使用说明

Allen Brain API MCP服务器

用于查询艾伦脑科学研究所API的综合模型上下文协议（MCP）服务器。该服务器使用RESTful模型访问（RMA）格式和艾伦脑研究所各种数据集的高级端点，包括细胞类型、鼠标连接、本体、图像下载、网格数据和神经元模型，提供对艾伦脑API的访问。

execute_rma_query：允许发送原始的通用RMA查询，以获得最大的灵活性。您可以查询以下模型 Specimen, SectionDataSet, Structure，并对其进行动态过滤。
get_cell_specimens：一种按物种从细胞类型数据库查询细胞样本的便捷工具（例如。，肌肉或智人).
get_mouse_connectivity_experiments：一个高级工具，用于从小鼠大脑连接图谱中快速获取投影/注射实验。
get_atlases：检索通过API提供的图集。
get_structure_graphs：检索结构图。
get_structures：检索有关解剖结构的数据，可选择按图形ID进行过滤。
get_atlas_images：列出属于指定图集的图集图像。
get_section_images：列出属于指定节数据集的节图像。
get_grid_data_download_url：返回下载截面数据集三维表达式网格数据的URL。
get_neuronal_models：获取生物物理上详细的神经元模型记录。

这个项目是使用TypeScript构建的。要安装依赖项，请执行以下操作：

cd allenbrain-mcp
npm install

编译TypeScript代码：

npm run build

使用启动服务器 node:

npm start

或者以开发模式运行 tsx 观看：

npm run dev

测试是使用Vitest编写的。嘲笑 axios 用于在测试套件期间防止实际的网络呼叫。

npm run test

要将此MCP服务器与Gemini CLI等代理集成，您需要配置代理以识别和执行服务器。

确保服务器已构建:

cd /path/to/allenbrain-mcp
npm run build

配置您的代理：您通常需要提供服务器可执行文件的路径。对于Gemini CLI。， tool-code-interpreter.json 或类似，具体取决于您的设置）。添加一个指向已编译服务器的条目。

示例配置条目（调整 /path/to/allenbrain-mcp 到您的实际目录）：
```
{
  "mcpServers": {
    "allenbrain-api": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/allenbrain-mcp/build/index.js"]
    }
  }
}
```
配置后，您的代理应该能够列出并调用此MCP服务器提供的工具。

该项目仍在进行中，并非所有功能都已使用实时数据进行了详尽的测试。虽然已经努力根据现有文件准确反映Allen Brain API，但该项目与Allen脑科学研究所没有正式联系或认可。

欢迎并鼓励反馈、错误报告和贡献，以提高其完整性和可靠性。