化学信息学工具

使用说明

MCP RDKit项目

概述

这 mcp_rdkit 该项目将RDKit库与MCP（模型上下文协议）框架集成在一起，以提供先进的化学信息学工具。它包括分子可视化、描述符计算和与MCP服务器交互的功能。

特性

分子可视化：使用RDKit生成分子图像。
描述符计算：计算分子量、logP等分子描述符。
MCP服务器集成：与MCP服务器通信，以执行高级化学信息学任务。

项目结构

mcp_rdkit/
- __main__.py：应用程序的入口点。它初始化MCP服务器并在“stdio”模式下运行。
- rdkit_helper.py：包含用于RDKit操作的辅助函数，包括：
  - 将PIL图像转换为base64。
  - 与MCP服务器进行接口连接。
  - 利用RDKit进行化学计算。
setup.py：包装和分发配置。

需求

Python 3.8或更高版本
RDKit库
MCP框架

安装

使用pip安装软件包：
```
pip install mcp-rdkit
```
运行应用程序：
```
python -m mcp_rdkit
```

演示

您可以将其直接集成到Claude App中：

用法

运行MCP服务器: 该应用程序启动了一个可以处理化学信息学任务的MCP服务器。
生成分子图像: 使用RDKit辅助函数来可视化分子。
计算描述符: 利用RDKit的描述符计算工具进行化学分析。

MCP配置示例

要将RDKit服务器与MCP一起使用，请将以下配置添加到您的 mcp 配置文件：

"rdkit-server": {
  "type": "stdio",
  "command": "python",
  "args": [
    "-m",
    "mcp_rdkit"
  ]
}