AI导哈

生物数据管理服务器

Hox Bio MCP Server 是一个为机器学习生物研究人员设计的服务器，用于发现、整理、批准和加载公共测序数据到Hox仓库中。

  • by ratfoot
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 ratfoot/hox-mcp

使用说明

Hox生物MCP服务器

V1：发现→ 策划→ 批准→ Load

MCP服务器，供ML生物研究人员查找公共测序数据并将其加载到Hox中。

工具（共7个）

工具 目的
get_study_info 获取GEO/SRA研究的元数据
list_runs 列出研究中的所有跑步记录
create_manifest 捆绑申请以供批准
list_manifests 查看待处理/已批准的清单
approve_manifest 标记清单已准备好导入
import_to_hox 将批准的数据加载到仓库中
get_import_status 检查导入作业进度

工作流程

1. DISCOVER
   get_study_info("GSE123456")     # Found accession in paper/GEO
   list_runs("GSE123456")          # See all samples

2. CURATE
   create_manifest(
     name="mdd_rnaseq",
     description="DLPFC RNA-seq from MDD patients",
     accessions="SRR123,SRR124,SRR125",
     tags="disease=MDD,tissue=DLPFC"
   )

3. APPROVE
   list_manifests("mdd_rnaseq")    # Review details
   approve_manifest("mdd_rnaseq")  # Mark approved

4. LOAD
   import_to_hox("mdd_rnaseq")     # Import to warehouse
   get_import_status()             # Monitor progress

快速开始

# Install
python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt

# Run
./start.sh

支持的访问

  • 地理位置： GSE（系列）、GSM（示例）
  • SRA： SRP（项目）、SRR/ERR/DRR（运行）
  • 生物项目： PRJNA

需求

  • Python 3.10+
  • hox CLI（用于导入功能）
  • NCBI/ENA API的网络访问

相关 MCP