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MHC II类肽结合预测工具

NetMHCIIpan MCP是一个基于Docker的MHC II类肽结合预测和免疫原性评估工具，提供18种功能，包括肽结合预测、蛋白质序列分析和批量处理等。

  • by MacromNex
  • Python
  • 本地部署
  • 1 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 Biomolecular-Design-Nexus/netmhc2pan_mcp

使用说明

NetMHCIPan MCP

通过Docker使用NetMHCIIpan-4.3预测MHC II类结合

MCP（模型上下文协议）服务器，用于MHC II类肽结合预测和免疫原性评估，具有18个工具：

  • 预测肽结合 --预测肽的MHC II结合
  • 蛋白质序列分析 --绘制蛋白质中的免疫原性表位区域
  • predict_custom_mhc_绑定 --使用自定义阿尔法/贝塔链进行绑定预测
  • 预测结合亲和力 --多等位基因结合筛查
  • submit_peptide _药物/submit_proteinanalysis/submit_custom_mhc_药物 --异步作业提交
  • submit_batch_multi_allele_screating/submit_large_pptide筛选/submit_multi_allele_Screating --批量处理
  • get_job_status/get_job_result/get_job_log/cancel_job/list_jobs --作业管理
  • export_预测_to_excel --将结果导出为Excel格式
  • 分析netmhcpan输出 --解析原始NetMHCIPan输出
  • get_server_info --服务器功能和支持的等位基因

Docker快速入门

方法1：从GitHub中提取预构建映像

最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add netmhc2pan_mcp -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 `pwd` 展开到当前工作目录。

要求：

  • 码头工人
  • 已安装克劳德代码

就是这样！NetMHCIPan MCP服务器现在以克劳德代码提供。

方法2：在本地构建Docker镜像

自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/netmhc2pan_mcp.git
cd netmhc2pan_mcp

# Build the Docker image
docker build -t netmhc2pan_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add netmhc2pan_mcp -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` netmhc2pan_mcp:latest

关于Docker标志：

  • -i --Claude Code的交互模式
  • --rm --退出后自动移除容器
  • --user `id -u`:`id -g` --以当前用户身份运行容器
  • -v --装载项目目录

验证安装

claude mcp list
# You should see 'netmhc2pan_mcp' in the output

在Claude Code中，您现在可以使用所有18个工具：

  • predict_peptide_binding, analyze_protein_sequence, predict_custom_mhc_binding, predict_binding_affinity
  • submit_peptide_prediction, submit_protein_analysis, submit_custom_mhc_prediction
  • submit_batch_multi_allele_screening, submit_large_peptide_screening, submit_multi_allele_screening
  • get_job_status, get_job_result, get_job_log, cancel_job, list_jobs
  • export_predictions_to_excel, analyze_netmhcpan_output, get_server_info

后续步骤

  • 详细文件：参见 detail.md 获取全面的指南，包括本地安装、脚本使用、配置文件、演示数据、等位基因列表和故障排除

使用示例

预测肽与MHC II的结合

Use predict_peptide_binding with peptides "AAAGAEAGKATTE,AALAAAAGVPPADKY" for allele DRB1_0101 and include summary statistics

绘制蛋白质表位

Run analyze_protein_sequence on @my_protein.fasta using allele DRB1_0101 with context-aware prediction enabled

人口覆盖筛查

Run predict_binding_affinity on @peptides.txt across alleles "DRB1_0101,DRB1_0301,DRB1_1501" and generate Excel output

故障排除

Docker问题

问题： 找不到容器或拉取失败

# Verify Docker is running
docker info

# Pull with explicit tag
docker pull ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

问题： 输出文件的权限被拒绝

# Ensure you're using the --user flag
docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

问题： MCP服务器没有响应

# Re-register with Claude Code
claude mcp remove netmhc2pan_mcp
claude mcp add netmhc2pan_mcp -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

问题： 在容器内找不到文件路径

# Make sure to run Claude Code from the directory containing your files
# The -v `pwd`:`pwd` flag mounts only the current directory
cd /path/to/your/project
claude

问题： 容器内出现NetMHCIPan二进制错误

# Test the container directly
docker run --rm ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest --help

# If the binary fails, rebuild the image
docker build --no-cache -t netmhc2pan_mcp:latest .

许可证

学术许可证——基于DTU生物信息学的NetMHCIIpan-4.3。对于商业用途，请从以下机构获得许可证 DTU健康技术.

学分

  • NetMHCIIpan-4.3：原始软件由 DTU生物信息学
  • MCP集成：采用FastMCP框架构建

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