AI导哈

蛋白质数据访问服务器

PDBe MCP服务器提供对欧洲蛋白质数据库（PDBe）API和PDBe图数据库的无缝访问，使结构生物学数据能够直接集成到Claude Desktop等AI应用程序中。

  • by PDBeurope
  • Python
  • 本地部署
  • 43 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 PDBeurope/PDBe-MCP-Servers

使用说明

PDBe MCP服务器

一组模型上下文协议（MCP）服务器，提供对欧洲蛋白质数据库（PDBe）API的无缝访问，以及 PDBe图形数据库该服务器将PDBe的全面结构生物学数据作为MCP工具公开，使其能够与Claude Desktop和其他AI驱动的应用程序直接集成。

先决条件

  • Python 3.10+ -服务器运行时需要
  • 紫外线 -快速Python包管理器和依赖解析器
  • Node.js （可选）-用于使用MCP Inspector开发工具

安装

快速开始

  1. 克隆并导航到存储库：

    git clone https://github.com/PDBeurope/PDBe-MCP-Servers.git
cd pdbe-mcp-server

  2. 创建虚拟环境：

    uv venv

  3. 使用紫外线进行安装：

    uv pip install .

开发安装

对于贡献或开发工作：

uv pip install -e ".[dev]"

用法

启动服务器

根据您的需求在两种服务器类型之间进行选择：

PDBe API服务器

提供对核心PDBe REST API端点的访问：

uv run pdbe-mcp-server --server-type pdbe_api_server --transport sse

PDBe图形数据库服务器

支持复杂的关系查询和网络分析：

uv run pdbe-mcp-server --server-type pdbe_graph_server --transport sse

服务器将在以下时间启动 http://localhost:8000/sse 默认情况下。

开发和测试

探索可用的工具并测试API响应：

npx @modelcontextprotocol/inspector

MCP检查器提供了一个交互式界面，用于在与应用程序集成之前浏览工具、测试查询和验证响应。

Claude桌面集成

配置

  1. 找到您的Claude Desktop配置文件：

    • macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
    • 视窗: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
    • Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

  2. 添加PDBe MCP服务器配置：

    {
  "mcpServers": {
    "PDBe API": {
      "command": "/usr/local/bin/uv",
      "args": [
        "run",
        "--directory",
        "/path/to/your/pdbe-mcp-server",
        "pdbe-mcp-server",
        "--server-type",
        "pdbe_api_server"
      ]
    },
    "PDBe Graph": {
      "command": "/usr/local/bin/uv",
      "args": [
        "run",
        "--directory",
        "/path/to/your/pdbe-mcp-server",
        "pdbe-mcp-server",
        "--server-type",
        "pdbe_graph_server"
      ]
    }
  }
}

  3. 重新启动克劳德桌面 加载新配置。

在Claude中使用

配置后，您可以在Claude对话中直接访问PDBe工具：

  • 搜索蛋白质结构：“查找UniProt登录P12345的结构”
  • 探索分子相互作用：“显示此蛋白质的配体结合位点”

这些工具将出现在Claude的“搜索和工具”界面中，您可以根据需要启用或禁用它们。

服务器配置

运输选项

  • SSE（服务器发送事件）: --transport sse -最适合基于web的客户端和开发
  • 标准输入输出：默认模式-最适合直接客户端集成，如Claude Desktop

服务器类型

  • pdbe_api_server：核心PDBe REST API访问，使用基本结构数据
  • pdbe_graph_server：了解更多关于PDBe图形数据库的信息，并生成Cypher查询以访问复杂的关系和交互。

故障排除

常见问题

“找不到命令”错误：

  • 确保 uv 已安装并位于您的PATH中
  • 验证到的完整路径 uv 在您的Claude Desktop配置中

Claude中缺少的工具：

  • 配置更改后重新启动Claude Desktop
  • 检查Claude Desktop日志中的MCP服务器错误
  • 验证配置文件中的JSON语法

资源

许可证

此项目根据Apache许可证2.0版获得许可-请参阅 许可证 文件以获取详细信息。

支持

对于问题、错误报告或功能请求：

相关 MCP