AI导哈

文献检索服务器

一个提供PubMed（英语文献）和CiNii Research（日语文献）数据访问的Model Context Protocol (MCP)服务器。

  • by masa061580
  • Python
  • 混合部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 masa061580/PubMed_MCP_with_cinii_streamable-http

使用说明

PubMed+CiNii MCP服务器

一种模型上下文协议（MCP）服务器，提供对PubMed（英文文献）和CiNii Research（日本文献）数据的访问。

PubMed（英语文献）和CiNii Research（日语文献）两者都能检索的合并MCP (Model Context Protocol) 服务器。

Features / 机能一覧

PubMed Tools (English Literature / 英語文献)

| Tool / 工具Description / 说明 | --- | --- | | search | PubMed search with MeSH support (1-200 results) / PubMed搜索（MeSH支持，1-200件） | fetch | Retrieve abstract for a single PMID / 单一PMID的抽象检索 | fetch_batch | Retrieve abstracts for multiple PMIDs / 复数PMID的抽象批量获取 | get_full_text | Retrieve full text for PMCID / PMCIDの全文取得 | | count | Get result count for a query / 検索结果件数の取得| | find_similar_articles | Find similar articles / 类似论文の検索| | export_to_ris | Export to RIS format / RIS格式导出 | get_citation_counts | Get citation counts via iCite API / iCite APIで被引用数取得 | | download_pdfs | Download PDFs / PDF下载

CiNii Tools (Japanese Literature / 日本語文献)

| Tool / 工具Description / 说明 | --- | --- | | search_japanese | CiNii Research search (includes abstracts) / CiNii Research検索（抄録含む）| | export_to_ris_japanese | Export Japanese articles to RIS format / 日语论文RIS格式导出

Setup / 安装，安装

1. Install Dependencies / 安装相关性

pip install -r requirements.txt

2. Environment Configuration / 环境设定

复制 .env.example 到 .env 并配置您的API密钥。 .env.example 的 .env 复制到API请设置键。

cp .env.example .env

3. Start the Server / 启动服务器

python pubmed_mcp_server.py

服务器将在以下位置可用： http://localhost:8000/mcp （流式HTTP） 服务器是 http://localhost:8000/mcp 中所述修改相应参数的值。

API Key Registration / API 获取密钥的方法

NCBI API密钥（用于PubMed/PubMed用)

  1. 访问 NCBI帐户设置 (NCBI 访问帐户设置）
  2. 使用您的NCBI帐户登录（如果没有，请创建一个） (NCBI 登录帐户（如果没有）
  3. 单击“API密钥管理”部分中的“创建API密钥” (「API Key Management」区域中，单击“创建an API Key”）
  4. 复制生成的密钥并将其设置在您的 .env 文件 （复制生成的键。env 文件设置）

注：无密钥时，速率限制为3个请求/s，有密钥时为10个请求/s。 (※ API 没有键时为3req/s、如果有的话req/s 的汇率限制）

CiNii APP ID (For Japanese Literature / 日本語文献用)

  1. 访问 CiNii API注册页面 (CiNii API 访问使用注册页面）
  2. 通过“API注册新应用程序利用登録“（API使用注册） (「API使用注册“中新注册）
  3. 填写所需信息和使用目的，然后申请 （输入必要事项，记载使用目的并申请）
  4. 注册后，您将通过电子邮件收到您的应用程序ID （注册完成后，通过邮件应用程序ID ），模板名称将采用不同的格式

注：仅供学术研究之用。 （※以学术研究为目的的利用为前提）

配置（.env）

# NCBI Settings (Optional but recommended)
NCBI_API_KEY=your_ncbi_api_key
NCBI_EMAIL=your.email@example.com
NCBI_TOOL_NAME=PubMedMCPServer

# CiNii Settings (Required for Japanese search)
CINII_APP_ID=your_cinii_app_id

# Server Settings
HOST=0.0.0.0
PORT=8000
LOG_LEVEL=INFO

许可证

此实现遵循NCBI和CiNii使用策略。 本安装NCBI 以及CiNii 中所述修改相应参数的值。

相关 MCP