AI导哈

生物信息工作流管理工具

Bio-OS MCP Server是一个基于模型上下文协议（MCP）的工具和提示服务器，提供工作流管理和Docker镜像构建能力，适用于生物信息学开发场景。

  • by GBA-BI
  • Python
  • 本地部署
  • 5 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 GBA-BI/bioos-mcp-server

使用说明

Bio-OS MCP服务器

基于模型上下文协议（MCP）的Bio-OS工具和提示服务器，提供工作流管理和Docker镜像构建功能。

用法

我们建议使用VSCode的CLINE扩展与此MCP工具进行交互。有两种部署选项可供选择：在本地计算机上独立安装或在Miracle Cloud IES实例中使用Code Server。选择最适合您需求的选项。

本地安装（通过本地VSCode使用MCP）

先决条件

Bio-OS MCP服务器需要以下依赖关系：

  1. 安装uv（Python包管理器）：
pip install uv
  1. 安装Cromwell（工作流执行引擎）：
brew install cromwell

安装

克隆Bio-OS MCP服务器存储库：

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

配置

在CLINE的MCP设置中配置Bio-OS MCP服务器脚本路径。将占位符替换为安装的绝对路径：

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {
      "command": "path/to/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server",
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src",
        "MIRACLE_ACCESS_KEY": "xxxxxxxxxxxx",
        "MIRACLE_SECRET_KEY": "xxxxxxxxxxxx"
      }
    }
  }
}

按照下面显示的配置过程进行操作。当状态变为绿色时，Bio-OS MCP服务器已准备好使用。如果连接不稳定，请单击“重试连接”：

由于CLINE尚不支持MCP提示，请复制以下内容 bioos-mcp-prompt.md 进入CLINE的自定义说明以获得最佳体验：

完成配置后，您可以开始使用Bio-OS MCP服务器进行开发。

云安装（通过Miracle Cloud中的代码服务器使用MCP）

对于Miracle Cloud用户，我们提供了一个预配置的Docker镜像，其中包含所有Bio-OS MCP服务器依赖项。请按照以下步骤操作：

  1. 使用图像启动IES实例： registry-vpc.miracle.ac.cn/infcprelease/iespro:250217
  2. 选择“使用VSCode打开”以访问开发环境：

代码服务器中的配置

  1. 单击左侧边栏中的CLINE图标并配置LLM模型凭据：

  2. 导航到CLINE的MCP配置页面，并验证Bio-OS MCP服务器是否已正确连接。如果需要，请使用“重试连接”：

配置后，您可以开始使用Bio-OS MCP Server进行开发。

特性

1.工作流管理

  • 提交和监控工作流
  • 上传WDL工作流
  • 验证WDL脚本
  • 生成输入文件模板

2.Docker镜像管理

  • 构建Docker镜像
  • 检查构建状态
  • 监控构建进度
  • 检索构建日志

API 参考

工具

  1. submit_workflow

    • 功能：提交Bio-OS工作流
    • 参数：
      • ak：访问密钥
      • sk：密钥
      • workspace_name：工作区名称
      • workflow_name：工作流名称
      • input_json：输入json文件路径

  2. import_workflow

    • 功能：将WDL工作流上传到Bio-OS系统
    • 参数：
      • ak：访问密钥
      • sk：密钥
      • workspace_name：工作区名称
      • workflow_name：工作流名称
      • 工作流_源：WDL文件路径
      • workflow_desc：工作流描述

  3. validate_wdl

    • 功能：验证WDL工作流脚本
    • 参数：
      • wdl_path:wdl文件路径

  4. generate_inputs

    • 功能：生成WDL输入文件模板
    • 参数：
      • wdl_path:wdl文件路径

  5. build_docker_image

    • 功能：构建Docker镜像
    • 参数：
      • 注册表：映像注册表地址
      • namespace_name：命名空间
      • repo_name：存储库名称
      • tag:版本标签
      • source_path：Dockerfile或存档路径

  6. check_build_status

    • 功能：检查Docker镜像构建状态
    • 参数：
      • task_id：生成任务id

  7. download_gse_data

    • 功能：启动异步任务，从NCBI GEO下载GSE数据集文件
    • 参数：
      • gse_id：要下载的gse id（例如GSE1000）
      • target_dir：目标文件夹的绝对路径

  8. get_gse_download_status

    • 功能：检查GSE下载任务的进度
    • 参数：
      • task_id：download_gse_data返回的任务id

提示（Cline尚不支持）

  1. wdl_development_workflow_prompt

    • 功能：为WDL工作流开发生成完整的指导
    • 内容：
      • WDL脚本开发步骤
      • 任务结构指南
      • 运行时配置要求
      • Docker镜像准备指南

  2. wdl_runtime_prompt

    • 功能：生成WDL运行时配置模板
    • 内容：
      • 所需的docker镜像配置
      • 内存设置（默认值：8 GB）
      • 磁盘设置（默认值：20 GB）
      • CPU设置（默认值：4）

  3. workflow_input_prompt

    • 功能：生成工作流输入准备指南
    • 内容：
      • 输入文件准备步骤
      • 参数验证指南
      • 文件路径要求

  4. workflow_submission_prompt

    • 功能：生成工作流提交模板
    • 内容：
      • 所需凭据（ak/sk）
      • 工作空间配置
      • 输入文件要求

  5. docker_build_prompt

    • 功能：生成Docker构建流程指南
    • 内容：
      • Docker文件生成步骤
      • 构建配置要求
      • 图像注册表设置
      • 构建状态监控指南

注意：Cline环境目前不支持提示。这些提示仅在直接或通过Claude Desktop使用MCP服务器时可用。

✅ MCPHub认证


此服务器由官方认证 MCPHub。在我们的MCPHub配置文件页面上验证认证状态。

贡献

欢迎问题和拉取请求。

许可证

MIT许可证

相关 MCP