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生物医学数据处理工具

anndata-mcp-workshop是一个用于生物医学数据处理和分析的工具，支持Python环境下的快速安装和集成。

  • by dschaub95
  • Python
  • 本地部署
  • 2 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 dschaub95/anndata-mcp-workshop

使用说明

anndata mcp研讨会

一段非常有趣的代码

入门

请参阅 文档, 特别是 API 文档.

您还可以在上找到该项目 BioContextAI，生物医学MCP服务器的社区中心： anndata mcp生物上下文AI研讨会.

安装

您的系统上需要安装Python 3.10或更高版本。 如果你没有安装Python，我们建议你安装 紫外线.

安装anndata mcp车间有几种替代方案：

1.使用 uvx 立即运行它

发布到PyPI后：

uvx anndata_mcp_workshop

或者从Git仓库：

uvx git+https://github.com/dschaub95/anndata-mcp-workshop.git@main

2.将其包含在支持 mcp.json 标准

如果您的MCP服务器已发布到PyPI，请使用以下配置：

{
  "mcpServers": {
    "anndata-mcp-workshop": {
      "command": "uvx",
      "args": ["anndata_mcp_workshop"]
    }
  }
}

如果MCP服务器尚未发布到PyPI，请使用以下配置：

{
  "mcpServers": {
    "anndata-mcp-workshop": {
      "command": "uvx",
      "args": ["git+https://github.com/dschaub95/anndata-mcp-workshop.git@main"]
    }
  }
}

对于纯本地开发（例如，在Cursor或VS Code中），请使用以下配置：

{
  "mcpServers": {
    "anndata-mcp-workshop": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--refresh",
        "--from",
        "path/to/repository",
        "anndata_mcp_workshop"
      ]
    }
  }
}

如果要重用现有环境进行本地开发，请使用以下配置：

{
  "mcpServers": {
    "anndata-mcp-workshop": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "path/to/repository", "anndata_mcp_workshop"]
    }
  }
}

3.通过安装 pip:

pip install --user anndata_mcp_workshop

4.安装最新开发版本：

pip install git+https://github.com/dschaub95/anndata-mcp-workshop.git@main

联系

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引用

t.b.a

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