AI导哈

生物预印本搜索服务

通过MCP协议为AI助手提供生物预印本论文的搜索和元数据访问服务，支持生物学研究分析。

  • by JackKuo666
  • Python
  • 本地部署
  • 26 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server

使用说明

bioRxiv MCP服务器

🔍 使AI助手能够通过简单的MCP界面搜索和访问bioRxiv论文。

bioRxiv MCP服务器通过模型上下文协议（MCP）在AI助手和bioRxiv的预印本存储库之间提供桥梁。它允许人工智能模型搜索生物学预印本，并以程序化的方式访问其元数据。

🤝 贡献•📝 报告Bug

✨ 核心功能

  • 🔎 论文搜索：使用关键字或高级搜索查询bioRxiv论文✅
  • 🚀 高效检索：快速访问纸质元数据✅
  • 📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据✅
  • 📊 研究支持：促进生物科学研究和分析✅
  • 📄 论文访问：下载并阅读论文内容📝
  • 📋 论文列表：查看所有下载的论文📝
  • 🗃️ 本地存储：纸张保存在本地，以便更快地访问📝
  • 📝 研究提示：一组专门用于论文分析的提示📝

🚀 快速开始

先决条件

  • Python 3.10+
  • FastMCP库

安装

  1. 克隆存储库：

    git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
cd bioRxiv-MCP-Server

  2. 安装所需的依赖项：

    pip install -r requirements.txt

通过Smithery安装

通过以下方式自动安装克劳德桌面版bioRxiv服务器 史密瑟里:

克劳德

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

光标

将以下内容粘贴到设置中→ 光标设置→ MCP → 添加新服务器：

  • Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}"

帆板运动

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

渐变群

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

使用Claude Desktop

将此配置添加到您的 claude_desktop_config.json:

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows版本）：

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

与Cline一起使用

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 用法

启动MCP服务器：

python biorxiv_server.py

🛠 MCP工具

bioRxiv MCP服务器提供以下工具：

  1. search_biorxiv_key_words：使用关键字搜索bioRxiv上的文章。
  2. search_biorxiv_advanced：使用多个参数对bioRxiv上的文章进行高级搜索。
  3. get_biorxiv_metadata：使用DOI获取bioRxiv文章的元数据。

搜索论文

你可以让AI助手使用以下查询来搜索论文：

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

获取纸张详细信息

一旦你有了DOI，你可以询问更多细节：

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 项目结构

  • biorxiv_server.py：使用FastMCP的主MCP服务器实现
  • biorxiv_web_search.py：包含用于搜索bioRxiv的网络抓取逻辑

🔧 依赖项

  • Python 3.10+
  • FastMCP
  • 异步IO
  • 日志记录

🤝 贡献

欢迎投稿！请随时提交拉取请求。

📄 许可证

该项目根据MIT许可证获得许可。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请尊重bioRxiv的服务条款，并负责任地使用此工具。

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