AI导哈

基因组数据分析服务

Isabl MCP Server是一个基因组数据分析平台，提供API查询、分析监控、知识库搜索等功能，适用于生物信息学研究。

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在 GitHub 查看 juanesarango/isabl-ai-integration

使用说明

🧬🤖 Isall MCP服务器

谈谈你的基因组学数据。MCP服务器+知识库 伊莎贝尔。 平台。

[！提示] 👋 Isabl新手？Isabl是 免费使用 研究和学院。 🔐 在此处请求访问 📖 查看文档

安装

克劳德代码

/plugin marketplace add juanesarango/isabl-mcp
/plugin install isabl

安装MCP服务器（11个工具）+8个指导技能 /isabl-* 斜线命令（类型 /isabl 查看全部）。凭据是从以下位置自动发现的 ~/.isabl/settings.json仅适用于MCP（无技能）： claude mcp add isabl -- uvx isabl-mcp.

光标

单击上面的徽章，或添加到 .cursor/mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "isabl": {
      "command": "uvx",
      "args": ["isabl-mcp"],
      "env": {
        "ISABL_API_URL": "https://your-isabl-instance.com/api/v1/",
        "ISABL_API_TOKEN": "your-token"
      }
    }
  }
}

法典

添加 ~/.codex/config.toml:

[mcp_servers.isabl]
command = "uvx"
args = ["isabl-mcp"]
env = { "ISABL_API_URL" = "https://your-isabl-instance.com/api/v1/", "ISABL_API_TOKEN" = "your-token" }

其他MCP客户端

uvx isabl-mcp        # run directly, no install needed
pip install isabl-mcp # or install globally

适用于任何兼容MCP的客户端（Windsurf、Zed、Claude Desktop等）。

[！提示] 您可以直接通过以下方式使用Isabl MCP 背景7

包含什么

组件 克劳德代码插件 仅限MCP（游标、Codex等）
11个MCP工具（查询、调试、搜索） ✅ ✅
8个MCP提示（指导工作流程） ✅ ✅ （客户支持各不相同）
8技能(/isabl-* 斜线命令） ✅ ❌ （仅限克劳德代码）
知识库（347篇文档） ✅ ✅
自动发现凭据 ✅ ✅

凭证

服务器自动从中查找您的API URL和令牌 ~/.isabl/settings.json （由创建 isabl_cli login).如果您已经登录，则不需要env变量。

您还可以显式设置它们：

export ISABL_API_URL="https://your-isabl-instance.com/api/v1/"
export ISABL_API_TOKEN="your-token"

环境变量始终优先于设置文件。

我能问什么？

“显示项目102中所有失败的分析”

“我们对患者ISB_H000001进行了多少次WGS实验？”

“分析12345失败。显示错误日志并帮助我找出问题所在”

“从项目102中所有成功的MUTECT分析中获取VCF文件路径”

“如何编写新的配对肿瘤正常应用程序？”

“给我一个项目102的总结”

工具（11）

工具 说明
isabl_query 使用Django风格的过滤器查询任何API端点
isabl_get_tree 获取个人信息→ 样品→ 实验→ 分析层次结构
isabl_get_results 从已完成的分析中获取结果文件路径
isabl_get_logs 从任何分析中读取stdout/stderr/脚本日志
get_apps 按名称搜索已安装的应用程序
get_app_template 为新应用程序生成样板代码
merge_results 跨多个分析收集和预览结果文件
project_summary 获取项目统计数据：实验计数、分析细分
search_knowledge 从Isabl的代码、文档和API规范中搜索347个文档
get_knowledge_tree 浏览分层知识树
get_knowledge_doc 获取任何知识库文档的完整内容

技能（8）——仅限克劳德代码

技能由多步骤工作流程指导，可用 /isabl-* 斜线命令。插件安装时自动包含。

技能 目的
/isabl-query-data 从Isabl API查询数据
/isabl-write-app 创建新的Isabl应用程序
/isabl-monitor-analyses 轨迹分析状态
/isabl-debug-analysis 调试失败的分析
/isabl-merge-results 汇总分析结果
/isabl-submit-data 提交新的测序数据
/isabl-project-report 生成项目状态报告
/isabl-run-pipeline 将多个应用程序作为管道运行

运作原理

You (plain English) → AI Assistant → MCP Server → Isabl API → Your data
                                  |
                                  └→ Knowledge Base → Platform docs & code

AI助手使用MCP工具实时查询您的Isabl实例，并使用内置知识库了解Isabl概念、API模式和最佳实践。

知识树

该知识库由从Isabl的源代码、文档和API规范中提取的347个文档构建而成。浏览交互式可视化：

探索知识树→

配置

变量 描述 默认值
ISABL_API_URL Isabl API基础URL 自动来自 ~/.isabl/settings.json
ISABL_API_TOKEN API身份验证令牌 自动来自 ~/.isabl/settings.json
ISABL_VERIFY_SSL 验证SSL证书 true
ISABL_TIMEOUT HTTP超时（秒） 30

示例用法

查询示例

  1. 具有所需输出格式的常见查询：

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