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生物信息学MCP服务器

GWAS-MCP是一个强大的模型上下文协议（MCP）服务器，用于GWAS和生物信息学研究，可与Claude Desktop和其他MCP客户端无缝集成，提供对主要生物数据库的AI访问。

  • by muslus
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 zaeyasa/gwas-mcp

使用说明

🧬 GWAS-MCP：生物信息学MCP服务器

一个强大的 模型上下文协议（MCP） GWAS和生物信息学研究的服务器。与Claude Desktop和其他MCP客户端无缝集成，提供对主要生物数据库的人工智能访问。

✨ 特性

🔬 蛋白质和基因查找

  • UniProt -按名称、基因或ID搜索蛋白质
  • 恩森布尔 -基因信息和变异细节
  • NCBI基因 -综合基因数据库

🧪 临床和变体

  • 克林瓦尔 -临床变异解释（致病性/良性）
  • GWAS目录 -全基因组关联研究
  • 透气的外套 -表达数量性状位点（eQTL）

🔗 蛋白质相互作用和网络

  • 字符串 -蛋白质相互作用
  • InterPro -蛋白质结构域和家族

🏗️ 结构和路径

  • 阿尔法折叠 -人工智能预测蛋白质结构
  • 文件 -实验性三维结构
  • KEGG -代谢和信号通路

💊 药物发现

  • 开放目标 -药物靶点验证和疾病关联
  • PharmGKB -药物基因组学和药物基因相互作用

🏥 遗传性疾病

  • 在线人类孟德尔遗传 -人类孟德尔遗传

🚀 快速开始

安装

pip install gwas-mcp

Claude桌面配置

添加到您的 claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "gwas-bioinformatics": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "gwas_mcp.server"]
    }
  }
}

配置文件位置：

  • 窗户： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
  • macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
  • Linux： ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

重新启动克劳德桌面

添加配置后，重新启动Claude Desktop以加载MCP服务器。

🛠️ 可用工具

蛋白质和基因工具

工具 说明
search_uniprot 按蛋白质名称、基因或ID搜索UniProt
get_protein_details 获取详细的蛋白质信息（功能、结构域、GO术语）
search_ncbi_gene 搜索NCBI基因数据库
search_ensembl_gene 从Ensembl获取基因位置和详细信息
get_variant_info 通过rsID获取SNP/变体信息
get_interpro_domains 获取蛋白质结构域信息

临床和变体工具

工具 说明
search_clinvar 在ClinVar中搜索临床变异
get_clinvar_variant 获取变异的临床解释
annotate_snps 注释具有功能后果的SNP
query_gwas_catalog 查询GWAS目录以获取关联
get_eqtl_data 从GTEx获取eQTL数据

蛋白质相互作用工具

工具 说明
get_protein_interactions 寻找相互作用的蛋白质（STRING）
get_interaction_network 在多种蛋白质之间建立网络
get_functional_enrichment Pathway/GO富集分析

结构和路径工具

工具 说明
get_alphafold_structure 获取AI预测结构
search_alphafold 搜索AlphaFold数据库
search_pdb_structures 在PDB中搜索3D结构
get_pdb_structure 获取PDB结构详细信息
search_kegg_pathway 搜索KEGG途径
get_kegg_pathway 获取通路基因和详细信息
get_gene_pathways 寻找基因的途径

药物发现工具

工具 说明
get_drug_targets 寻找靶向基因的药物（开放靶点）
get_disease_associations 通过分数获得疾病关联
search_open_targets 搜索基因、疾病或药物
search_pharmgkb 搜索PharmGKB数据库
get_drug_gene_interactions 获取药物与基因的相互作用

遗传疾病工具

工具 说明
search_omim 在OMIM中搜索遗传性疾病
get_gene_diseases 获取一个基因的所有疾病

💬 示例提示

配置后，自然地问Claude：

蛋白质和基因查询

“获取有关BRCA1基因的信息”

“在UniProt中搜索血红蛋白”

“什么蛋白质具有UniProt ID P53_HUMAN？”

临床变异

“BRCA1变异株rs80357906是致病性的吗？”

“在ClinVar中搜索TP53变体”

蛋白质相互作用

“哪些蛋白质与TP53相互作用？”

“查找BRCA1、ATM和CHEK2的功能富集”

结构和路径

“获取TP53的AlphaFold结构”

“BRCA1参与哪些途径？”

“在PDB中搜索胰岛素结构”

药物发现

“什么药物靶向EGFR？”

“BRAF与哪些疾病有关？”

遗传性疾病

“在OMIM中搜索囊性纤维化”

“哪些疾病与CFTR基因有关？”

⚡ 性能特点

  • 智能缓存 -API响应缓存1小时以提高速度
  • 异步操作 -所有API调用都是非阻塞的
  • 错误处理 -优雅地处理API故障

🔧 发展

来源

# Clone the repository
git clone https://github.com/zaeyasa/gwas-mcp.git
cd gwas-mcp

# Install dependencies
pip install -e .

# Run the server
python -m gwas_mcp.server

项目结构

gwas-mcp/
├── src/
│   └── gwas_mcp/
│       ├── server.py           # Main MCP server
│       ├── tools/
│       │   ├── protein_tools.py     # UniProt, NCBI, Ensembl
│       │   ├── clinical_tools.py    # ClinVar, STRING
│       │   ├── structure_tools.py   # PDB, KEGG, PharmGKB
│       │   └── advanced_tools.py    # AlphaFold, Open Targets, OMIM
│       └── resources/
│           └── db_resources.py      # Database resources
├── pyproject.toml
├── README.md
└── LICENSE

📊 支持的数据库

数据库 类型 描述
UniProt 蛋白质 蛋白质序列和注释
恩森布尔 基因/变体 基因组浏览器和变体数据
NCBI基因 基因 基因信息数据库
克林瓦尔 临床 临床变体解释
GWAS目录 GWAS 全基因组关联研究
透气的外套 表达 表达QTL数据
字符串 相互作用 蛋白质相互作用
InterPro 结构域 蛋白质家族和结构域
阿尔法折叠 结构 AI预测结构
文件 结构 实验3D结构
KEGG 途径 代谢和信号通路
开放目标 药物发现 药物靶点和疾病关联
PharmGKB 药物基因组学 药物-基因相互作用
在线人类孟德尔遗传 疾病 遗传病数据库

🤝 贡献

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  2. 创建功能分支(git checkout -b feature/amazing-feature)
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📄 许可证

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