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单细胞RNA测序分析服务器

Scanpy MCP服务器是一个用于单细胞RNA测序数据分析的服务，支持自然语言处理，适用于AI客户端、插件和代理框架。

  • by huang-sh
  • Python
  • 本地部署
  • 11 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 huang-sh/scanpy-mcp

使用说明

⚠️ 重要通知：此存储库不再维护。请访问 scmcphub 最新版本的MCP服务器。

扫描MCP服务器

用于scRNA-Seq分析软件Scanpy的MCP服务器，使用自然语言！

🪩 它能做什么？

  • IO模块，如用自然语言读写scRNA-Seq数据
  • 预处理模块，如过滤、质量控制、归一化、缩放、高度可变基因、PCA、邻居等，。..
  • 工具模块，如聚类、微分表达式等。
  • 绘图模块，如小提琴、热图、点阵图

❓ 这是给谁的？

  • 任何想做scRNA-Seq分析自然语言的人！
  • 希望为其应用程序调用scanpy函数的代理开发人员

🌐 在哪里使用？

您可以在大多数支持mcp的AI客户端、插件或代理框架中使用scanpy-mcp：

  • 人工智能客户端，如Cherry Studio
  • 插件，如Cline
  • 代理框架，如Agno

🎬 演示

在人工智能客户端Cherry Studio中使用基于scanpy mcp的自然语言进行scRNA-Seq细胞簇分析的演示

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ 快速启动

安装

从PyPI安装

pip install scanpy-mcp

您可以通过运行来测试它

scmcp run

在本地运行scnapy服务器

请参阅MCP客户端中的以下配置：

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scanpy-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

远程运行scnapy服务器

请参阅MCP客户端中的以下配置：

在服务器上运行它

scmcp run --transport shttp --port 8000

然后配置您的MCP客户端，如下所示：

http://localhost:8000/mcp

🤝 贡献

如果您有任何问题，欢迎提交问题，或与我联系(hsh-me@outlook.com).也欢迎对代码的贡献！

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