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基因功能富集分析服务器

ToppGene MCP服务器为AI助手提供直接访问ToppGene Suite的功能，用于基因功能富集分析，支持基因列表输入并返回统计排名通路、疾病、表型等注释结果，同时生成TSV文件供下游分析使用。

  • by pankajrajdeo
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 pankajrajdeo/toppgene-mcp-server

使用说明

🧬 ToppGene MCP服务器

模型上下文协议（MCP）服务器，允许AI助手直接访问 ToppGene套房 用于功能富集分析。提供一个基因列表，并接收统计排名的通路、疾病、表型和其他注释，以及一个包含完整结果的TSV文件，用于下游分析。

🚀 快速开始

🎥 演示

▶️ 观看ToppGene MCP演练

  1. 克隆并进入项目

    git clone https://github.com/<your-account>/toppgene-mcp-server.git
cd toppgene-mcp-server

  2. （可选）创建虚拟环境

    python -m venv .venv
source .venv/bin/activate  # Windows: .venv\Scripts\activate

  3. 安装依赖项

    pip install -e .
# or: pip install -r requirements.txt

  4. 运行服务器

    python toppgene_mcp.py
# or, after installing in editable mode:
toppgene-mcp

服务器通过stdio（默认MCP传输）运行。让它在MCP客户端连接时运行。

🧩 从流行的MCP客户端连接

克劳德桌面

编辑配置文件：

  • macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
  • 窗户： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
  • Linux： ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "toppgene": {
      "command": "python3",
      "args": ["/absolute/path/to/toppgene_mcp.py"]
    }
  }
}

重新启动克劳德桌面；这🔌 MCP指示器应显示 toppgene 如可用。

光标/继续/自定义客户端

任何兼容MCP的客户端都可以使用上面显示的相同命令/args对启动服务器。

🔍 工具和功能

  • toppgene_enrichment_analysis：核心工具。接受1-1000个基因（HGNC、Ensembl、Entrez、UniProt、RefSeq），并返回19个注释类别的丰富术语。
  • 自动基因符号→ 通过ToppGene查找API进行的Entrez ID转换。
  • 可配置的p值阈值、多次测试校正、结果限制和响应详细程度(concise 或 detailed).
  • 支持Markdown或JSON响应，因此代理可以叙述发现或后处理原始数据。

每个请求还会在下面写入一个带时间戳的TSV文件 outputs/ 包含完整的富集结果表（类别、术语ID、术语名称、p值、重叠等）。这允许代理运行后续代码执行，如绘图或过滤。

🧪 可选LangChain代理

LangChain代理示例(toppgene_agent.py)演示了如何使用OpenAI的GPT模型编排MCP工具。要尝试：

pip install -e .[agent]
cp .env.example .env  # then add your OPENAI_API_KEY
python test_agent.py

代理脚本连接到本地MCP服务器，加载可用工具，并回答有关所提供基因的自然语言问题。

📁 项目布局

toppgene-mcp-server/
├── README.md
├── LICENSE
├── pyproject.toml
├── requirements.txt
├── toppgene_mcp.py          # MCP server entry point
├── toppgene_agent.py        # Optional LangChain agent
├── test_agent.py            # Smoke test for the agent
├── setup_claude.sh          # Helper script for Claude Desktop config
├── outputs/                 # Timestamped TSV results (gitignored)
├── docs/
│   ├── INSTALL.md           # Legacy installation notes
│   ├── CLAUDE_SETUP.md      # Detailed Claude Desktop walkthrough
│   └── TSV_FEATURE.md       # TSV output behaviour
└── toppgene_mcp.mov         # Demo walkthrough

📚 其他文件

  • docs/INSTALL.md –快速安装步骤。
  • docs/CLAUDE_SETUP.md –完整的克劳德桌面指南和故障排除提示。
  • docs/TSV_FEATURE.md –深入了解TSV输出工作流程。

🛡️ 许可证

根据 MIT许可证。欢迎拉取请求和发布报告！

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