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PubChem数据库查询工具

一个用于查询PubChem数据库中化合物、物质、生物测定及相关信息的MCP服务器。

  • by BioContext
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 biocontext/pubchem-mcp

使用说明

PubChem MCP

用于访问PubChem数据的MCP（模型上下文协议）服务器。此服务器提供用于查询PubChem数据库中化合物、物质、生物测定和相关信息的工具。

特性

  • 按名称、结构或标识符搜索化合物
  • 检索化合物和物质的详细信息
  • 访问生物测定数据和分子特性
  • 查询化学分类和交叉引用
  • 与任何MCP客户端兼容，包括桌面版的Claude

安装

选项1：来自GitHub

# Clone the repository
git clone https://github.com/BioContext/PubChem-MCP.git
cd PubChem-MCP

# Create a virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate  # On Windows: .venv\Scripts\activate

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

选项2：使用pip（一旦发布）

pip install pubchem-mcp

用法

作为独立服务器运行

# From source
python -m mcp_server

# If installed via pip
pubchem-mcp

使用Claude for Desktop

  1. 安装桌面版Claude
  2. 通过编辑配置Claude for Desktop以使用此服务器 ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json （macOS/Linux）或 %AppData%\Claude\claude_desktop_config.json （Windows）：
{
    "mcpServers": {
        "pubchem": {
            "command": "python",
            "args": [
                "-m",
                "mcp_server"
            ]
        }
    }
}
  1. 重新启动桌面版的Claude
  2. 您现在可以在Claude中使用PubChem工具

Claude的示例查询

  • “在PubChem中查找有关阿司匹林的信息”
  • “化合物CID 2244的性质是什么？”
  • “给我看看扑热息痛的结构”

可用工具

  • search_compound：按名称或标识符搜索化合物
  • get_compound_details：获取化合物的详细信息
  • get_compound_properties：获取化合物的物理和化学性质
  • search_bioassay：搜索生物测定
  • get_substance_details：获取有关物质的详细信息
  • 还有更多。..

发展

# Clone the repository
git clone https://github.com/BioContext/PubChem-MCP.git
cd PubChem-MCP

# Create a virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate  # On Windows: .venv\Scripts\activate

# Install development dependencies
pip install -e ".[dev]"

# Run tests
pytest

许可证

MIT许可证

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