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Ensembl API服务器

一个功能完整的Model Context Protocol (MCP)服务器，提供Ensembl REST API的访问，适用于基因信息查询、变异数据分析等生物信息学任务。

  • by effieklimi
  • TypeScript
  • 本地部署
  • 7 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 effieklimi/ensembl-mcp-server

使用说明

🧬 Ensembl API MCP服务器

一个功能齐全的模型上下文协议（MCP）服务器，用于公开Ensembl的REST API。使用 TypeScript MCP SDK

  • 全面覆盖 –10个工具映射到功能区域，而不是100多个单独的端点，但仍然暴露了几乎整个API。
  • 生产准备就绪 –贯穿始终的TypeScript、强大的错误处理和整洁的API客户端层。
  • 生物学家友好 -按生物任务（基因、变异、比较……）分组，而不是按低级REST路径分组。

上市时间：

使用案例：

  • 🧬 基因信息 –通过ID或符号获取详细信息
  • 🔍 基因搜索 –扫描任何物种的基因
  • 🧬 序列检索 -提取任何基因组区域的DNA
  • 🔬 变量数据 –探索变体及其注释
  • 📊 成绩单信息 –检查转录本和异构体
  • 🌍 多物种 恩森布尔的每一个物种，就在这里
  • 🔗 交叉引用 –一次调用即可跳转到外部数据库
  • ⚡ 频率限制 –内置节流功能可使您保持在Ensembl限制范围内

安装

选择您喜欢的安装方法：

方案1：通过史密瑟里

  1. 访问 Smithery-Ensembl MCP服务器最常见的平台选项包括：
# claude code:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client claude --key your-smithery-secret-key

# cursor:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client cursor --key your-smithery-secret-key

# vscode:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client vscode --key your-smithery-secret-key

# windsurf:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client windsurf --key your-smithery-secret-key

检查MCP的smithery链接，了解其他平台选项。

选项2：地方发展设置

对于开发或自定义设置：

  1. 克隆和安装依赖关系：

    git clone https://github.com/effieklimi/ensembl-mcp-server.git
cd ensembl-mcp-server
npm install

  2. 手动配置Claude Desktop：

    编辑您的配置文件：

    • macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
    • 窗户： %APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

    添加此服务器配置：

    {
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "command": "npm",
      "args": ["run", "start"],
      "cwd": "/absolute/path/to/ensembl-mcp-server"
    }
  }
}

  3. 重新启动克劳德桌面 -Ensembl工具将出现在您可用的工具中

开发设置

# Development with hot reload
npm run dev

# Run tests
npm test

# Production build (optional)
npm run build
npm run start:prod

贡献

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开发工作流程

  1. 分叉存储库
  2. 克隆你的叉子：
    git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/ensembl-mcp-server.git
cd ensembl-mcp-server
  3. 安装依赖项：
    npm install
  4. 运行测试以确保一切正常：
    npm test
  5. 启动开发服务器：
    npm run dev
  6. 进行更改并彻底测试
  7. 提交拉取请求

可用脚本

  • npm run dev -热重载开发
  • npm run start -运行服务器
  • npm test -运行所有测试
  • npm run build -编译TypeScript（可选）
  • npm run start:prod -运行编译版本

十种工具（带端点）

1 · ensembl_feature_overlap

查找与某一区域或其他特征重叠的基因、转录本或调控元件。

GET /overlap/region/:species/:region
GET /overlap/id/:id

典型的问题是：“哪些基因位于chr17:43-44Mb中？”——“哪些基因与BRCA1重叠？”

2 · ensembl_regulatory

监管特征、约束矩阵和相关注释。

GET /overlap/region/:species/:region             (with regulatory filters)
GET /overlap/translation/:id                     (regulatory features on proteins)
GET /species/:species/binding_matrix/:binding_matrix_stable_id

用例：TF结合位点、监管注释。

3 · ensembl_protein_features

蛋白质水平结构域和功能位点。

GET /overlap/translation/:id

用例：蛋白质结构域、信号肽、催化残基。

4 · ensembl_meta

服务器元数据、物种列表、发布信息和诊断。

GET /info/ping
GET /info/rest
GET /info/software
GET /info/data
GET /info/species
GET /info/divisions
GET /info/assembly/:species
GET /info/biotypes/:species
GET /info/analysis/:species
GET /info/external_dbs/:species
GET /info/variation/:species
GET /archive/id/:id
POST /archive/id

典型的问题是：“您有哪些人类程序集？”——服务器健康检查。

5 · ensembl_lookup

翻译ID↔ 符号、拉取外部参照、重新编码变体。

GET  /lookup/id/:id
GET  /lookup/symbol/:species/:symbol
POST /lookup/id
POST /lookup/symbol
GET  /xrefs/id/:id
GET  /xrefs/symbol/:species/:symbol
GET  /xrefs/name/:species/:name
GET  /variant_recoder/:species/:id
POST /variant_recoder/:species

用例：“BRCA1的Ensembl ID是什么？”-交叉引用UniProt。

6 · ensembl_sequence

检索DNA、RNA或蛋白质序列。

GET  /sequence/id/:id
GET  /sequence/region/:species/:region
POST /sequence/id
POST /sequence/region

用例：基因FASTA、转录物cDNA、基因组区域。

7 · ensembl_mapping

坐标转换（基因组↔ cDNA/CDS/蛋白质）和组装翻转。

GET /map/cdna/:id/:region
GET /map/cds/:id/:region
GET /map/translation/:id/:region
GET /map/:species/:asm_one/:region/:asm_two

用例：将CDS映射到GRCh38，将蛋白质转化为基因组坐标。

8 · ensembl_compara

比较基因组学——同源性、基因树、比对。

GET /homology/id/:species/:id
GET /homology/symbol/:species/:symbol
GET /genetree/id/:id
GET /genetree/member/symbol/:species/:symbol
GET /genetree/member/id/:species/:id
GET /cafe/genetree/id/:id
GET /cafe/genetree/member/symbol/:species/:symbol
GET /cafe/genetree/member/id/:species/:id
GET /alignment/region/:species/:region

用例：查找直系同源物，构建系统发育，绘制物种比对。

9 · ensembl_variation

变异查找、VEP后果、LD、表型作图。

GET  /variation/:species/:id
GET  /variation/:species/pmcid/:pmcid
GET  /variation/:species/pmid/:pmid
POST /variation/:species
GET  /vep/:species/hgvs/:hgvs_notation
POST /vep/:species/hgvs
GET  /vep/:species/id/:id
POST /vep/:species/id
GET  /vep/:species/region/:region/:allele
POST /vep/:species/region
GET  /ld/:species/:id/:population_name
GET  /phenotype/variant/:species/:id
GET  /phenotype/region/:species/:region
GET  /transcript_haplotypes/:species/:id

用例：VEP预测、LD块、表型关联。

10 · ensembl_ontotax

本体术语搜索和NCBI分类遍历。

GET /ontology/id/:id
GET /ontology/name/:name
GET /taxonomy/id/:id
GET /taxonomy/name/:name

用例：GO术语查找、表型本体、分类。

通过Smithery安装

通过以下方式自动为Claude Desktop安装ensemble mcp服务器 史密瑟里:

npx -y @smithery/cli install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client claude

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