使用说明
非官方生物研究MCP服务器
一个简化的模型上下文协议（MCP）服务器，提供对EBI生物研究数据库的可靠访问。该服务器专注于与当前的BioStudies API保持一致的核心功能，确保对生物研究元数据的可靠访问。
由开发 增强自然
特性
- 研究详情：通过丰富的元数据提取获取有关具体研究的全面信息
- 登录验证：验证研究登录号并检查研究是否存在
- 批处理：在单个请求中高效检索多个研究
- 丰富的数据提取：增强了对研究元数据的解析，包括属性、文件、链接和小节
- 性能可靠：仅包括与当前API一致工作的工具
安装
先决条件
- Node.js 18或更高版本
- npm或纱线
设置
- 克隆或下载服务器文件
- 安装依赖项：
npm install
- 构建服务器：
npm run build
- 启动服务器：
npm start
用法
服务器提供3种可靠的工具，用于与BioStudies API交互：
1.获取研究详情(get_study_details)
检索有关特定研究的全面信息，包括丰富的元数据、外部参考、相关文件和详细属性。
{
"accno": "S-BSST1234"
}
响应特征示例：
- 完整的研究属性和章节详细信息
- 外部数据库参考和链接
- 与大小和类型关联的文件信息
- 分段数据和层次信息
- 作者详细信息，包括隶属关系和ORCID ID
- 丰富的描述和方法
2.验证研究加入(validate_study_accession)
验证登录号格式，并检查数据库中是否存在该研究。
{
"accno": "E-MTAB-1234"
}
答复包括：
- 格式验证结果
- 研究存在确认
- 基本研究信息（如果找到）
- 访问级别（公共/受限）
3.批量获取研究(batch_get_studies)
在单个请求中高效检索多个研究的信息（最多50个研究）。
{
"accessions": ["S-BSST1234", "E-MTAB-5678", "EMPIAR-9012"]
}
特征：
- 一次处理多达50项研究
- 每项研究的成功/失败状态
- 失败检索的详细错误报告
- 高效并行处理
支持的登录格式
服务器识别这些登录号模式：
- S-BSST#### -生物研究提交
- E-MTAB-#### -ArrayExpress研究
- 帝国 - #### -EMPIAR电子显微镜数据
- S-BIAD#### -生物图像数据
- S-BSMS#### -生物样本数据
- 中华人民共和国#### -项目加入
例子
获取详细的研究信息
{
"accno": "E-MTAB-7249"
}
这将返回全面的元数据，包括研究描述、方法、作者信息、文件列表和外部数据库链接。
验证多个登录号
{
"accessions": [
"S-BSST1234",
"E-MTAB-5678",
"INVALID-123"
]
}
这有效地处理了多个研究和报告——哪些存在，哪些失败了，并显示了特定的错误消息。
检查是否存在登录
{
"accno": "EMPIAR-10001"
}
这验证了格式并确认了数据库中是否存在该研究。
错误处理
服务器为以下对象提供明确的错误消息：
- 登录号格式无效
- 不存在的研究
- 网络连接问题
- 缺少必要参数
- 速率限制和超时
API详细信息
- 基本URL:
https://www.ebi.ac.uk/biostudies/api/v1 - 格式：带有全面元数据的JSON响应
- 超时：每个请求30秒
- 批量限制：每批申请最多50项研究
数据质量
此服务器包括增强的数据提取功能，可以：
- 分析API中复杂的嵌套JSON结构
- 提取全面的研究属性和章节详细信息
- 包括文件信息、外部链接和引用
- 提供丰富的元数据，包括描述、方法和作者详细信息
- 处理各种研究类型和收集格式
发展
建筑
npm run build
发展模式
npm run dev
项目结构
biostudies-server/
├── src/
│ ├── index.ts # Main server entry point
│ ├── handlers/
│ │ └── biostudies-handlers.ts # Tool implementations
│ ├── types/
│ │ └── biostudies.ts # TypeScript interfaces
│ └── utils/
│ └── api-client.ts # HTTP client with enhanced parsing
├── build/ # Compiled JavaScript
├── package.json
├── tsconfig.json
└── README.md
集合
BioStudies包括来自多个集合的数据：
- 爱瑞快递：基因表达和功能基因组学研究
- 生物图像：显微镜生物成像数据
- 帝国：电子显微镜公共图像档案
- 生物样品：示例元数据和描述
- 一般生物研究：多组学和一般生物学研究
用例
此服务器特别适用于：
- 研究数据发现：查找和分析生物学研究
- 元数据抽取：检索全面的研究信息
- 数据集成：将生物研究数据纳入分析管道
- 登录验证：验证数据库中的研究标识符
- 批处理：高效处理多项研究
支持
关于以下问题：
- 此MCP服务器：将问题提交到服务器存储库
- 生物研究API：联系方式biostudies@ebi.ac.uk
- 研究数据：使用研究元数据中提供的联系信息
许可证
MIT许可证-有关详细信息，请参阅许可证文件。
