分子传输工作流服务

MolTransService

MolTransService 是用于分子连接传输工作流程的MCP服务。它公开了一组工具，让Codex等代理：

• 将自然语言研究问题转化为结构化问题 MolSimTransport 传输协议，
• 构建扩展分子（EM）结构，
• 建造完整的连接结构，
• 如果满足以下条件，则执行下游shell工作流 MolSimTransport 并且安装了所需的外部二进制文件。

推荐环境

我们建议在Windows或Linux系统上的WSL中使用此项目，因为 MolSimTransport 需要在Linux环境中运行。

可用的MCP工具

MCP服务器公开了三个工具：

1. initialize_transport_workflow 返回运输辅助系统提示和参考文档路径。先叫这个。

2. protocol_generator 解析研究查询，从本地报告数据库中检索类似的报告，并生成传输计算协议。

3. structure_builder 根据用户提供的分子文件和参数构建L2/L3输入结构。

先决条件

在使用此项目之前，请安装以下必备组件。

1.MolSimTransport

该项目依赖于 MolSimTransport 用于分子运输工作流程的执行。

有关安装细节，请参阅 MolSimTransport存储库.

2.DFTB+

DFTB+ 是L3工作流使用的外部电子结构后端。我们建议使用conda安装DFTB+：

conda install -c conda-forge "dftbplus=24.1=nompi_h5d91ca9_100"

有关更多安装选项，请参阅官方 DFTB+下载页面.

3.食品法典

Codex 用作此工作流中的通用AI代理。它负责文件操作、工作流管理以及连接到本项目提供的MCP服务器。

其他编码代理，例如 Claude Code 或 Gemini-cli，可以发挥类似的作用。主要区别在于每个代理如何连接和管理MCP服务器。

有关Codex的安装和使用，请参阅官方 Codex CLI文档.

注意：要使用Codex，您需要具有Codex访问权限的ChatGPT计划，如Plus或Pro，或OpenAI API密钥。

如何使用

1.安装Python依赖项

首先，从以下位置安装所需的Python依赖项 requirements.txt.

pip install -r requirements.txt

2.配置Codex以连接到MCP服务器

通过编辑来配置Codex config.toml 文件。此文件通常位于 .codex 用户主目录下的目录，例如：

~/.codex/config.toml

将以下内容添加到 config.toml:

[mcp_servers.mol_trans_service]
url = "http://127.0.0.1:9000/mcp"
tool_timeout_sec = 300

配置完成后，Codex将能够连接到该项目提供的MCP服务。

3.配置协议生成API

协议生成模块需要与OpenAI兼容的LLM API。

复制示例环境文件：

cp .env.example .env_for_gen_report

然后编辑 .env_for_gen_report 并配置所需的API信息，包括：

• LLM API密钥
• LLM API URL
• 模型名称（用于查询解析和协议生成；通常设置为相同的模型）

例子：

LLM_API_KEY=your_api_key_here
LLM_API_URL=your_api_url_here
PARSE_MODEL=your_model_name_here
GEN_MODEL=your_model_name_here

4.启动MCP服务器并检查MCP加载情况

首先，通过运行以下命令启动MCP服务器 mcp_server.py:

python mcp_server.py

这将在端口上启动本地MCP服务 9000.

注意：如果需要，端口号可以更改，但必须与Codex中配置的MCP服务器URL一致 config.toml.

然后，在项目工作区中运行Codex：

codex --yolo

Codex启动后，检查MCP服务是否已正确加载：

/mcp

您应该在MCP列表中看到此项目的注册MCP服务。

5.与食品法典委员会互动

确认MCP服务可用后，您可以开始用自然语言与Codex交互。

首先，要求Codex进入分子输运计算辅助模式。例如：

Enter the molecular transport calculation assistant mode.

初始化后，您可以要求Codex执行不同的任务，例如：

• 根据研究查询生成传输计算协议；
• 构建L2或L3分子连接结构；
• 执行在生成的协议中描述的工作流；
• 在工作流程中向Codex寻求一般帮助，例如生成几何处理或绘图脚本，帮助分析计算结果，并为下一步提供建议。

示例提示：

Generate a molecular transport calculation protocol for the following research query: ...

Build an L2 structure using the molecule file ... with anchor atoms ...

Follow the generated protocol and execute the molecular transport workflow step by step.