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基因组变异分析服务

OakVar MCP Server是一个通过Model Context Protocol (MCP)将OakVar的基因组变异分析功能暴露给AI助手的服务。

  • by zaroganos
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 Zaroganos/oakvar-mcp

使用说明

OakVar MCP服务器

A. 模型上下文协议（MCP） 暴露的服务器 OakVar 的的基因组变异分析功能提供给人工智能助手。

支持的MCP客户端： Claude Desktop、ChatGPT Desktop和其他MCP兼容客户端。

快速开始

# 1. Install OakVar and the MCP server
pip install oakvar oakvar-mcp

# 2. Setup OakVar (first time only)
ov system setup

# 3. Configure your MCP client (see SETUP.md)

📖 完整的设置说明：参见 设置.md

这是什么？

此MCP服务器允许您通过Claude或ChatGPT等AI助手控制OakVar。您可以简单地问：

  • “安装了哪些OakVar模块？”
  • “安装ClinVar注释器”
  • “在带有gnomAD注释的VCF文件上运行OakVar”
  • “显示结果中的致病性变体”

特性

类别 功能
管道 运行注释，生成报告（VCF、Excel、CSV）
模块 安装、更新、列出、搜索200多个注释器模块
数据 查询结果数据库、过滤器变量、导出数据
发展 创建模块模板，打包分发

建筑

┌─────────────────┐     MCP Protocol     ┌──────────────────┐
│   Claude /      │◄────────────────────►│  OakVar MCP      │
│   ChatGPT       │    (stdin/stdout)    │     Server       │
└─────────────────┘                      └────────┬─────────┘
                                                  │
                                                  │ Python API
                                                  ▼
                                         ┌──────────────────┐
                                         │     OakVar       │
                                         │ Variant Analysis │
                                         └──────────────────┘

安装

注意：OakVar和此MCP服务器必须安装在同一Python环境中。如果使用虚拟环境，请将MCP客户端配置为使用该环境的完整路径 oakvar-mcp 可执行。

来源

git clone https://github.com/zaroganos/oakvar-mcp.git
cd oakvar-mcp
pip install -e .

配置

克劳德桌面

增添 claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "oakvar": {
      "command": "oakvar-mcp"
    }
  }
}

ChatGPT桌面

增添 chatgpt_mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "oakvar": {
      "command": "oakvar-mcp"
    }
  }
}

📖 配置文件位置和故障排除：参见 设置.md

可用工具（19）

工具 说明
oakvar_version 获取OakVar版本
oakvar_system_check 验证安装
oakvar_system_setup 配置OakVar
oakvar_modules_dir 获取/设置模块目录
oakvar_module_list 列出模块
oakvar_module_info 获取模块详细信息
oakvar_module_install 安装模块
oakvar_module_uninstall 移除模块
oakvar_module_update 更新模块
oakvar_run 运行注释管道
oakvar_report 生成报告
oakvar_sqliteinfo 获取数据库信息
oakvar_filtersqlite 筛选数据库
oakvar_query 执行SQL查询
oakvar_new_module 创建模块模板
oakvar_new_exampleinput 创建测试输入
oakvar_module_pack 分发包装
oakvar_store_fetch 刷新存储缓存
oakvar_store_register 注册模块

发展

# Clone and install in dev mode
git clone https://github.com/zaroganos/oakvar-mcp.git
cd oakvar-mcp
pip install -e ".[dev]"

# Run tests
pytest tests/ -v

项目结构

oakvar-mcp/
├── oakvar_mcp/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   └── server.py
├── tests/
│   └── test_server.py
├── pyproject.toml
├── README.md
├── SETUP.md
├── claude_desktop_config.example.json
└── chatgpt_mcp_config.example.json

许可证

MIT许可证

链接

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