

标签	描述	示例
`[ti]`	标题	`cancer[ti]`
`[tiab]`	标题/摘要	`diabetes[tiab]`
`[au]` 作者 `Smith J[au]`
`[1au]`	第一作者	`Wang Y[1au]`
`[lastau]`	最后作者	`Zhang L[lastau]`
`[ad]`	隶属关系	`Harvard[ad]`
`[mh]`	MeSH条款	`breast neoplasms[mh]`
`[majr]`	MeSH主题	`diabetes mellitus[majr]`
`[pt]`	出版物类型	`Meta-Analysis[pt]`
`[ta]`	期刊缩写	`N Engl J Med[ta]`
`[journal]`	期刊全名	`Nature[journal]`
`[la]`	语言	`english[la]`
`[pdat]`	出版日期	`2020/01/01:2024/12/31[pdat]`
`[sb]`	子集	`free full text[sb]`
`[doi]`	DOI	`10.1056/NEJMoa2401234[doi]`

高级搜索示例：

# 1. Author + Title combination
Smith J[1au] AND cancer[ti]

# 2. MeSH term search
breast neoplasms[mh] AND tamoxifen[mh]

# 3. Date range
("2020/01/01"[pdat] : "2024/12/31"[pdat]) AND covid-19[tiab]

# 4. Complex combined search
(diabetes[mh] OR diabetes mellitus[tiab]) AND (meta-analysis[pt] OR systematic review[pt]) AND english[la]

# 5. Exclude preprints
cancer immunotherapy NOT preprint[pt]

3.出版

获取 详细文章信息 使用EFetch API从PubMed获得。返回全面的元数据，包括完整摘要、完整作者姓名、期刊详细信息、DOI、PMCID等。

参数：

pmids （必填）：一个或多个PubMed ID（PMIDs），用逗号分隔，例如“12345678”或“1234567887654321”

示例提示：

Fetch detailed information for PubMed articles 12345678 and 87654321

响应格式：

{
  "articles": [
    {
      "pmid": "12345678",
      "title": "Advances in cancer immunotherapy",
      "authors": ["Smith John", "Johnson Anne", "Brown Robert"],
      "journal": "New England Journal of Medicine",
      "journal_abbr": "N Engl J Med",
      "pub_date": "2024 Jan 15",
      "abstract": "Full abstract text here...",
      "doi": "10.1056/NEJMoa2401234",
      "pmcid": "PMC1234567",
      "url": "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/"
    }
  ],
  "count": 1
}

4.出版物_摘要

获取 文章摘要信息 使用ESummary API从PubMed获得。返回简明的元数据，包括标题、作者、出版日期、期刊详细信息、卷、期、页和其他书目信息（没有完整的摘要文本）。

参数：

pmids （必填）：一个或多个PubMed ID（PMIDs），用逗号分隔，例如“12345678”或“1234567887654321”

示例提示：

Get summaries for PubMed articles 12345678, 87654321, and 11223344

响应格式：

{
  "summaries": [
    {
      "pmid": "12345678",
      "title": "Advances in cancer immunotherapy",
      "authors": ["Smith J", "Johnson A", "Brown R"],
      "last_author": "Brown Robert",
      "source": "N Engl J Med",
      "full_journal_name": "The New England journal of medicine",
      "pub_date": "2024 01",
      "epub_date": "2024 01 10",
      "volume": "390",
      "issue": "2",
      "pages": "123-135",
      "doi": "10.1056/NEJMoa2401234",
      "pmcid": "PMC1234567",
      "issn": "0028-4793",
      "pub_types": ["Journal Article", "Review"],
      "languages": ["eng"],
      "has_abstract": true,
      "url": "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/"
    }
  ],
  "count": 1
}

备注

API关键安全：不要承诺 .env 文件
速率限制：PubMed API密钥使用率受限
网络：需要稳定的PubMed互联网接入
SSE连接：确保防火墙允许SSE端口上的HTTP

故障排除

问题：无法访问PubMed

验证API密钥是否正确且处于活动状态
检查网络连接

问题：SSE服务器无法启动

确认端口空闲
确保环境变量设置正确
检查日志以了解详细信息

问题：MCP客户端无法连接

确认服务器正在运行
检查URL配置(http://localhost:8080/sse)
确保运输设置为sse

许可证

MIT许可证

资源

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/
https://modelcontextprotocol.io/
https://github.com/mark3labs/mcp-go

使用说明

特性

入门指南

配置API密钥

设置环境变量

运行SSE服务器

配置Claude桌面或Cherry Studio

从源代码构建

可用工具

1.pubmed_search

2.发布_高级_搜索

3.出版

4.出版物_摘要

备注

故障排除

问题：无法访问PubMed

问题：SSE服务器无法启动

问题：MCP客户端无法连接

许可证

资源

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