AI导哈

蛋白质建模工具

Rosetta MCP是一个基于Docker的分子建模服务，提供蛋白质结构优化、突变稳定性分析、蛋白质-蛋白质对接等7项核心功能，适用于生物信息学和药物研发领域。

  • by MacromNex
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 Biomolecular-Design-Nexus/rosetta_mcp

使用说明

罗塞塔MCP

通过Docker使用Rosetta套件进行蛋白质建模和设计

用于分子建模的MCP（模型上下文协议）服务器，具有7个核心工具：

  • 使用Relax方案细化蛋白质结构
  • 突变稳定性分析（ΔΔG计算）
  • 通过异步跟踪提交蛋白质对接作业
  • 提交循环建模作业
  • 提交蛋白质配体对接作业
  • 监控和检索作业结果
  • 列出可用的示例结构

Docker快速入门

方法1：从GitHub中提取预构建映像

最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/rosetta_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add rosetta -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/rosetta_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 `pwd` 展开到当前工作目录。

要求：

  • 码头工人
  • 已安装克劳德代码

就是这样！Rosetta MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。

方法2：在本地构建Docker镜像

自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/rosetta_mcp.git
cd rosetta_mcp

# Build the Docker image
docker build -t rosetta_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add rosetta -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` rosetta_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 `pwd` 展开到当前工作目录。

要求：

  • 码头工人
  • 已安装克劳德代码
  • Git（克隆存储库）

关于Docker标志：

  • -i --Claude Code的交互模式
  • --rm --退出后自动移除容器
  • --user `id -u`:`id -g` --以当前用户身份运行容器，因此输出文件归您所有（不是root）
  • -v --装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据

验证安装

添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：

# List registered MCP servers
claude mcp list

# You should see 'rosetta' in the output

在Claude Code中，您现在可以使用所有7个Rosetta工具：

  • refine_protein_structure
  • calculate_ddg
  • submit_protein_docking
  • submit_loop_modeling
  • submit_ligand_docking
  • get_job_status
  • get_job_result

后续步骤

  • 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：
    • 可用的MCP工具和参数
    • 本地Python环境设置（Docker的替代方案）
    • 示例工作流和用例
    • PyRosetta许可证信息
    • 故障排除

使用示例

注册后，您可以直接在Claude Code中使用Rosetta工具。以下是一些常见的工作流程：

示例1：蛋白质结构优化

I have a protein structure at /path/to/protein.pdb. Can you use refine_protein_structure to refine it with 5 trajectories and 100 cycles, saving results to /path/to/results/?

示例2：突变稳定性分析

I want to analyze how mutations A10G, A10L, and A10F affect the stability of /path/to/protein.pdb. Can you use calculate_ddg with 5 trajectories and report which mutations are stabilizing vs destabilizing?

实施例3：蛋白质对接

I have a protein complex at /path/to/complex.pdb with chain break at residue 150. Can you submit a docking job using submit_protein_docking with 20 trajectories, save results to /path/to/docking/, and monitor progress until completion?

故障排除

找不到Docker？

docker --version  # Install Docker if missing

未找到克劳德代码？

# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code

PyRosetta不可用？

  • 所有工具在没有PyRosetta的情况下都可以在演示模式下工作
  • 要获得完整功能，需要PyRosetta学术或商业许可证
  • 看 detail.md PyRosetta安装说明

许可证

Rosetta许可证——基于 Rosetta Commons 软件套件。学术用途免费注册。

相关 MCP