化学空间搜索服务

chemspace mcp

模型上下文协议（MCP）服务器，为Chemspace API提供包装，使人工智能代理能够搜索可合成的构建块，并通过精确、子结构和相似性搜索筛选化合物。

特性

• 精确搜索：通过SMILES查找精确的分子匹配
• 亚结构检索：查找含有特定亚结构的化合物
• 相似性搜索：通过SMILES找到结构相似的化合物
• 多种产品类别：在库存中搜索并按需制造化合物
• 全球航运：使用ISO国家代码指定发货国家

需求

• Python 3.13+
• Chemspace API密钥

安装

先决条件

安装 uv:

# macOS
brew install uv

# Linux/WSL2  
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

设置

1. 克隆存储库并导航到项目目录

2. 将Chemspace API密钥设置为环境变量：

   复制

   export CHEMSPACE_API_KEY="your-api-key-here"
   

3. 安装依赖项并运行：

   复制

   uv run chemspace-mcp
   

配置

与FastAgent一起使用

配置 example/fastagent.secrets.yaml此处设置的环境变量将覆盖shell中的变量：

anthropic:
  api_key: your-anthropic-api-key

mcp:
  servers:
    chemspace:
      env:
        CHEMSPACE_API_KEY: your-chemspace-api-key

然后使用FastAgent运行示例界面：

cd example
uv run --extra agent agent.py

用法

MCP服务器公开了以下工具：

search_exact

通过SMILES字符串搜索精确的分子匹配。

参数：

• smiles （string）：要搜索的SMILES字符串
• shipToCountry （string）：两个字母的ISO国家代码（默认值：“US”）
• count （整数）：每页最大结果数（默认值：10）
• page （整数）：分页页码（默认值：1）
• categories （列表）：要搜索的产品类别：
  • CSSB：现有积木
  • CSSS：库存筛选化合物
  • CSMB：按需构建模块
  • CSMS：按需生产筛选化合物
  • CSCS：自定义请求

搜索子结构

搜索含有特定亚结构的化合物。

参数： 同 search_exact

搜索_相似性

寻找结构相似的化合物。

参数： 同 search_exact

项目结构

chemspace-mcp/
├── src/
│   └── chemspace_mcp/
│       ├── __init__.py          # Entry point and MCP server initialization
│       ├── tools.py             # Tool definitions for chemical searches
│       └── tokenmanager.py       # Token management for API authentication
├── example/
│   ├── agent.py                 # Example FastAgent integration
│   ├── fastagent.config.yaml    # FastAgent configuration
│   └── fastagent.secrets.yaml   # Secrets configuration (not in version control)
├── pyproject.toml               # Project metadata and dependencies
└── README.md                    # This file

发展

依赖项

• fastmcp>=2.13.1：核心MCP服务器框架
• fast-agent-mcp>=0.2.25：FastAgent集成

许可证

MIT许可证

支持

对于问题或疑问，请在项目存储库上打开问题。