使用说明
AGR MCP服务器
MCP查询服务器 基因组资源联盟 -模型生物的基因组学数据。
安装
选项1:npx（推荐）
无需安装。添加到MCP客户端配置中：
{
"mcpServers": {
"agr-genomics": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "agr-mcp-server"]
}
}
}
选项2：全局安装
npm install -g agr-mcp-server
然后在你的配置中使用：
{
"mcpServers": {
"agr-genomics": {
"command": "agr-mcp-server"
}
}
}
配置文件位置
| 客户端 | 配置路径 |
|---|---|
| 克劳德桌面（macOS） | ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json |
| 克劳德桌面（Windows） | %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json |
| 克劳德代码 | ~/.claude/settings.json |
| 光标 | 设置>MCP服务器 |
| 风帆冲浪 | ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json |
用法
自然地提问：
- “在人类中寻找BRCA1基因”
- “哪些基因参与DNA修复？”
- “获取有关HGNC:1100的信息”
- “寻找胰岛素基因的直系同源物”
- “TP53与哪些疾病有关？”
- “显示蠕虫中daf-2的表达式数据”
- “查找所有具有激酶活性的人类基因”
- “查询AllianceMine 11号染色体上的小鼠基因”
支持的物种
人、小鼠、大鼠、斑马鱼、苍蝇、蠕虫、酵母、爪蟾
工具
AGR API工具
| 工具 | 说明 |
|---|---|
search_genes |
使用可选物种过滤器搜索基因 |
get_gene_info |
详细的基因信息（符号、位置、同义词） |
get_gene_diseases |
基因的疾病关联 |
search_diseases |
按名称搜索疾病 |
get_gene_expression |
跨组织/阶段的表达数据 |
find_orthologs |
跨物种同源物 |
get_gene_phenotypes |
表型注释 |
get_gene_interactions |
分子和遗传相互作用 |
get_gene_alleles |
基因的等位基因/变体 |
search_alleles |
按名称搜索等位基因 |
get_species_list |
列出支持的模式生物 |
Alliance矿山工具
| 工具 | 说明 |
|---|---|
mine_search |
在AllianceMine中搜索基因、蛋白质、疾病 |
mine_query |
运行原始PathQuery XML查询 |
mine_query_builder |
使用JSON DSL构建查询 |
mine_natural_query |
自然语言查询（返回LLM的模式） |
mine_list_templates |
列出可用的查询模板 |
mine_run_template |
运行预构建的查询模板 |
mine_get_lists |
获取可用的基因/蛋白质列表 |
mine_get_list |
获取特定列表的内容 |
mine_create_list |
创建新列表（需要身份验证） |
mine_add_to_list |
将项目添加到列表中（需要身份验证） |
mine_delete_list |
删除列表（需要身份验证） |
AllianceMine查询示例
使用查询生成器：
Find human genes with BRCA in symbol:
- from: Gene
- select: primaryIdentifier, symbol, name
- where: organism.shortName = "H. sapiens", symbol CONTAINS "BRCA"
使用模板：
Gene_Alleles - Find alleles for a gene
Gene_DOTerm - Disease annotations for a gene
Gene_GOTerms - GO annotations for a gene
GOTerm_Genes - Find genes by GO term
认证
列表管理操作(mine_create_list, mine_add_to_list, mine_delete_list)需要AllianceMine API令牌：
{
"mcpServers": {
"agr-genomics": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "agr-mcp-server"],
"env": {
"ALLIANCEMINE_TOKEN": "your-token-here"
}
}
}
}
基因ID格式
| 物种 | 格式 | 示例 |
|---|---|---|
| 人类 | HGNC:* |
HGNC:1100 |
老鼠 MGI:* |
MGI:95892 |
|
| 老鼠 | RGD:* |
RGD:3889 |
| 斑马鱼 | ZFIN:ZDB-GENE-* |
ZFIN:ZDB-GENE-990415-72 |
| 飞吧 | FB:FBgn* |
FB:FBgn0000017 |
| 蠕虫 | WB:WBGene* |
WB:WBGene00000898 |
| 酵母 | SGD:S* |
SGD:S000002536 |
| 爪蟾 | Xenbase:XB-GENE-* |
Xenbase:XB-GENE-485905 |
数据源
许可证
麻省理工学院
