AI导哈

AI控制分子可视化工具

PyMOL AI Assistant是一款通过自然语言或MCP协议控制PyMOL分子可视化软件的插件，支持多种LLM提供商和双语界面，适用于生物分子结构分析和科研可视化。

  • by Masterchiefm
  • Python
  • 云端部署
  • 2 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 Masterchiefm/pymol-ai-MCP

使用说明

PyMOL AI助手

通过AI聊天或MCP协议用自然语言控制PyMOL。

简体中文 | 英语 （当前）

✨ 特性

特性 描述
🤖 AI聊天 使用自然语言控制PyMOL，无需记忆复杂的命令
🔌 MCP服务器 内置MCP服务器，通过SSE将PyMOL工具暴露给外部AI客户端
🌊 流媒体 通过颜色区分实时显示AI思维过程和输出
🔧 工具调用 AI可以直接操作PyMOL：加载结构、设置样式、保存图像等。
⚙️ 组态管理 支持12+LLM提供商，支持导入/导出
🌐 双语 中英文界面一键切换

建筑

┌──────────────────┐    MCP (SSE)    ┌─────────────────────────┐
│  AI Client       │ ◄──────────────► │  PyMOL AI Assistant     │
│  (Cherry Studio, │                  │  (Plugin + MCP Server)  │
│   Cursor, etc.)  │                  │                         │
└──────────────────┘                  └────────────┬────────────┘
                                                   │
                                                   ▼
                                              ┌─────────┐
                                              │  PyMOL  │
                                              └─────────┘

与PyMOL交互的两种方式：

  1. 内置AI聊天 --在插件内直接与AI聊天以控制PyMOL
  2. MCP服务器 --启动MCP服务器，从任何兼容MCP的AI客户端连接

📥 安装

通过插件管理器安装

  1. 下载插件

    • 下载 pymol-ai-assistant.zip 从 发布

  2. 安装

    • 打开PyMOL→ 插件→ 插件管理器→ 安装新插件
    • 选择下载的zip文件
    • 重新启动PyMOL

🚀 快速开始

方式一：人工智能聊天（插件）

  1. 启动PyMOL，打开插件→ AI助手
  2. 配置API（配置选项卡）：添加API URL、密钥、模型
  3. 与AI聊天以控制PyMOL

方式2:MCP服务器（外部AI客户端）

  1. 启动PyMOL，打开插件→ AI助手
  2. 切换到 主控程序 选项卡，单击 启动MCP服务器
  3. 使用MCP选项卡中显示的Cherry Studio配置配置您的AI客户端：
{
  "mcpServers": {
    "pymol-ai-assistant": {
      "url": "http://localhost:8000/sse",
      "type": "sse",
      "description": "PyMOL AI Assistant - Molecular visualization tools"
    }
  }
}
  1. 开始使用AI通过您首选的客户端控制PyMOL

🔌 MCP配置

支持的客户

客户端 配置位置
樱桃工作室 设置→ MCP → 添加服务器
克劳德桌面版 claude_desktop_config.json
光标 .cursor/mcp.json
通义代码 .qwen/settings.json

自定义端口

MCP选项卡自动检测可用端口（默认8000）。您还可以手动设置任何端口。Cherry Studio配置JSON会自动更新。

AI技能提示

MCP选项卡提供了一个技能提示，您可以将其复制到AI客户端，以便它知道如何使用MCP服务器。它包括服务器地址，并指示AI通过MCP协议发现工具。

🔧 可用工具

MCP服务器从插件中公开所有PyMOL工具：

类别 工具 描述
文件 pymol_fetch 从PDB获取结构
文件 pymol_load 加载本地结构文件
文件 pymol_save 将结构保存到文件
文件 pymol_run_script 执行PyMOL/Python脚本
显示器 pymol_show 显示分子表示
显示器 pymol_hide 隐藏分子表示
颜色 pymol_color 设置颜色（支持特殊模式：彩虹、by_chain、by_ss等）
颜色 pymol_bg_color 设置背景颜色
查看 pymol_zoom 缩放到所选内容
查看 pymol_rotate 旋转视图
查看 pymol_reset 重置视图
查看 pymol_center 以选择为中心
选择 pymol_select 创建命名选择
选择 pymol_remove 删除原子/对象
选择 pymol_label 添加标签
资讯 pymol_get_info 获取原子计数、对象、链
资讯 pymol_get_selection_details 含残留物的详细选择信息
资讯 pymol_get_atom_info 获取原子坐标和属性
资讯 pymol_get_residue_info 获取残留物信息
资讯 pymol_get_chain_info 获取链信息
资讯 pymol_get_object_info 获取对象信息
测量 pymol_get_distance 测量距离
测量 pymol_get_angle 测量角度
测量 pymol_get_dihedral 测量二面角
测量 pymol_find_contacts 查找接触原子
渲染 pymol_ray 光线追踪渲染
渲染 pymol_png 将图像另存为PNG
渲染 pymol_capture_view 捕获当前视图屏幕截图
设置 pymol_set 设置PyMOL设置
指挥部 pymol_do_command 执行任意PyMOL命令

重新启动服务器后，添加到插件中的新功能将通过MCP自动可用。

💡 示例用法

加载和可视化

Load PDB 1ake, color each chain differently, show cartoon and surface with transparency

测量距离

What is the distance between the two residues I selected? Show me the measurement.

生成出版物图像

Set white background, show cartoon, ray trace at 2400x2400, save as publication.png

配体结合位点分析

Analyze the binding site of 1AKE. Select the ligand and surrounding 5Å residues, show sticks.

📄 许可证

MIT许可证

📝 特别声明

该项目主要是在人工智能模型的帮助下开发的：

  • 化学K2.5 （Moonshot AI）-核心架构和功能
  • GLM-4.7 （智普AI）-代码优化和特征增强

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