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nf-core工具MCP套件

提供用于访问nf-core管道和模块工具的工具套件，包括创建管道、列出模块、创建模块和安装现有模块等功能。

  • by FloWuenne
  • Python
  • 本地部署
  • 1 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 FloWuenne/mcp-nf-core

使用说明

Nf核心工具MCP（非官方）

一个用于实验nf核心工具功能的MCP功能的仓库。

概述

此MCP提供了一套用于访问管道和模块的nf核心工具的工具：

  • 使用nf-core模板创建管道
  • 列出nf核心模块
  • 使用nf-core模块模板创建模块
  • 将现有的nf-core模块安装到您的管道或模块仓库中

出于测试目的，工具是从命令行（cli）和直接从python包（python）实现的。这两个实现存在两个不同的MCP服务器文件：

  1. nf-core.test-server.cli.py
  2. nf-core.test-server.python

安装

安装FastMCP以在Claude Desktop中使用

  1. 用uv创建一个venv：
uv venv
  1. 激活环境：
source .venv/bin/activate
  1. 添加所需的包：
uv add "mcp[cli]" nf-core
  1. 安装服务器
fastmcp install nf-core.test-server.cli.py ## CLI server
fastmcp install nf-core.test-server.python.py ## Python based server

将服务器添加到游标

{
  "mcpServers": {
    "mix_server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "[Full path to the server directory (this repo folder)]]",
        "run",
        "server.py"
      ]
    }
  }
}

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