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药物基因组学查询工具

一个开源的MCP服务器，为Claude提供实时访问药物基因组学数据库的能力，将基因变异查询和药物相互作用检查从45分钟的手动工作流程转变为一次对话。

  • by Julius-Schmidt
  • Python
  • 本地部署
  • 1 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 Julius-Schmidt/mcp-pharmacogenomics

使用说明

pgx-mcp

一个开源的MCP服务器，使克劳德能够实时访问药物基因组学数据库，将遗传变异查找和药物相互作用检查从45分钟的手动工作流程转变为一次对话。

特性

  • 克林瓦尔：变异的临床意义和致病性
  • PharmGKB：药物基因相互作用、临床注释、CPIC/DPWG剂量指南
  • gnomAD：不同祖先的人群等位基因频率
  • 开放目标：药物靶向疾病关联、药物基因组学证据
  • ClinicalTrials.gov：临床试验检索（美国和国际）

安装

pip install pgx-mcp

或者使用uvx：

uvx pgx-mcp

Claude桌面配置

添加到您的Claude桌面配置(~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json):

{
  "mcpServers": {
    "pgx-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["pgx-mcp"]
    }
  }
}

对于当地发展：

{
  "mcpServers": {
    "pgx-mcp": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "/path/to/mcp-pharmacogenomics", "run", "pgx-mcp"]
    }
  }
}

可用工具

工具 来源 描述
lookup_variant_clinvar ClinVar 变异临床意义
search_gene_variants_clinvar ClinVar 列出基因中的变异
get_drug_gene_interactions PharmGKB 药物基因对的临床注释
get_drug_info PharmGKB 药物详细信息和交叉引用
get_dosing_guideline PharmaGKB CPIC/DPWG剂量建议
search_drug_targets 开放靶点 药物机制、适应症、PGx证据
get_variant_frequency gnomAD 群体等位基因频率
search_clinical_trials ClinicalTrials.gov 使用过滤器进行试验搜索
get_trial_details ClinicalTrials.gov 完整的试验细节
pgx_consultation 全部 PGx综合咨询报告

示例用法

问克劳德：

“我的患者是CYP2D6代谢不良者（*4/*4），需要疼痛管理。我应该开什么药？”

“氯吡格雷和CYP2C19的CPIC指南是什么？”

“德国有招募药物基因组学临床试验吗？”

配置

所有设置都是可选的，可以通过环境变量（或 .env 文件）：

变量 默认值 描述
PGX_MCP_NCBI_API_KEY 无 NCBI API键用于更高的ClinVar速率限制（3/s→ 9/s)
PGX_MCP_CACHE_TTL_SECONDS 3600 缓存持续时间（秒）

发展

git clone https://github.com/Julius-Schmidt/mcp-pharmacogenomics.git
cd mcp-pharmacogenomics
pip install -e ".[dev]"
pytest

路线图

  • []README中的演示视频/GIF
  • []欧盟临床试验注册整合（目前没有公开的API-欧洲试验通过ClinicalTrials.gov注册涵盖）
  • []PharmVar星形等位基因命名查找
  • []美国食品药品监督管理局药物基因组生物标志物表整合

许可证

麻省理工学院

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