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FASTA文件处理服务

一个基于Model Context Protocol (MCP)的服务器，将FastaHandler的26个模块作为自然语言可访问的工具提供给LLM客户端，适用于基因组和泛基因组研究中的FASTA文件操作。

  • by MSlee0103
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 MSlee0103/FastaHandler_MCP

使用说明

FastaHandler的MCP服务器

A. 模型上下文协议（MCP） 暴露所有26个数据的服务器 更快， 模块作为自然语言–可供LLM客户端访问的工具，如Claude Desktop和Cursor。

更快， 是一个轻量级的、基于Python的工具包，用于基因组和泛基因组研究中的FASTA文件操作。
主存储库： https://github.com/OZTaekOppa/FASTAhandler

需求

附加依赖项

pip install fastmcp

设置

这 server.py 必须放置在 同一目录 作为 fastahandler.py 和那个 scripts 文件夹：

FastaHandler/
├── scripts/
├── example_data/
├── fastahandler.py
├── server.py        ← place here
└── README.md

配置（克劳德桌面）

编辑您的 claude_desktop_config.json:

  • macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
  • 窗户： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "filesystem": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@modelcontextprotocol/server-filesystem",
        "/path/to/your/data"
      ]
    },
    "fastahandler": {
      "command": "python",
      "args": [
        "/path/to/FastaHandler/server.py"
      ]
    }
  }
}

提示： 同时注册 filesystem 和 fastahandler MCP服务器同时运行，因此LLM可以访问您的本地文件并在同一会话中执行模块。

MCP工具功能

MCP服务器将所有26个模块打包成6组工具功能：

MCP工具功能 FastaHandler模块
assembly_stats all_fa_stats, each_fa_stats, asm_stats_unlimit
concat_and_edit concatenate_fa, rename_id, prefix_pattern_replace, prefix_rename, prefix_select_rename
extract_and_translate chr_pansn_extract, extract_pattern, id_extract_multi_location, translate_dna
remove_and_subset subset_fa, remove_duplicate, find_anchor_trim, overlap_split
filter_and_sort find_count_duplicate, id_extract, id_extract_location, size_pattern_search, find_merge_fa
reformat multi2single, gfa2fa, reverse_complement, pangenome_id_rename, multi2each

每个工具都接受一个 mode 参数（模块名称）、输入/输出路径和可选 key=value 解析为CLI命令并通过子进程执行的参数。

用法示例

配置后，只需用自然语言描述您想要的内容：

"Generate assembly statistics for /path/to/asm.fa/"
→ Executes: all_fa_stats

"Rename the FASTA headers of /path/to/file.fa/ using my mapping file /path/to/rename_map.txt/"
→ Executes: prefix_rename

"Filter sequences shorter than 100 bp from /path/to/geneme.fa/, then calculate assembly statistics"
→ subset_fa → all_fa_stats (automated two-step pipeline)

大文件注意事项

处理大型基因组数据集可能会超过MCP客户端的默认超时阈值。在处理大规模输入时调整客户端超时设置（例如。， asm_stats_unlimit, size_pattern_search).

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