临床论文数据提取工具

一个模拟人类浏览行为的代理管道,用于收集临床论文、规范化内容并提取结构化的患者记录和诊断信息。

  • by ytydt
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 ytydt/ExtractFromPaperMCP

使用说明

从纸张中提取MCP(可能指某种特定信息或数据,具体需根据上下文确定)

一个代理管道,模拟人类浏览行为来收集临床论文,对内容进行规范化处理,并提取结构化的患者记录和诊断信息。

特点/特性

  • 受MCP启发的浏览代理,具备随机延迟和重试逻辑
  • 由BeautifulSoup和pdfminer驱动的HTML/PDF规范化处理流程
  • 带有可插拔LLM客户端(启发式离线默认)的信息提取代理
  • 诊断验证以突出低置信度输出
  • 存储富含血缘信息的JSON工件的知识库
  • 用于批量处理URL列表的异步命令行界面(CLI)

安装

pip install -e .[dev]

使用

python -m extractor.cli https://example.com/paper1 https://example.com/paper2

或者提供一个包含URL的文件:

python -m extractor.cli --urls-file urls.txt --output-dir outputs

命令行界面(CLI)将提取的数据写入所选的输出目录中的JSON文件。

测试

pytest