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蛋白质结构自然语言交互服务器

ChimeraX MCP服务器是一个连接AI编程工具与UCSF ChimeraX的桥梁，允许用户通过自然语言交互加载、编辑、可视化和分析蛋白质结构。

  • by mahynotch
  • Python
  • 本地部署
  • 3 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 mahynotch/chimerax-mcp

使用说明

ChimeraX MCP服务器

用自然语言与蛋白质交谈。 此MCP服务器将AI编码工具（Claude Code、Cursor、VS Code等）连接到 加州大学旧金山分校ChimeraX，允许您通过对话加载、编辑、可视化和分析蛋白质结构，无需手动ChimeraX命令。

直说吧 “打开6VXX，将A:501突变为Lys，通过疏水性着色，并截图” 并观看ChimeraX实时操作。

该项目处于早期开发阶段，正在积极寻找贡献者。非常欢迎Bug报告、功能请求和pull请求——查看 问题页面 或者打开一个PR！

德莫斯

加载和可视化

“加载3LJ5，仅显示链A，使其具有彩虹色和透明表面的出版物准备就绪”

突变残留物

“打开6VXX，放大到残基A:501，突出显示它，将Thr突变为Lys，显示附近的残基”

静电和疏水表面

“加载1AKI，通过静电势显示表面和颜色，然后切换到疏水性”

特性

  • 39工具 涵盖结构加载、编辑、可视化、测量、选择和视频录制
  • Auto推出ChimeraX --无需手动设置，只需安装即可
  • 适用于任何MCP客户端 --克劳德代码、光标、风帆、VS代码副本、Cline、OpenCode、Continue、克劳德桌面
  • 内置代理说明 --AI代理自动学习ChimeraX规范语法和常见工作流
  • 加强安保 --命令注入预防、危险命令阻止、脚本路径验证
  • 接受灵活的输入 --两者皆有 A:48 和 /A:48 规范格式，包括1个字母和3个字母的氨基酸代码
  • 视频录制 --将会话捕获为MP4，记录转盘旋转
  • 运行自定义脚本 --执行 .cxc 和 .py 带有路径验证的脚本

先决条件

  • 加州大学旧金山分校ChimeraX 已安装(下载)
  • Python 3.10+

ChimeraX将 自动启动 当调用第一个工具时。不需要手动启动它或自己启用REST API。

Manual setup (if auto-launch doesn't work)

打开ChimeraX并在其命令行中运行：

remotecontrol rest start port 8765

要使用自定义ChimeraX安装位置，请设置 CHIMERAX_BIN 环境变量：

export CHIMERAX_BIN="/path/to/ChimeraX"

安装

pip install chimerax-mcp
Other install methods

来自GitHub（最新开发）：

pip install git+https://github.com/mahynotch/chimerax-mcp.git

来源（开发）：

git clone https://github.com/mahynotch/chimerax-mcp.git
cd chimerax-mcp
pip install -e .

MCP配置

安装后，将服务器添加到您的AI编码工具中：

Claude Code 
claude mcp add -s user chimerax -- chimerax-mcp
Claude Desktop

编辑配置文件：

  • macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
  • 窗户： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
  • Linux： ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": []
    }
  }
}
Cursor

添加 ~/.cursor/mcp.json （全球）或 .cursor/mcp.json （项目）：

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": []
    }
  }
}
Windsurf

添加 ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": []
    }
  }
}
VS Code (Copilot)

添加 .vscode/mcp.json:

{
  "servers": {
    "chimerax": {
      "type": "stdio",
      "command": "chimerax-mcp"
    }
  }
}
Cline

使用Cline面板中的“编辑MCP设置”按钮，或直接编辑：

  • macOS： ~/Library/Application Support/Code/User/globalStorage/saoudrizwan.claude-dev/settings/cline_mcp_settings.json
  • 窗户： %APPDATA%\Code\User\globalStorage\saoudrizwan.claude-dev\settings\cline_mcp_settings.json
{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": [],
      "disabled": false
    }
  }
}
OpenCode

添加 ~/.config/opencode/opencode.json 或项目 opencode.json:

{
  "mcp": {
    "chimerax": {
      "type": "local",
      "command": ["chimerax-mcp"],
      "enabled": true
    }
  }
}
Continue

添加 .continue/config.yaml:

mcpServers:
  - name: chimerax
    type: stdio
    command: chimerax-mcp

快速开始

配置后，只需自然对话：

打开6VXX，按链着色，显示表面，缩放到A:501残差

AI将按顺序调用MCP工具，ChimeraX实时呈现每个步骤：

  1. open_structure("6VXX") --从RCSB获取结构
  2. color_structure("#1", "chain") --每条链的颜色不同
  3. show_surface("#1") --显示分子表面
  4. zoom_to("/A:501") --将视图集中在链A的残基501上

可用工具（39）

结构（6）

工具 说明
open_structure 打开PDB ID、文件路径或URL
close_structure 关闭一个或所有模型
save_structure 保存到PDB/mmCIF/mol2
list_models 列出所有打开的型号
get_sequence 获取链的氨基酸序列
run_script 执行a .cxc 或 .py 脚本

编辑（4）

工具 说明
mutate_residue 使用Dunbrack旋转异构体库交换残留物
delete_atoms 删除原子或残基
add_hydrogen 添加氢（质子化）
minimize_energy 运行能量最小化

可视化（18）

工具 说明
color_structure 按方案颜色(chain, bfactor, rainbow)或命名/十六进制颜色
show_electrostatic_surface 库仑ESP（红色=负极，蓝色=正极）
show_hydrophobicity_surface 分子亲脂性潜力
show_surface 显示具有可选透明度的分子表面
hide_surface 隐藏分子表面
show_cartoon 展示丝带/卡通
show_sticks 显示条形图
hide_atoms 隐藏原子
zoom_to 将相机缩放到选定位置
set_background 设置背景颜色
label_residues 为残基添加文本标签
clear_labels 删除所有标签
reset_view 重置为默认相机视图
take_snapshot 保存PNG屏幕截图
start_recording 开始将会话录制为视频
stop_recording 停止录制并保存到MP4/WebM/MOV
spin 围绕轴旋转模型
record_spin 录制完整的转盘旋转视频

测量（6）

工具 说明
measure_distance 两个原子之间的距离（埃）
measure_angle 三个原子的键角（度）
align_and_rmsd 与RMSD的结构对齐
find_contacts N埃范围内的残留物
get_bfactors B系数值供选择
measure_buried_area 埋地溶剂可接触表面积

选择（5）

工具 说明
select_atoms 按ChimeraX说明符选择
select_near 在距离内选择
select_chain 选择整个链
invert_selection 反转当前选择
name_selection 以可重复使用的名称保存所选内容

安全

命令在发送到ChimeraX之前会进行消毒：

  • 命令注入被阻止 -- ; 换行符被拒绝（ChimeraX将其用作命令分隔符）
  • 危险命令被阻止 -- exec, shell, system 被拒绝
  • 脚本执行已验证 -- run_script 仅接受现有 .cxc/.py 具有路径验证的文件
  • 仅限本地 --REST API侦听 127.0.0.1 仅，不暴露于网络

测试

对实时ChimeraX实例运行完整的测试套件（53个测试）：

pip install pytest
python -m pytest tests/test_live.py -v

安全测试在没有ChimeraX的情况下运行。如果ChimeraX不可用，实时测试会自动跳过。

对于AI代理：自动安装

如果用户要求您安装此MCP服务器，请按照以下步骤操作：

  1. 安装软件包：
pip install chimerax-mcp
  1. 注册MCP服务器（检测用户的工具并运行相应的命令）：
工具 命令
克劳德代码 claude mcp add -s user chimerax -- chimerax-mcp
光标 添加到 ~/.cursor/mcp.json
VS代码 添加到 .vscode/mcp.json

对于Cursor/VS Code/others，使用以下命令创建或更新配置文件：

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp"
    }
  }
}
  1. 重新启动AI工具以加载新的MCP服务器。
  2. 通过测试调用进行验证： open_structure("1aki")

重要提示： 在继续之前，请与用户确认他们的计算机上安装了UCSF ChimeraX。如果没有，请指示他们https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html--服务器自动启动ChimeraX，但无法安装。

免责声明

该项目不隶属于加州大学旧金山分校或RBVI团队，也不受其认可或赞助。“ChimeraX”是加州大学的商标。该服务器通过其公共REST API与ChimeraX通信，不包含ChimeraX源代码。

用户有责任遵守 ChimeraX的许可条款.ChemeraX免费用于学术和非商业用途；商业用途需要加州大学旧金山分校的单独许可证。

许可证

麻省理工学院——见 许可证

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