使用说明

NCBI文献检索MCP服务器

用于搜索NCBI数据库的模型上下文协议（MCP）服务器，专为所有生命科学和生物医学领域的研究人员设计。该服务器通过自然语言查询提供对PubMed 3500多万篇科学文章的无缝访问，使人工智能助手能够帮助进行文献综述、研究发现和科学分析。

特性

🔬 综合搜索：搜索PubMed在所有生物学学科中的3500多万篇文章 📊 高级查询：支持使用布尔运算符、字段标签和过滤器进行复杂搜索
🧬 生命科学研究：涵盖所有生物和生物医学领域，包括遗传学、生态学、医学和生物技术 💻 计算生物学：非常适合寻找生物信息学方法、算法和计算工具 🔬 研究应用：文献综述、假设生成、方法发现和跟上科学进步 📚 完整文章详细信息：获取摘要、作者列表、MeSH术语、DOI和出版信息 🔗 相关文章：通过NCBI的关系算法发现相关研究 📖 MeSH集成：搜索和使用医学主题标题以获取精确的术语

快速开始

先决条件

Python 3.8或更高版本
诗歌（推荐）- 安装诗歌

设置（5分钟）

创建并初始化项目
```
mkdir ncbi-mcp-server && cd ncbi-mcp-server
poetry init
```
在初始化过程中，添加依赖项： mcp, httpx, typing-extensions

创建项目结构

mkdir -p src/ncbi_mcp_server
# Save server.py code as src/ncbi_mcp_server/server.py

安装依赖项
```
poetry install
```

测试服务器

poetry run python src/ncbi_mcp_server/server.py

配置Claude桌面

编辑您的Claude Desktop配置文件：
- macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
- 视窗: %APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json
- Linux: ~/.config/claude/claude_desktop_config.json
添加此配置：
```
{
  "mcpServers": {
    "ncbi-literature": {
      "command": "poetry",
      "args": ["run", "python", "src/ncbi_mcp_server/server.py"],
      "cwd": "/FULL/PATH/TO/YOUR/ncbi-mcp-server"
    }
  }
}
```
重新启动克劳德桌面 开始搜索！

替代设置方法

Click to expand alternative installation methods

康达环境

conda env create -f environment.yml
conda activate ncbi-mcp
python server.py

标准pip+venv

python -m venv venv
source venv/bin/activate  # Linux/macOS
pip install -r requirements.txt
python server.py

使用示例

进化生物学研究

搜索系统发育研究：

"Search for recent phylogenetic analysis papers on mammalian evolution"
→ Uses: search_pubmed with query "phylogenetic analysis[ti] AND mammalian[ti] AND evolution"

寻找计算系统发育学方法：

"Find papers about maximum likelihood methods for phylogenetic reconstruction"
→ Uses: search_pubmed with query "maximum likelihood[ti] AND phylogenetic reconstruction"

按特定生物体搜索：

"Find recent papers on Drosophila comparative genomics"
→ Uses: search_pubmed with query "Drosophila[ti] AND comparative genomics[ti]"

用于计算生物学研究

算法和方法论文：

"Search for machine learning applications in genomics from the last 2 years"
→ Uses: search_pubmed with date_range="730" and query "machine learning AND genomics"

软件和数据库论文：

"Find papers about new bioinformatics tools for sequence analysis"
→ Uses: search_pubmed with query "bioinformatics[ti] AND software[ti] AND sequence analysis"

高级搜索示例

多条件搜索：

"Find review articles about CRISPR applications in evolutionary studies published in Nature or Science"
→ Uses: advanced_search with terms=["CRISPR", "evolution"], publication_types=["Review"], journals=["Nature", "Science"]

特定作者搜索：

"Find recent papers by researchers working on ancient DNA and phylogenomics"
→ Uses: search_pubmed with query "ancient DNA[ti] AND phylogenomics[ti]"

工具参考

`search_pubmed`

PubMed数据库的主要搜索工具

怎么翻译：搜索词（支持以下字段标签 [ti] 对于标题， [au] 对于作者来说， [mh] 对于MeSH术语）
max_results：结果数（1-100，默认值：20）
排序：按“相关性”、“发布日期”、“作者”或“期刊”排序
日期范围：限制为最近的文章（“30”、“90”、“365”、“1095”天）

示例：

"CRISPR[ti] AND evolution" -CRISPR的标题和进化无处不在
"phylogenetic analysis[mh]" -使用MeSH术语进行系统发育分析
"computational biology AND machine learning" -布尔搜索

`get_article_details`

获取特定文章的完整信息

pmids：PubMed ID列表（最多50个）

返回完整摘要、作者列表、MeSH术语、DOI、出版物详细信息

`search_mesh_terms`

查找标准化的医学主题标题

术语：在MeSH数据库中搜索的术语

帮助发现相关概念并提高搜索精度

`get_related_articles`

发现与特定论文相关的文章

pmid：参考文献的PubMed ID
max_results：相关文章数量（1-50，默认值：10）

非常适合文献综述和寻找相关研究

`advanced_search`

具有多个条件的复杂搜索

条款：要组合的搜索词列表
操作员：“AND”、“OR”或“NOT”用于组合术语
作者们：作者姓名列表
期刊：期刊名称列表
出版物_类型：“研究文章”、“综述”、“荟萃分析”等。
date_from/date_to：YYYY/MM/DD格式的日期范围
max_results：结果数（1-100，默认值：20）

分析和性能监控

NCBI MCP服务器包括全面的分析，可帮助您了解您的研究模式并优化性能。

分析工具

`get_analytics_summary`

获取全面的分析概述

"Show me my research analytics summary"

退货：

总请求数和正常运行时间
操作分解（搜索、获取等）
缓存性能指标
最近的活动和错误率
系统健康指标

`get_detailed_metrics`

特定时间段的详细绩效指标

"Get detailed metrics for the last 24 hours"

小时：要分析的时间段（默认值：24）
特定操作性能数据
按小时细分的时间线分析
每次操作的错误率和响应时间

`reset_analytics`

重置分析数据（谨慎使用）

"Reset all analytics data"

备注：这将永久清除所有收集到的指标。

追踪什么

使用模式：

搜索查询和频率
最常用的操作
独特查询与重复查询
高峰使用期

绩效指标：

每次操作的响应时间
缓存命中率/未命中率
错误率和类型
限速效率

研究见解：

热门搜索词和模式
研究工作流程分析
文献获取模式
访问量最大的期刊和主题

部署

快速开始

配置凭据：

cp .env.example .env
# Edit .env with your NCBI email and API key

选择部署方法：

# Local development
./deploy.sh local

# Docker deployment
./deploy.sh docker

# Production deployment
./deploy.sh production

部署选项

1.地方发展

非常适合开发和测试：

poetry install
poetry run python -m src.ncbi_mcp_server.server

2.Docker部署

建议大多数用户使用两个选项：

Redis的完整设置（推荐）：

# Copy and configure environment
cp .env.example .env
# Edit .env with your NCBI email and API key

# Start all services
docker-compose up -d

无Redis的简单设置：

# For basic usage without Redis dependencies
cp .env.example .env
# Edit .env with your NCBI email

docker-compose -f docker-compose.simple.yml up -d

完整设置包括：

NCBI MCP服务器容器
Redis缓存提高性能
Redis指挥官UI(http://localhost:8081)

简单的设置包括：

仅限NCBI MCP服务器容器
内存缓存（无持久性）

3.生产部署

对于生产环境：

# Configure production settings
cp .env.production .env
# Edit with production values

# Deploy
./deploy.sh production

监控

Docker日志：

docker-compose logs -f ncbi-mcp-server

缓存监控：

Redis指挥官：http://localhost:8081
通过MCP工具缓存统计数据： cache_stats()

健康检查：

# Test server health
curl http://localhost:8000/health

# Test via MCP
python -c "from src.ncbi_mcp_server.server import cache_stats; import asyncio; print(asyncio.run(cache_stats()))"

配置

NCBI API密钥（可选但推荐）

为了获得更高的速率限制和更好的性能：

在NCBI注册: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
获取API密钥: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/
添加到服务器代码 在……里面 src/ncbi_mcp_server/server.py:

# Replace the line: ncbi_client = NCBIClient()
# With:
ncbi_client = NCBIClient(
    email="your.email@university.edu",
    api_key="your_api_key_here"
)

速率限制

没有API密钥：3个请求/秒
带API键：10个请求/秒
使用API密钥+电子邮件：批量请求的限制更高

开发工作流程

诗歌命令

poetry shell              # Activate virtual environment
poetry add package        # Add new dependency
poetry remove package     # Remove dependency
poetry update            # Update all dependencies
poetry run python ...    # Run commands in environment
poetry build             # Create distribution packages

代码质量（如果您添加了开发依赖项）

poetry add --group dev black mypy pytest isort flake8
poetry run black .       # Format code
poetry run mypy .        # Type checking  
poetry run pytest       # Run tests
poetry run isort .       # Sort imports

与同事分享

# They just need:
git clone your-repo
cd ncbi-mcp-server  
poetry install
# Everything works identically!

高级搜索的字段标签

PubMed支持许多字段标签以进行精确搜索：

[ti] -标题
[tiab] -标题和摘要
[au] 作者
[mh] -MeSH条款
[journal] -期刊名称
[pdat] -出版日期
[pt] -出版物类型
[lang] -语言
[sb] -子集（如medline、pubmed）

高级查询示例：

"machine learning"[ti] AND "phylogen*"[tiab] AND "2020"[pdat]:"2024"[pdat]
evolutionary[mh] AND computational[ti] AND (genomics[tiab] OR proteomics[tiab])
"ancient DNA"[ti] AND (paleogenomics[mh] OR phylogenomics[tiab])

研究工作流程示例

文献综述工作流程

开始广泛: search_pubmed("computational phylogenetics")
用MeSH精炼: search_mesh_terms("phylogenetics")
查找关键论文：使用发布日期和日志筛选器
探索联系: get_related_articles(pmid="key_paper_id")
深潜: get_article_details(pmids=["12345", "67890"])

保持最新状态

最近的方法: search_pubmed("new methods", date_range="90")
关注主要作者: search_pubmed("author_name[au]", sort="pub_date")
跟踪特定主题: advanced_search 使用您的研究关键字

方法发现

算法论文: search_pubmed("algorithm[ti] AND your_field")
软件工具: search_pubmed("software[ti] OR tool[ti] AND bioinformatics")
基准测试: search_pubmed("comparison[ti] OR benchmark[ti]")

故障排除

常见问题

服务器无法启动：

检查Python版本（需要3.8+）
安装依赖项： pip install -r requirements.txt
验证文件权限

没有搜索结果：

检查查询语法（使用正确的字段标记）
尝试更广泛的搜索词
验证互联网连接

速率限制错误：

增加请求之间的延迟
获取NCBI API密钥以获得更高的限制
考虑每次查询搜索更少的结果

XML分析错误：

通常是临时NCBI服务器问题
几秒钟后重试
检查NCBI状态：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

获取帮助

NCBI电子公用事业文件: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/
PubMed搜索提示: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/
MeSH数据库: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/

贡献

此MCP服务器旨在与研究社区一起发展。改进思路：

其他数据库：PMC、BioRxiv、NCBI以外的数据库
引文分析：跟踪论文影响和引用网络
导出格式：BibTeX、EndNote、RIS供参考经理使用
保存的搜索：持续搜索配置文件和警报
全文集成：通过PMC可用时

许可证

这个项目是开源的。请随时根据您所在机构的政策进行修改和分发。

非常适合以下领域的研究人员：

进化生物学与系统发育学
计算生物学与生物信息学
分子进化与群体遗传学
比较基因组学和蛋白质组学
系统生物学与网络分析
生物统计学与数理生物学
古DNA与古基因组学
保护遗传学与生态学

通过强大、精确的搜索开始探索广阔的生物文学世界！

使用说明

NCBI文献检索MCP服务器

特性

快速开始

先决条件

设置（5分钟）

替代设置方法

康达环境

标准pip+venv

使用示例

进化生物学研究

用于计算生物学研究

高级搜索示例

工具参考

search_pubmed

get_article_details

search_mesh_terms

get_related_articles

advanced_search

分析和性能监控

分析工具

get_analytics_summary

get_detailed_metrics

reset_analytics

追踪什么

部署

快速开始

部署选项

1.地方发展

2.Docker部署

3.生产部署

监控

配置

NCBI API密钥（可选但推荐）

速率限制

开发工作流程

诗歌命令

代码质量（如果您添加了开发依赖项）

与同事分享

高级搜索的字段标签

研究工作流程示例

文献综述工作流程

保持最新状态

方法发现

故障排除

常见问题

获取帮助

贡献

许可证

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生物医学数据检索命令行与MCP服务

PubMed文献搜索与分析服务

PubMed增强搜索服务

PubMed文献搜索服务器

NCBI数据库搜索工具

植物生物学AI助手

`search_pubmed`

`get_article_details`

`search_mesh_terms`

`get_related_articles`

`advanced_search`

`get_analytics_summary`

`get_detailed_metrics`

`reset_analytics`