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知识图谱查询与生物医学文献搜索工具

一个用于查询知识图谱和搜索生物医学文献的工具，支持通过Claude Code技能进行多步骤查询和文献摘要。

  • by galeatx
  • Python
  • 本地部署
  • 1 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 galeatx/ask-a-graph-skill

使用说明

技能测试设置

此repo包含客户端代码和Claude代码技能，用于查询ask-a-graph MCP服务器和生物医学文献搜索API。

先决条件

  • Python>=3.12
  • 紫外线 包管理器
  • 克劳德代码 命令行界面
  • 访问 ask-a-graph-mcp 存储库（用于MCP服务器）

1.安装依赖项

从repo根目录：

uv sync

2.启动MCP服务器

来自您当地的 ask-a-graph-mcp 存储库：

# Option A: Docker (recommended)
docker-compose up -d

# Option B: Direct launch
python -m ask_a_graph.mcp.server --mode http --host 0.0.0.0 --port 8627

验证服务器是否正在运行：

curl http://localhost:8627/health

3.验证图形客户端

从该仓库的根目录，确认客户端可以访问MCP服务器：

uv run python -m graph_client --list-tools

这应该打印可用MCP工具的列表。如果失败，请检查服务器是否在端口8627上运行。

4.在Claude Code中安装技能

将这两个技能目录复制到项目的 .claude/skills/:

cp -r .claude/skills/ask-graph /path/to/your/project/.claude/skills/
cp -r .claude/skills/biomedical-literature-search /path/to/your/project/.claude/skills/

如果你直接从这个仓库进行测试，那么技能已经到位。

5.运用技能

从repo根目录启动Claude Code：

claude

Claude Code自动发现技能 .claude/skills/。现在，您可以提出引发这些问题的问题：

  • 问图 --知识图谱上的研究问题，例如。 “非小细胞肺癌患者中哪些基因经常发生突变？”
  • 生物医学文献检索 --文献查询，例如。 “IL-6在促进实体瘤转移中的作用是什么？”

回购结构

src/ai_oncology/graph_client.py    # CLI client that calls the MCP server over SSE
.claude/skills/ask-graph/          # Graph query skill (multi-step Cypher pipeline)
.claude/skills/biomedical-literature-search/  # Literature search + summarization skill
pyproject.toml                     # Project dependencies

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