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Kappa模拟服务器

Kappybara MCP服务器是一个用于运行Kappa模拟的模型上下文协议服务器，适用于分子交互系统的规则模拟。

  • by metareflection
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 metareflection/kappybara-mcp

使用说明

Kappybara MCP服务器

用于使用Kappybara包运行Kappa模拟的MCP（模型上下文协议）服务器。这允许LLM直接运行基于规则的分子相互作用系统模拟。

使用的Python包：

特性

  • 运行Kappa模拟：使用kappybara执行具有可定制参数的Kappa模型
  • csv输出：将模拟结果作为CSV数据获取，以便于分析
  • 示例模型：内置示例模型（可逆结合、线性聚合）
  • 纯Python：将kappybara Python库用于所有模拟

安装

  1. 克隆或下载此存储库
  2. 安装依赖项：
pip install -r requirements.txt

用法

运行MCP服务器

fastmcp run main.py

与Claude Desktop一起使用

fastmcp install claude-desktop main.py

可用工具

run_kappa_simulation

运行Kappa模拟，并使用stdout、stderr和CSV输出返回结果。

参数：

  • kappa_code （string，必填）：用于模拟的Kappa模型代码
  • time_limit （浮动，默认值：100.0）：最大模拟时间
  • points （int，默认值：200）：要收集的数据点数
  • seed （int，可选）：随机种子用于再现

退货： 包含三个字段的JSON字符串：

  • stdout：模拟的标准输出
  • stderr：标准错误输出（警告、错误）
  • output：带有模拟结果的CSV数据

例子：

kappa_code = """
%init: 100 A(x[.])
%init: 100 B(x[.])

%obs: 'AB' |A(x[1]), B(x[1])|

A(x[.]), B(x[.]) <-> A(x[1]), B(x[1]) @ 1, 1
"""

result = run_kappa_simulation(kappa_code, time_limit=50, points=100)
# Result is a JSON string like:
# {
#   "stdout": "",
#   "stderr": "",
#   "output": "time,AB\n0.0,0\n0.01,1\n..."
# }

可用资源

kappa://examples/simple

一个简单的可逆绑定模型（kappybara语法）。

kappa://examples/polymerization

线性聚合模型（kappybara语法）。

Kappa语言基础（Kappybara语法）

Kappybara对Kappa模型使用特定的语法。这里有一个快速参考：

基本语法

%init: 100 AgentName(site1[.], site2[state])  # Initialize agents
%obs: 'Observable' |pattern|                   # Define observable
pattern -> pattern @ rate                      # Define rule (irreversible)
pattern <-> pattern @ rate1, rate2             # Define rule (reversible)

结合位点

  • [.] -未绑定站点
  • [1], [2]等等。-结合位点（结合标签）
  • [_] -任何绑定状态的通配符

示例：可逆绑定

%init: 100 A(x[.])
%init: 100 B(x[.])

%obs: 'A_free' |A(x[.])|
%obs: 'B_free' |B(x[.])|
%obs: 'AB_complex' |A(x[1]), B(x[1])|

// Reversible binding with forward rate 0.001 and reverse rate 0.1
A(x[.]), B(x[.]) <-> A(x[1]), B(x[1]) @ 0.001, 0.1

发展

项目结构

kappybara-mcp/
├── main.py              # MCP server implementation
├── requirements.txt     # Python dependencies
├── README.md           # This file
└── test_example.py     # Example test/demo script

测试

运行测试示例：

python test_example.py

运作原理

  1. MCP服务器通过模型上下文协议公开Kappa仿真功能
  2. LLMs可以致电 run_kappa_simulation 带有Kappa代码（使用kappybara语法）和参数的工具
  3. 服务器使用Kappybara Python库来解析模型并运行模拟
  4. 结果以JSON格式返回，带有stdout、stderr和CSV输出，可以进行分析或可视化

参考文献

许可证

麻省理工学院

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