使用说明

Enrich MCP服务器

模型上下文协议（MCP）服务器，使用 Enrichr API此服务器支持Enrich的所有可用基因集库，并仅返回统计上显著的结果（更正后为-$p$<0.05）供LLM工具解释。

安装

克劳德桌面版

下载最新版 MCPB束 (.mcpb 文件）并通过安装 ☰ (top left) -> File -> Settings，然后将文件拖放到“设置”窗口中。

光标/VS代码

使用以下按钮以默认设置进行安装：

克劳德代码

claude mcp add enrichr-mcp-server -- npx -y enrichr-mcp-server

或者安装为Claude Code插件：

/plugin install enrichr-mcp-server

铁匠铺

npx -y @smithery/cli install enrichr-mcp-server --client claude

手动配置

添加到您的MCP客户端配置中（例如。， .cursor/mcp.json):

{
  "mcpServers": {
    "enrichr-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server"]
    }
  }
}

特性

两个工具: enrichr_analysis 为了运行富集， suggest_libraries 用于发现相关库
图书馆目录：通过MCP资源按类别浏览200多个库
引导式工作流程: enrichment_analysis 带解释的端到端分析提示
22个图书馆类别：所有库的程序分类映射（途径、癌症、激酶等）
并行库查询：并行查询所有库以进行快速多数据库分析
结构化输出：返回人类可读的文本和结构化JSON以供编程使用
可配置的输出格式：管理令牌使用的详细、紧凑或最小化
TSV导出：将完整结果保存到TSV文件

工具

`suggest_libraries`

发现与研究问题最相关的Enrich库。以前用这个 enrichr_analysis 为您的特定主题选择最佳库。 无需网络呼叫 --在本地搜索所有库名称和描述。

参数：

query （必需）：研究背景（如“DNA修复”、“癌症耐药性”）
category （可选）：按类别过滤（例如。， cancer, pathways, kinases)
maxResults （可选）：要返回的最大结果（默认值：10，最大值：50）

退货：

按相关性得分、类别和描述对图书馆进行排名
带建议数组的结构化JSON

`enrichr_analysis`

并行跨多个Enrich库执行富集分析。

参数：

genes （必填）：基因符号阵列（例如。， ["TP53", "BRCA1", "EGFR"])--最少2个
libraries （可选）：要查询的Enrich库名称数组（默认为已配置的库）
description （可选）：基因列表的描述
maxTerms （可选）：每个库的最大术语数（默认值：50）
format （可选）：输出格式： detailed, compact, minimal
outputFile （可选）：将完整结果保存为TSV文件的路径

退货：

带有格式化重要术语（姓名、p值、比值比、综合得分、重叠基因）的文本内容
具有完整结果数据的结构化JSON输出

资源

URI	描述
`enrichr://libraries`	按类别组织的完整图书馆目录
`enrichr://libraries/{category}`	特定类别的库（例如。， `enrichr://libraries/cancer`)

提示

`enrichment_analysis`

指导基因集富集分析的工作流程。接受基因列表和可选的研究背景，然后浏览库选择、分析和解释。

论据：

genes （必填）：基因符号，逗号或换行符分隔
context （可选）：库选择的研究背景（触发器 suggest_libraries 步骤）

图书馆类别

所有200多个图书馆分为22个类别：

类别	示例
`transcription`	ChEA_2022、TF_ChIP-seq_2015、TRANSFAC_和JASPAR_PWM编码
`pathways`	KEGG_2021_人类，反应堆_2022，维基之路_2023_人类，MSigDB_Hallmark_2020
`ontologies`	GO_生物_过程_2025，GO_分子_功能_2025；人类_表型_生物学
`diseases_drugs`	GWAS_Catalog_2023，DrugBank_2022，OMIM_Disease，DisGeNET
`cell_types`	GTEx_问题_表达_Up，细胞标记_2024，表格_针头
`microRNAs`	TargetScan_microRNA_2017、miRTarBase_2022、MiRDB_2019
`epigenetics`	表观遗传学_路线图_HM_ChIP-seq，JASPAR_2022，Cistrome_2023
`kinases`	KEA_2015，磷矿Plus_2023，PTMsigDB_2023
`gene_perturbations`	LINCS_L1000_CRISPR_KO_共识_猪，CRISPR_GenomeWide_2023
`metabolomics`	HMDB_代谢产物，代谢组学_工作台_2023，SMPDB_2023
`aging`	Aging_Perturbations_rom_GEO_down，GenAge_2023，长寿_地图_2023
`protein_families`	InterPro_域名_2019，Pfam_域名_2018，UniProt_关键词_2023
`computational`	丰富_提交_ TF-Gene_发生，ARCHS4_TF_Coexp
`literature`	Rummagene_signatures， AutoRIF， GeneRIF
`cancer`	COSMIC_Cancer_Gene_Census、TCGA_Mutations_2023、OncoKB_2023、GDSC_2023
`single_cell`	人_细胞_景观，scRNAseq_数据集_2023，单细胞信号_2023
`chromosome`	染色体_位置，染色体_位置_hg19
`protein_interactions`	STRING_Interactions_2023，生物资源数据库_2023，国际学报_2023
`structural`	PDB_结构_注释，AlphaFold_2023
`immunology`	ImmuneSigDB，ImmPort_2023，免疫学信号_MSigDB
`development`	逃逸，发展_签约_2023
`other`	MSigDB_计算、HGNC_家庭、开放_目标_2023

使用 suggest_libraries 在所有类别中搜索，或阅读 enrichr://libraries/{category} 查看任何类别的完整列表。

配置

命令行选项

选项	简短	描述	默认
`--libraries <libs>`	`-l`	要查询的Enrich库的逗号分隔列表	`pop`
`--max-terms <num>`	`-m`	每个库显示的最大期限	`50`
`--format <format>`	`-f`	输出格式： `detailed`, `compact`, `minimal`	`detailed`
`--output <file>`	`-o`	将完整结果保存到TSV文件	（无）
`--compact`	`-c`	使用紧凑格式（与 `--format compact`)	（旗帜）
`--minimal`		使用最小格式（与 `--format minimal`)	（旗帜）
`--help`	`-h`	显示帮助消息	（旗帜）

格式选项

detailed：完整详细信息，包括p值、比值比和基因列表（默认）
compact：术语名称+p值+基因计数（节省约50%的标记）
minimal：仅术语名称+p值（节省约80%的令牌）

环境变量

变量	描述	示例
`ENRICHR_LIBRARIES`	以逗号分隔的库列表	`GO_Biological_Process_2025,KEGG_2021_Human`
`ENRICHR_MAX_TERMS`	每个库的最大期限	`20`
`ENRICHR_FORMAT`	输出格式	`compact`
`ENRICHR_OUTPUT_FILE`	TSV输出文件路径	`/tmp/enrichr_results.tsv`

备注：CLI参数优先于环境变量。

多个服务器实例

为不同的研究背景设置不同的实例：

{
  "mcpServers": {
    "enrichr-pathways": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server", "-l", "GO_Biological_Process_2025,KEGG_2021_Human,Reactome_2022"]
    },
    "enrichr-disease": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server", "-l", "Human_Phenotype_Ontology,OMIM_Disease,ClinVar_2019"]
    }
  }
}

常用库（默认）

使用默认值时 -l pop 配置：

库	描述
`GO_Biological_Process_2025`	基因本体论术语，描述基因产物实现的生物目标。
`KEGG_2021_Human`	KEGG为人类提供的代谢和信号通路。
`Reactome_2022`	经过治疗和同行评审的通路，涵盖信号传导、代谢和疾病。
`MSigDB_Hallmark_2020`	霍尔马克基因集代表了明确的生物状态和过程。
`ChEA_2022`	ChIP-seq实验鉴定转录因子-基因相互作用。
`GWAS_Catalog_2023`	全基因组关联研究结果将基因与性状联系起来。
`Human_Phenotype_Ontology`	与人类疾病相关的表型异常的标准化词汇。
`STRING_Interactions_2023`	STRING的蛋白质相互作用，包括实验和预测。
`DrugBank_2022`	DrugBank的药物靶点，包括批准和实验化合物。
`CellMarker_2024`	人工筛选的人类和小鼠细胞类型标记。

API详细信息

此服务器使用Enrichr API：

添加列表端点: https://maayanlab.cloud/Enrichr/addList
富集端点: https://maayanlab.cloud/Enrichr/enrich
支持的库：所有图书馆均可通过 Enrich网页界面

发展

npm run build          # Build TypeScript
npm test               # Run tests (unit + integration + MCP protocol)
npm run test:watch     # Run tests in watch mode
npm run watch          # Auto-rebuild on file changes
npm run inspector      # Debug with MCP inspector

需求

Node.js 18+
Enrichr API访问的互联网连接

许可证

麻省理工学院

参考文献

陈勇，谭CM，寇Y，段Q，王Z，Meirelles GV，克拉克NR，马艳艳A.Enricher：交互式协作HTML5基因列表富集分析工具。BMC生物信息学。 2013; 128(14).
Kuleshov MV，Jones MR，Rouillard AD，Fernandez NF，Duan Q，Wang Z，Koplev S，Jenkins SL，Jagodnik KM，Lachmann A，McDermott MG，Monteiro CD，Gundersen GW，Ma’ayan A.Enrich：一个全面的基因集富集分析网络服务器2016更新。核酸研究。 2016;gkw377。
谢Z，贝利A，库列绍夫MV，克拉克DJB。Evangelista JE、Jenkins SL、Lachmann A、Wojciechowicz ML、Kropiwnicki E、Jagodnik KM、Jeon M和Ma'ayan A.使用Enrich进行基因集知识发现。当前协议，1，e90。 2021.doi:10.1002/cpz1.90
Enrichr
模型上下文协议
MCP TypeScript SDK

使用说明

Enrich MCP服务器

安装

克劳德桌面版

光标/VS代码

克劳德代码

铁匠铺

手动配置

特性

工具

suggest_libraries

enrichr_analysis

资源

提示

enrichment_analysis

图书馆类别

配置

命令行选项

格式选项

环境变量

多个服务器实例

常用库（默认）

API详细信息

发展

需求

许可证

参考文献

相关 MCP

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线虫基因组查询服务

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基因组资源协议服务器

网页内容抓取服务器

`suggest_libraries`

`enrichr_analysis`

`enrichment_analysis`