分子可视化集成工具

PyMOL-Claude集成-部署

此目录包含部署PyMOL-Claude集成所需的所有内容。

安装

1.安装PyMOL插件

复制 claude_plugin 目录到PyMOL插件目录：

cp -r claude_plugin ~/.pymol/plugins/claude_integration

2.配置克劳德桌面

1. 找到您的Claude Desktop配置文件：

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   ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
   

2. 添加MCP服务器配置：

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   {
     "mcpServers": {
       "pymol": {
         "command": "python3",
         "args": [
           "/path/to/pymol_mcp.py"
         ]
       }
     }
   }
   

   替换 /path/to/pymol_mcp.py 带有您放置的完整路径 pymol_mcp.py 文件。

3.开始集成

1. 启动PyMOL
2. Claude插件应在PyMOL中自动启动
3. 启动克劳德桌面

测试集成

要测试集成是否正常工作，请执行以下操作：

1. 在Claude中，向PyMOL发送命令：

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   fetch 1cbs
   show cartoon
   color spectrum
   

2. 您应该看到PyMOL通过获取和显示结构来响应。

故障排除

如果集成不起作用：

1. 检查PyMOL是否在插件处于活动状态时运行
2. 验证Claude Desktop是否配置正确
3. 检查终端输出是否有错误消息
4. 尝试重新启动PyMOL和Claude Desktop

文件描述

• pymol_mcp.py -处理Claude和PyMOL之间通信的MCP服务器脚本
• claude_plugin/ -PyMOL插件，可与Claude直接通信
  • __init__.py -插件初始化
  • pymol_claude.py -主要插件实现