化学临床聊天系统

一个基于Azure OpenAI和MCP协调器的本地化系统,用于查询化学和临床数据。

  • by karthiksekaran
  • Python
  • 混合部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 karthiksekaran/clinical_mcp

使用说明

Chem MCP – 临床聊天系统

该项目提供了一个本地设置,用于使用Azure OpenAI和MCP(医疗临床平台)编排器查询化学和临床数据。它包括:

  • 服务器MCP编排器
  • 客户用于MCP的FastAPI客户端
  • **应用程序(App)**用于交互式查询的Streamlit界面

要求

  • Python 3.10+(或“Python 3.10及以上版本”)
  • 诗歌或虚拟环境
  • macOS(用于运行run-local.sh)或调整脚本以适应Linux

设置

1. 克隆仓库:

克隆仓库:https://github.com/karthiksekaran/chem-mcp.git cd chem-mcp 翻译成中文是:“进入 chem-mcp 目录” 复制 .env.example 文件为 .env 文件

添加您的凭据

AZURE_OPENAI_API_KEY=your_key_here AZURE_OPENAI_ENDPOINT=在此处输入您的终端节点 AZURE_OPENAI_MODEL=在此处输入您的模型 AZURE_OPENAI_DEPLOYMENT=在此处输入您的部署名称 AZURE_OPENAI_API_VERSION=在此处输入您的版本 客户端API地址=http://localhost:8001

2. 创建虚拟环境:

`python -m venv .venv` 翻译成中文是:创建一个名为 `.venv` 的 Python 虚拟环境 `source .venv/bin/activate` 的中文翻译是:“激活虚拟环境”

3. 安装依赖项:

使用 pip 安装 requirements.txt 文件中列出的所有包

4. 本地运行:

./run-local.sh 翻译为中文是:“在本地运行脚本 run-local.sh”。不过,这里的“./”通常表示在当前目录下执行该脚本,所以更完整的翻译可以是:“在当前目录下执行本地运行脚本 run-local.sh”。但根据简洁性的要求,前一种翻译也是可以接受的

5. 或单独运行

第一航站楼:MCP服务器

切换到服务器目录 激活虚拟环境(路径为 ../.venv/bin/activate) 运行命令:python server.py --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000

第二航站楼:乘客区

进入客户端目录 source ../.venv/bin/activate 翻译为中文是:“激活(或启用)../.venv/bin/activate 脚本”。不过,更自然的表达可能是“激活虚拟环境(位于 ../.venv 目录下)”,因为通常 `source ../.venv/bin/activate` 命令是用来激活一个 Python 虚拟环境的,这里的 `../.venv/bin/activate` 是该虚拟环境的激活脚本。所以,更准确的翻译可能是:“激活位于 ../.venv 目录下的 Python 虚拟环境” 使用 Uvicorn 运行客户端应用:`client:app`,主机地址设为 `0.0.0.0`,端口设为 `8001`,并启用自动重载功能

第三航站楼:Streamlit 应用程序

进入app目录 激活虚拟环境:source ../.venv/bin/activate 运行 Streamlit 应用,执行 `streamlit_app.py` 文件,设置服务器端口为 8501,服务器地址为本地主机(localhost)