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蛋白质变体AI工具服务

ProtVar MCP Server是一个基于Spring Boot和Spring AI的Model Context Protocol (MCP)服务器，将ProtVar蛋白质变体数据暴露为AI可访问的工具。

  • by ebi-uniprot
  • Java
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 ebi-uniprot/protvar-mcp

使用说明

ProtVar MCP服务器

A. 模型上下文协议（MCP） 该服务器将ProtVar蛋白变体数据作为AI可访问的工具公开，使用Spring Boot和Spring AI构建。

建筑

Claude Code / Claude.ai
        │
        │  HTTP (Streamable HTTP transport)
        ▼
ProtVar MCP Server  (this app)
        │
        │  REST
        ▼
ProtVar API (wwwdev / wwwint / prod)

MCP服务器充当一个桥梁-它将ProtVar REST API调用封装为MCP工具，AI客户端可以直接调用。

先决条件

本地运行

来自IntelliJ

  1. 打开 ProtvarMcpApplication.java
  2. 点击绿色▶ 旁边的按钮 main()
  3. 通过以下方式设置活动配置文件 Run → 编辑配置→ 活动配置文件: dev 或 int

或通过设置 虚拟机选项:

-Dspring.profiles.active=dev

从终端

# Using Maven
mvn spring-boot:run -Dspring-boot.run.profiles=dev

# Or build and run the JAR
mvn clean package -DskipTests
java -jar target/protvar-mcp-0.0.1-SNAPSHOT.jar --spring.profiles.active=dev

档案

简介 ProtVar API目标
dev （默认） https://wwwdev.ebi.ac.uk/ProtVar/api
int https://wwwint.ebi.ac.uk/ProtVar/api

验证服务器是否正在运行

该应用程序通过Spring Actuator公开了一个健康端点：

http://localhost:8081/ProtVar/mcp/actuator/health

预期响应： {"status":"UP"}

连接克劳德代码（本地）

服务器运行后，用Claude Code注册它：

claude mcp add protvar-mcp --transport http http://localhost:8081/ProtVar/mcp

验证连接：

claude mcp list

预期产量：

protvar-mcp: http://localhost:8081/ProtVar/mcp (HTTP) - ✓ Connected

在Claude Code会话中，运行 /mcp 列出连接的服务器和可用工具。

要删除或重新配置：

claude mcp remove protvar-mcp

连接克劳德代码（已部署）

# int environment
claude mcp add protvar-mcp-int --transport http https://wwwint.ebi.ac.uk/ProtVar/mcp

# dev environment
claude mcp add protvar-mcp-dev --transport http https://wwwdev.ebi.ac.uk/ProtVar/mcp

对于 Claude.ai （网络产品），通过以下方式将其添加为远程连接器 设置→ 集成→ 远程MCP 使用相同的HTTPS URL。

传输：为什么是HTTP？

运输 用例
stdio 仅限本地——Claude Code将应用程序作为子流程启动
http （流式HTTP） 本地或远程--通过HTTP/S连接到正在运行的服务器

此项目使用 流式HTTP 因此，在开发过程中，可以在本地使用同一台服务器，并将其部署到Kubernetes进行生产使用，而无需对服务器本身进行配置更改。

它跑进去了 无状态 模式(spring.ai.mcp.server.protocol=STATELESS)：每个请求都是自包含的--否 Mcp-Session-Id，没有服务器端会话状态，这使得在负载均衡器后面扩展和运行变得简单。“无状态”是流式HTTP传输的一种模式，而不是另一种传输。

关键依赖

依赖性 目的
spring-ai-starter-mcp-server-webmvc 通过流式HTTP公开MCP工具
spring-boot-starter-web 嵌入式Tomcat/Spring MVC
spring-boot-starter-actuator 健康终点位于 /actuator/health
spring-boot-devtools 本地开发期间的热重载

注： spring-ai-starter-mcp-server （无 -webmvc)仅支持STDIO传输，不会公开HTTP端点。

部署（Kubernetes/Helm）

该应用程序通过GitLab CI和Helm charts部署。

分支 环境 Helm值
dev 测试版/开发版 values-dev.yaml
int 内部 values-int.yaml
main 生产 尚未配置

CI管道运行： test → build → build_docker_image → deploy

Kubernetes Ingress在 /ProtVar 在环境主机名上。Ingress配置了扩展代理超时(proxy-read-timeout: 3600)以支持长期流式HTTP连接。

URL路由链（已部署）

请求在到达应用程序之前会经过负载均衡器（VTM）。LB匹配路径前缀并转发 完整路径 --它不会去掉前缀。

Browser/MCP client
        │  GET https://wwwdev.ebi.ac.uk/ProtVar/mcp
        ▼
  VTM Load Balancer
        │  prefix /ProtVar/mcp  → pool: w3-protvar-mcp  (this app)
        │  prefix /ProtVar/api  → pool: w3-protvar-backend
        │  prefix /ProtVar      → pool: w3-protvar-frontend
        ▼
  MCP Server (Spring Boot)
        │  context-path: /ProtVar  (stripped by Spring)
        │  remaining path: /mcp
        │
        ├─ /mcp          → MCP Streamable HTTP endpoint (requires MCP client)
        ├─ /mcp/status   → StatusController (returns "ProtVar MCP Server is running")
        └─ /mcp/actuator → Spring Actuator (health, info)

项目结构

src/
└── main/
    └── java/uk/ac/ebi/protvar/mcp/
        ├── ProtvarMcpApplication.java        # Entry point, registers all tools
        ├── config/
        │   └── RestClientConfig.java         # RestClient bean pointing to ProtVar API
        └── tools/
            ├── ProtvarClient.java            # Shared HTTP wrapper (graceful 404 handling)
            ├── MappingTool.java              # mapVariant (single variant)
            ├── BatchMappingTool.java          # mapVariants (one or more variants)
            ├── AnnotationTool.java           # getFunction, getPopulation, getStructure
            ├── PredictionTool.java           # getFoldx, getPockets, getInteractions
            └── SearchTool.java               # semanticSearch, searchVariants
resources/
├── application.properties              # Base config (port, MCP path, context path)
├── application-dev.properties          # dev API URL
└── application-int.properties          # int API URL

工具

看 docs/TOOLS.md 获取完整的工具参考——描述、参数和配置。

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