使用说明

增强型PubMed搜索MCP服务器

医学文献检索的高机能MCP服务器-完整安装指南

📖 概要

这个MCP（Model Context Protocol）服务器PubMed单击功能区上PubMed Central（PMC）的医学文献检索，是研究者和医疗工作者能有效地检索·管理文献的工具。

🌟 主要机能

🔬 扩张PubMed検索

完整摘要检索: efetch的明细栏样式中定义的设置
MeSH用语抽出: 医学件名標目（MeSH）の自動抽出
关键字提取：自动获取论文关键字
打开访问检测：标识全文可用的论文

📖 PMC全文搜索

开放存取论文: PMC查找可用的全文
全文搜索：不仅是标题和摘要，正文也是检索对象

💾 数据库功能

保存搜索结果: SQLite数据库持久化（最多500个）
検索履歴管理：管理和重新获取过去的搜索结果
分页：有效查看大量搜索结果

🔍 详细情报取得

完全要约取得：特定のPMIDの详细情报取得（数値・文字列両对应）
DOIPMCID支持：通过各种标识符确定论文

🚀 完整安装指南

第1步：Python安装

Windows对于环境

Python从官方网站下载
- Python网站标题访问
- 「Download Python 3.11.x」按钮（3.8以上时动作）
安装执行
- 运行下载的安装程序
- ⚠️ 重要：“将Python添加到PATH”にチェックを入れる
- 「Install Now」来修改标记元素的显示属性

安装确认

# コマンドプロンプトまたはPowerShellで実行
python --version
pip --version

macOS对于环境

Homebrew使用（推荐）

# Homebrewのインストール（未インストールの場合）
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

# Pythonのインストール
brew install python

或官方安装程序
- Python网站标题从…开始macOS下载版本

第2步：需要Python安装软件包

# 必要なパッケージをインストール
pip install fastmcp httpx

步骤3:准备项目文件

创建工作目录

# 任意の場所にプロジェクトフォルダを作成
mkdir "/path/to/your/pubmed-mcp-server"
cd "/path/to/your/pubmed-mcp-server"

GitHub从下载文件

# Gitクローン（推奨）
git clone https://github.com/your-username/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# または、ZIPファイルをダウンロードして解凍

检查文件配置

pubmed-mcp-server/
├── pubmed.py          # メインのPythonスクリプト
├── README.md          # このファイル
└── requirements.txt   # 依存関係リスト

第4步：Claude Desktop配置

4-1. Claude Desktop配置文件位置

窗户：

%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

macOS：

~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json

4-2.编辑配置文件

打开配置文件，单击JSON添加设置：

⚠️ Windows那么一定Python的绝对路径

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YourName\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": ["/path/to/your/pubmed-mcp-server/pubmed.py"],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "/path/to/your/pubmed-mcp-server"
      }
    }
  }
}

⚠️ 重要说明：

视窗: Python的绝对路径（python命令不起作用）
macOS/Linux: python3在工作空间的边缘python启用命令
路径是必定请根据你的环境进行变更
Windows中选择另一种天花板类型\）为双重：\\

4-3.设定例（环境别）

Windows环境：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YourName\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": ["C:\\path\\to\\your\\pubmed-mcp-server\\pubmed.py"]
    }
  }
}

macOS環境:

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python3",
      "args": ["/Users/YourName/path/to/pubmed-mcp-server/pubmed.py"]
    }
  }
}

Linux环境：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python3",
      "args": ["/home/username/path/to/pubmed-mcp-server/pubmed.py"]
    }
  }
}

4-4. Python路径确认方法

窗户：

# Pythonのインストール場所を確認
where python
# または
py -c "import sys; print(sys.executable)"

macOS/Linux：

# Pythonのインストール場所を確認
which python3
# または
python3 -c "import sys; print(sys.executable)"

步骤5:动作确认

Claude Desktop重新启动
- 完全退出应用程序
- 再度起动
接続确认
- Claude Desktop开始聊天
- 左下角🔧」确认图标是否显示
基本测试
```
search_pubmed("COVID-19 vaccine", 5)
```

💡 可用功能

1. PubMed検索 (`search_pubmed`)

基本用法：

search_pubmed("covid vaccine", 10)

高级搜索语法：

简单搜索: "covid vaccine"
字段定义: "CRISPR"[Title]
日付范围: "therapy AND 2023[Date - Publication]"
复合検索: "gene therapy OR gene editing"
著者検索: "Smith J"[Author]
日志指定: "Nature"[Journal]

参数：

query：搜索查询（必需）
max_results：最大结果数（默认值：10，最大值：500）

2. PMC全文搜索（`search_pmc_fulltext`)

使用法:

search_pmc_fulltext("machine learning medical imaging", 20)

查找开放访问论文的全文。

3.获取保存的搜索结果（`retrieve_pubmed_results`)

使用法:

retrieve_pubmed_results(search_id=1, page=1, results_per_page=10)

参数：

search_id：検索ID（必须）
page：页码（默认值：1）
results_per_page：每页的结果数（默认值：10，最大值：50）

4.显示搜索历史记录（`list_pubmed_searches`)

使用法:

list_pubmed_searches()

显示过去的搜索历史记录和保存的结果列表。

5.获得完整摘要（`get_full_abstract`)

✅ 改进-支持数字和字符串：

# どちらの形式でも動作します
get_full_abstract(35504917)      # 数値形式
get_full_abstract("35504917")    # 文字列形式

6.使用帮助（`get_abstract_help`)

使用法:

get_abstract_help()

get_full_abstract显示功能的使用方法和示例。

📊 搜索结果格式

每篇论文的搜索结果包括：

**Title:** CRISPR-Cas9遺伝子編集技術の医療応用
**Authors:** 田中太郎, 佐藤花子, 山田次郎
**Journal:** Nature Medicine (2023 Dec)
**PMID:** 12345678 | **PMCID:** PMC9876543 | **DOI:** 10.1038/s41591-023-12345-6
**Abstract:** CRISPR-Cas9技術は...
🔓 **Full Text Available:** https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9876543/
✅ **Open Access**
**PubMed Link:** https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/
**Keywords:** CRISPR-Cas9, 遺伝子編集, 治療
**MeSH Terms:** Gene Editing, CRISPR-Cas Systems, Therapeutic Applications

🗃️ 数据库结构

searches工作台

｜列｜类型｜说明｜ |--------|-----|------| | id | INTEGER | 主键｜ | query | TEXT | 搜索查询 | search_type | TEXT | 搜索类型（pubmed/pmc） | | timestamp | TEXT | 検索日时| |result_count |整数|取得結果数 | | total_found | INTEGER | 総検索结果数|

articles工作台

｜列｜类型｜说明｜ |--------|-----|------| | id | INTEGER | 主键｜ | search_id | INTEGER | 查找ID（外键） |pmid |文本| PubMed識別子 | |pmcid |文本| PMC識別子 | | title | TEXT | 标题 | authors | TEXT | 著者 | | journal | TEXT | 日志 | pub_date | TEXT | 発行日 | |二|文字|二| |摘要|文本|要約 | | keywords | TEXT | 关键字 |mesh_terms|TEXT |mesh用語 | |is_open_access|BOOLEAN|オープンアクセス | |pmc_available | BOOLEAN | pmc利用可能 |

数据库文件位置：

Windows: C:\Users\[ユーザー名]\AppData\Local\AnthropicClaude\app-x.x.x\enhanced_pubmed_searches.db
macOS: ~/Library/Application Support/AnthropicClaude/app-x.x.x/enhanced_pubmed_searches.db
Linux: ~/.config/AnthropicClaude/app-x.x.x/enhanced_pubmed_searches.db

🔧 故障排除

常见问题及解决办法

1.“python：找不到命令”エラー

原因: Python未安装PATH未设置 解决法：

Python重新安装「Add to PATH」检查
或者，在设置中python3使用

2.“ModuleNotFoundError:没有名为'fastmcp'的模块”

原因: 未安装所需的软件包 解决法：

pip install fastmcp httpx

3. Claude Desktop单击功能区上MCP未检测到服务器

原因: 配置文件格式错误或路径错误 解决法：

JSON确认格式（逗号、括号位置）
使用绝对路径指定文件路径
视窗: Python使用的绝对路径（python命令不可用）
Claude Desktop完全重新启动

4.“Invalid PMID format”错误

原因: PMID不正确的形式 解决法：

PMID确认为8位数字
数値形式（12345678）或字符串格式（"12345678"）输入

5.未显示搜索结果

原因: 网络连接或NCBI API问题 解决法：

检查互联网连接
每隔一段时间重试

日志确认方法

窗户：

# コマンドプロンプトで実行:
"C:\Users\YourName\AppData\Local\Programs\Python\Python311\python.exe" "C:\path\to\your\pubmed-mcp-server\pubmed.py"

macOS/Linux：

# ターミナルで実行:
python3 /path/to/your/pubmed-mcp-server/pubmed.py

🌐 API制限と配慮事項

NCBI API制限

汇率限制：3请求/秒（自动控制）
超时: 30秒
用户代理：适当的User-Agent设置页眉

错误处理

连接错误：解决网络问题
API制限：自动调整汇率限制
数据分析错误: XML珀斯失败时的处理

📝 使用例

基本的COVID-19ー研究

result = search_pubmed("COVID-19 vaccine efficacy", 15)

特定ー2023年研究

result = search_pubmed("cancer immunotherapy AND 2023[Date - Publication] AND Nature[Journal]", 10)

PMC在中查找全文

result = search_pmc_fulltext("artificial intelligence medical diagnosis", 20)

检索保存的搜索结果

searches = list_pubmed_searches()  # 検索履歴の確認
result = retrieve_pubmed_results(search_id=3, page=2)  # 特定検索の2ページ目

特定论文の详细情报取得

# 両方の形式が利用可能
abstract = get_full_abstract(35504917)     # 数値形式
abstract = get_full_abstract("35504917")   # 文字列形式

📄 许可证

这个项目是开源的。设想用于研究和教育目的。

⚠️ 免责事项

这个检索结果只把提供信息作为目的，不应该作为医学的建议。关于医学上的担忧，请咨询医疗工作者。

🤝 貢献

我们欢迎报告错误和改进功能的建议。

📈 更新履歴

v1.2 (最新)

get_full_abstract改进功能（支持数字和字符串）
get_abstract_help添加帮助功能
最大存储数扩展到500个
错误处理改进

v1.1

添加完整的摘要检索功能
PMC实施集成
MeSH提取术语和关键字
增强的数据库功能
错误处理改进

v1.0

基本的PubMed搜索功能
初始版本

📞 支持

如果出现问题，请检查：

Python的版本: 3.8以上
所需包: pip list确认
配置文件: JSON形式是否正确
文件路径：在绝对路径中精确指定
Claude Desktop重新启动：更改设置后必需

这样就完全可以设置和使用了！🎉

使用说明

增强型PubMed搜索MCP服务器

📖 概要

🌟 主要机能

🔬 扩张PubMed検索

📖 PMC全文搜索

💾 数据库功能

🔍 详细情报取得

🚀 完整安装指南

第1步：Python安装

Windows对于环境

macOS对于环境

第2步：需要Python安装软件包

步骤3:准备项目文件

第4步：Claude Desktop配置

4-1. Claude Desktop配置文件位置

4-2.编辑配置文件

4-3.设定例（环境别）

4-4. Python路径确认方法

步骤5:动作确认

💡 可用功能

1. PubMed検索 (search_pubmed)

2. PMC全文搜索（search_pmc_fulltext)

3.获取保存的搜索结果（retrieve_pubmed_results)

4.显示搜索历史记录（list_pubmed_searches)

5.获得完整摘要（get_full_abstract)

6.使用帮助（get_abstract_help)

📊 搜索结果格式

🗃️ 数据库结构

searches工作台

articles工作台

🔧 故障排除

常见问题及解决办法

1.“python：找不到命令”エラー

2.“ModuleNotFoundError:没有名为'fastmcp'的模块”

3. Claude Desktop单击功能区上MCP未检测到服务器

4.“Invalid PMID format”错误

5.未显示搜索结果

日志确认方法

🌐 API制限と配慮事項

NCBI API制限

错误处理

📝 使用例

基本的COVID-19ー研究

特定ー2023年研究

PMC在中查找全文

检索保存的搜索结果

特定论文の详细情报取得

📄 许可证

⚠️ 免责事项

🤝 貢献

📈 更新履歴

v1.2 (最新)

v1.1

v1.0

📞 支持

相关 MCP

PubMed增强搜索服务

PubMed 文献检索 MCP 服务器

PubMed文献搜索服务器

PubMed文章搜索服务

医疗数据访问服务器

PubMed论文搜索工具

1. PubMed検索 (`search_pubmed`)

2. PMC全文搜索（`search_pmc_fulltext`)

3.获取保存的搜索结果（`retrieve_pubmed_results`)

4.显示搜索历史记录（`list_pubmed_searches`)

5.获得完整摘要（`get_full_abstract`)

6.使用帮助（`get_abstract_help`)