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PyMOL与Claude AI集成工具

PyMOL-MCP通过模型上下文协议(MCP)将PyMOL与Claude AI连接，实现通过自然语言进行对话式结构生物学、分子可视化和分析。

  • by vrtejus
  • Python
  • 本地部署
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  • 更新于
在 GitHub 查看 vrtejus/pymol-mcp

使用说明

PyMOL MCP：将PyMOL与Claude AI集成

PyMOL MCP通过模型上下文协议（MCP）将PyMOL连接到Claude AI，使Claude能够直接与PyMOL交互和控制PyMOL。这种强大的集成允许通过自然语言进行对话式结构生物学、分子可视化和分析。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

特性

  • 双向通信：通过基于套接字的服务器将Claude AI连接到PyMOL
  • 智能命令解析：PyMOL命令的自然语言处理
  • 分子可视化控制：操纵表示、颜色和视图
  • 结构分析：执行测量、校准和其他分析
  • 代码执行：在Claude的PyMOL中运行任意Python代码

安装指南

先决条件

  • PyMOL已安装在您的系统上
  • Claude桌面版
  • Python 3.10或更新版本
  • Git

步骤1：安装UV包管理器

在macOS上：

brew install uv

在Windows上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

对于其他平台，请访问 紫外线安装指南.

步骤2：克隆存储库

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

步骤3：设置环境

创建并激活Python虚拟环境：

python -m venv venv

在macOS/Linux上：

source venv/bin/activate

在Windows上：

venv\Scripts\activate

步骤4：安装依赖项

虚拟环境激活后：

pip install mcp

步骤5：配置Claude桌面

  1. 打开克劳德桌面
  2. 转到Claude>设置>开发人员>编辑配置
  3. 这将打开 claude_desktop_config.json 文件
  4. 添加MCP服务器配置：
{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

注： 使用系统上的实际完整路径。在Windows上，使用正斜杠（/）而不是反斜杠。

步骤6：安装PyMOL插件

  1. 打开PyMOL
  2. 转到插件→ 插件管理器
  3. 点击“安装新插件”选项卡
  4. 选择“选择文件…”并导航到克隆的存储库
  5. 选择 pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py 文件
  6. 点击“打开”并按照提示安装插件

用法

启动连接

  1. 在PyMOL中：

    • 转到插件→ PyMOL MCP插座插件
    • 点击“开始收听”
    • 状态应更改为“正在侦听端口9876”

  2. 在克劳德桌面中：

    • 聊天时，您应该在工具部分看到一个锤子图标
    • 单击它以访问PyMOL工具

示例命令

以下是一些你可以要求克劳德做的事情的例子：

  • “加载PDB 1UBQ并将其显示为卡通”
  • “通过二级结构给蛋白质着色”
  • “用木棒代表突出显示活性部位残留物”
  • “对齐两个结构并显示它们的差异”
  • “计算这两个残基之间的距离”
  • “将此视图另存为高分辨率图像”

故障排除

  • 连接问题：在尝试从Claude连接之前，请确保PyMOL插件正在监听
  • 命令错误：检查PyMOL输出窗口是否有任何错误消息
  • 插件未出现：重新启动PyMOL并检查插件是否正确安装
  • 克劳德未连接：验证Claude配置文件中的路径是否正确

限制和注意事项

  • 套接字连接要求PyMOL和Claude在同一台机器上运行
  • 一些复杂的操作可能需要分解为更简单的步骤
  • 在使用实验功能之前，请务必保存您的工作
  • 加入我们的Bio-MCP社区，排除故障，提供反馈并改进Bio-MCP！https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

贡献

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许可证

此项目根据MIT许可证获得许可-有关详细信息，请参阅许可证文件。

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