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线虫基因组查询服务

WormBase MCP Server是一个用于查询秀丽隐杆线虫和线虫基因组学的数据库服务，提供基因、蛋白质、表型等多维度数据查询功能。

  • by WormBase
  • TypeScript
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 WormBase/wormbase-mcp

使用说明

WormBase MCP服务器

MCP查询服务器 WormBase -the 秀丽隐杆线虫 线虫基因组数据库。

安装

克劳德桌面

增添 ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json （macOS）或 %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json （Windows）：

{
  "mcpServers": {
    "wormbase": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@nuin/wormbase-mcp"]
    }
  }
}

克劳德代码（CLI）

增添 ~/.claude/settings.json:

{
  "mcpServers": {
    "wormbase": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@nuin/wormbase-mcp"]
    }
  }
}

光标

添加到光标设置（设置>MCP服务器）：

{
  "wormbase": {
    "command": "npx",
    "args": ["-y", "@nuin/wormbase-mcp"]
  }
}

帆板运动

增添 ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "wormbase": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@nuin/wormbase-mcp"]
    }
  }
}

来源

git clone https://github.com/WormBase/wormbase-mcp.git
cd wormbase-mcp
npm install && npm run build

然后在配置中使用本地路径：

{
  "mcpServers": {
    "wormbase": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/wormbase-mcp/dist/index.js"]
    }
  }
}

用法

自然地提问：

  • “daf-2是干什么的？”
  • “寻找与长寿有关的基因”
  • “获取unc-13的表型”
  • “查找lin-14的交互”
  • “aap-1的同源物是什么？”
  • “给我CE29083蛋白的序列”

工具

工具 说明
search 搜索基因、蛋白质、表型、菌株
get_gene 基因详细信息（接受以下名称 daf-2 或ID，如 WBGene00000898)
get_protein 蛋白质序列和结构域
get_phenotype 表型信息和相关基因
get_disease 人类疾病模型
get_strain 实验室菌株
get_variation 等位基因和突变
get_interactions 遗传和物理相互作用
get_expression 表达模式
get_ontology GO注释
get_paper 出版物详细信息

数据源

许可证

麻省理工学院

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