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蛋白质序列搜索与比对工具

MMseqs2 MCP是一个基于Docker的蛋白质序列搜索和多序列比对生成工具，支持GPU加速和大规模数据库查询。

  • by MacromNex
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 Biomolecular-Design-Nexus/mmseqs2_mcp

使用说明

MMseqs2 MCP

通过Docker使用MMseqs2进行超快速蛋白质序列搜索和MSA生成

使用核心工具进行序列分析的MCP（模型上下文协议）服务器：

  • 在大型数据库（UniRef100等）中搜索蛋白质序列
  • 生成A3M格式的多序列比对（MSA）
  • GPU加速搜索高吞吐量工作流
  • 序列聚类和数据库管理

Docker快速入门

方法1：从GitHub中提取预构建映像

最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/mmseqs2_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add mmseqs2 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/mmseqs2_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 `pwd` 展开到当前工作目录。

要求：

  • 码头工人
  • 已安装克劳德代码

就是这样！MMseqs2 MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。

方法2：在本地构建Docker镜像

自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/mmseqs2_mcp.git
cd mmseqs2_mcp

# Build the Docker image
docker build -t mmseqs2_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add mmseqs2 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` mmseqs2_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 `pwd` 展开到当前工作目录。

要求：

  • 码头工人
  • 已安装克劳德代码
  • Git（克隆存储库）

关于Docker标志：

  • -i --Claude Code的交互模式
  • --rm --退出后自动移除容器
  • --user `id -u`:`id -g` --以当前用户身份运行容器，因此输出文件归您所有（不是root）
  • -v --装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据

验证安装

添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：

# List registered MCP servers
claude mcp list

# You should see 'mmseqs2' in the output

后续步骤

  • 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：
    • 可用的MCP工具和参数
    • 本地Python环境设置（Docker的替代方案）
    • 数据库设置（UniRef100等）
    • 示例工作流和用例
    • 故障排除

使用示例

注册后，您可以直接在Claude Code中使用MMseqs2工具。以下是一些常见的工作流程：

示例1：为蛋白质序列生成MSA

Can you create an MSA for the DHFR protein sequence using the mmseqs2 MCP? The sequence is: MISLIAALAVDRVIGMENAMPWNLPADLAWFKRNTLNKPVIMGRHTWESIGRPLPGRKNIILSSQPGTDDRVTWVKSVDEAIAACGDVPEIMVIGGGRVYEQFLPKAQKLYLTHIDAEVEGDTHFPDYEPDDWESVFSEFHDADAQNSHSYCFEILERR. Save the output A3M file to /path/to/output/DHFR.a3m.

示例2：序列相似性搜索

I have a FASTA file at /path/to/query.fasta. Can you search it against the UniRef100 database using MMseqs2 and save the alignment results to /path/to/results/? Use sensitivity 7.5 for high-quality hits.

示例3：批量MSA生成

I have multiple protein sequences in /path/to/sequences.fasta that I need MSAs for. Can you run MMseqs2 search for each sequence and generate A3M files in /path/to/msas/ directory?

故障排除

找不到Docker？

docker --version  # Install Docker if missing

未找到克劳德代码？

# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code

找不到数据库？

  • 设置 MMSEQS2_DB_PATH 指向数据库的环境变量
  • 添加 -e MMSEQS2_DB_PATH=/path/to/db 转到docker run命令

许可证

GPL——基于 嗯2 Söding Lab。

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