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PubMed文献检索服务

一个基于Python的PubMed文献检索服务器，支持API密钥以实现更快和无限制的下载，适用于生物医学研究和文献检索。

  • by t0mst0ne
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 t0mst0ne/pubmed-mcp-easy

使用说明

PubMed MCP服务器

增强的基于Python的PubMed MCP服务器，具有API关键支持，可实现更快和无限制的下载。

经MCP审查认证

[https://mcpreview.com/mcp-servers/t0mst0ne/pubmed-mcp-easy]

特性

  • 在PubMed上搜索生物医学文献和研究论文
  • 查找类似文章、引用文章和引用文章
  • 检索开放获取文章的摘要和全文
  • 批量搜索和高级搜索功能
  • API关键支持，可实现更快、无限制的下载

API密钥和电子邮件设置

NCBI电子实用程序API建议在您的请求中使用API密钥和电子邮件地址。这带来了几个好处：

  • 更高的利率限制：10个请求/秒，而不是3个
  • 每次查询的结果更多：每个请求最多200个结果，而不是100个
  • 优先服务：为您的请求提供更好的队列位置

如何获取API密钥

  1. 在以下网址创建NCBI帐户 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
  2. 转到API密钥管理页面
  3. 生成新的API密钥

设置API密钥和电子邮件

设置API密钥和电子邮件的最简单方法是使用设置脚本：

python setup_api.py

此交互式脚本将指导您完成整个过程，并提供多种设置选项。

或者，您可以使用以下三种方法之一手动设置API密钥和电子邮件：

1.环境变量

export NCBI_API_KEY=your_api_key_here
export NCBI_EMAIL=your_email@example.com

2.命令行参数

python python-pubmed-mcp-enhanced.py --api-key your_api_key_here --email your_email@example.com

3.配置文件

创建一个 config.json 基于示例的文件：

cp config.json.example config.json

编辑 config.json 包括您的API密钥和电子邮件：

{
  "api_key": "your_api_key_here",
  "email": "your_email@example.com"
}

然后使用配置文件运行服务器：

python python-pubmed-mcp-enhanced.py --config config.json

用法

通过Smithery安装

通过以下方式自动为Claude Desktop安装pubmed mcp 史密瑟里:

npx -y @smithery/cli install @t0mst0ne/pubmed-mcp-easy --client claude

标准用法

运行服务器：

python python-pubmed-mcp-enhanced.py

Claude桌面集成

要与Claude Desktop集成，请将以下内容添加到您的 claude_desktop_config.json 文件：

"pubmed-easy": {
    "command": "/opt/anaconda3/bin/python",
    "args": [
        "/GITHUB_cloned_dir/pubmed-mcp-easy/python-pubmed-mcp-enhanced.py", "--config", "config.json"
    ]
}

确保：

  1. 替换 /opt/anaconda3/bin/python 带有Python可执行文件的路径
  2. 替换 /GITHUB_cloned_dir 带有GitHub目录的实际路径
  3. 创建一个 config.json 如上所述，使用API密钥和电子邮件提交文件

添加此配置后，您可以直接从Claude Desktop访问PubMed工具。

可用工具

服务器提供以下MCP工具：

  • pubmed_search：按关键字或查询搜索文章
  • pubmed_similar：查找类似文章
  • pubmed_cites：查找特定论文引用的文章
  • pubmed_cited_by：查找引用特定论文的文章
  • pubmed_abstract：检索文章摘要
  • pubmed_open_access：检查文章是否开放访问
  • pubmed_full_text：检索开放获取文章的全文
  • pubmed_batch_search：并行执行多个搜索
  • pubmed_author_search：搜索特定作者的论文
  • pubmed_advanced_search：执行高级基于字段的搜索
  • pubmed_journal_search：在特定期刊中搜索论文

重要提示

  1. NCBI建议包含电子邮件地址，因为如果您的请求有问题，他们可以与您联系。
  2. 若你们大量使用电子工具，NCBI建议你们将大型工作限制在周末或东部时间工作日晚上9点至凌晨5点之间。
  3. 在使用时始终要考虑周到，并遵循NCBI的使用指南。

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