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SAMtools MCP模型控制协议

一个用于SAMtools的模型控制协议实现，提供标准化接口处理SAM/BAM/CRAM文件，支持文件格式转换、排序、索引、统计分析和合并等功能。

  • by sirusb
  • Python
  • 本地部署
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  • 更新于
在 GitHub 查看 sirusb/samtools_mcp

使用说明

SAMtools MCP（模型控制协议）

SAM工具的模型控制协议实现，为处理SAM/BAM/CRAM文件提供了一个标准化的接口。

特性

  • 查看和转换SAM/BAM/CRAM文件
  • 对对齐文件进行排序
  • 索引BAM/CRAM文件
  • 生成统计数据
  • 合并多个BAM文件
  • 计算读取深度
  • FASTA文件索引
  • 还有更多。..

核心能力

  • 文件格式支持：处理SAM（文本）、BAM（二进制）和CRAM（压缩）对齐文件
  • 格式转换：在SAM、BAM和CRAM格式之间无缝转换
  • 区域特定分析：提取并分析特定的基因组区域
  • 基于标志的过滤：基于SAM标志的筛选器读取
  • 性能优化：用于排序和合并的多线程操作
  • 统计分析：生成全面的对齐统计数据

工具概述

工具 描述 主要功能
view 查看和转换对齐文件 -格式转换（SAM/BAM/CRAM）
-区域过滤
-基于标志的过滤
-标题操作
sort 排序对齐文件 -基于坐标的排序
-基于名称的排序
-每线程内存控制
-多线程支持
index 索引BAM/CRAM文件 -BAI索引生成
-CSI指数支持
-CRAM索引创建
merge 合并多个BAM/CRAM文件 -多文件合并
-支持线程的处理
-表头对账
depth 计算读取深度 -每基深度计算
-区域特定分析
-多文件支持
flagstat 生成对齐统计 -综合标志统计
-质量检查
-配对终端指标
idxstats BAM/CRAM索引统计 -参考序列统计
-已映射/未映射计数
-长度信息
faidx FASTA文件索引 -FASTA索引
-区域提取
-序列检索

安装

使用Docker（推荐）

使用SAMtools MCP最简单的方法是通过Docker：

# Pull the Docker image
docker pull nadhir/samtools-mcp:latest

# Run the container
docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest

# To process BAM files, mount a volume:
docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

本地安装

  1. 克隆存储库：
git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git
cd samtools_mcp
  1. 安装依赖项：
pip install uv
uv pip install -r requirements.txt

配置

MCP服务器配置

要配置MCP服务器以使用Docker镜像，请将以下内容添加到MCP配置文件中：

{
  "servers": {
    "samtools": {
      "type": "docker",
      "image": "nadhir/samtools-mcp:latest",
      "volumes": [
        {
          "source": "/path/to/your/data",
          "target": "/data"
        }
      ]
    }
  }
}

本地MCP配置

配置MCP以使用运行 uv，将以下内容添加到您的 ~/.cursor/mcp.json:

{
  "samtools_mcp": {
    "command": "uv",
    "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"]
  }
}

替换 /path/to/samtools_mcp.py 与您的实际路径 samtools_mcp.py 文件。

用法

基本命令

  1. 查看BAM文件：
from samtools_mcp import SamtoolsMCP

mcp = SamtoolsMCP()
result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")
  1. 对BAM文件进行排序：
result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")
  1. 索引BAM文件：
result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

高级用法

  1. 查看带有标志的特定区域：
result = mcp.view(
    input_file="/data/example.bam",
    region="chr1:1000-2000",
    flags_required="0x2",
    output_format="SAM"
)
  1. 按读取名称排序：
result = mcp.sort(
    input_file="/data/example.bam",
    output_file="/data/namesorted.bam",
    sort_by_name=True
)
  1. 使用多个输入文件计算深度：
result = mcp.depth(
    input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"],
    region="chr1:1-1000000"
)

贡献

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许可证

此项目根据MIT许可证获得许可-有关详细信息，请参阅许可证文件。

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