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PRIDE档案搜索服务

MCP PRIDE Archive Search Server 是一个符合模型上下文协议（MCP）的API服务器，用于搜索PRIDE Archive（一个主要的蛋白质组学数据存储库）。它允许AI模型（如Claude或其他兼容MCP的LLMs）通过结构化函数调用与蛋白质组学数据集进行程序化交互。该服务器支持HTTP和stdio连接模式，并提供了易于扩展的工具集。

  • by PRIDE-Archive
  • 更新于
在 GitHub 查看 pride-archive/mcp_pride_archive_search

使用说明

基本能力

产品定位

MCP PRIDE Archive Search Server 是一个为生物医学和蛋白质组学研究提供AI友好工具的API服务器。

核心功能

  • 基于FastMCP的MCP服务器
  • PRIDE档案搜索工具，支持通过关键词、提交日期、流行度等查询数据集
  • 支持http（SSE）和stdio连接模式
  • 易于扩展的附加工具

适用场景

  • 蛋白质组学研究数据搜索
  • 质谱数据集查询
  • 生物医学数据集探索（如癌症相关）
  • 查找流行或特定的蛋白质组学项目

工具列表

  • search_archive_tool(...)：从PRIDE档案数据库中获取蛋白质组学数据集

使用教程

使用依赖

克隆仓库并安装依赖：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

安装教程

启动MCP服务器（选择HTTP或stdio连接类型）：

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

调试方式

命令行参数：

参数 描述 默认值
--connection_type 连接类型: http或stdio http
--port 服务器运行端口（HTTP模式） 9999

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