使用说明
生物制剂MCP
一组微服务和客户端，用于与生物数据库进行自然语言交互。
组件
- LLM客户端：具有web UI和终端模式的自然语言界面
- PDB MCP服务器：蛋白质数据库API服务
- ChEMBL MCP服务器：化学品数据库API服务
建筑
┌─────────────┐ ┌──────────────┐
│ LLM UI │ │ Ollama LLM │
│ (Chainlit) │ │ │
└─────┬───────┘ └───────┬──────┘
│ │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│ LLM Client │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
│ │
┌─────┴───────┐ ┌──────┴───────┐
│ PDB MCP │ │ ChEMBL MCP │
│ Server │ │ Server │
└─────────────┘ └──────────────┘
快速开始
- 配置环境：
cp .env.example .env
- 启动服务：
make build
make up
- 启动web界面：
make run-chainlit
访问http://localhost:8000开始查询生物数据。
发展
- 使用
make help查看可用命令 - 每个服务都有自己的README，其中包含详细的文档
- 配置文件位于
conf/目录
描述
该项目包含多个模块，这些模块使用FastMCP框架与各种服务和API进行交互。每个模块都旨在执行特定的任务，可以使用Docker Compose独立或一起运行。该项目的主要重点是生物制剂，提供与蛋白质数据库（PDB）等生物数据源交互的工具和服务。
模块
LLM客户端
这 llm-client 该模块提供了一个与语言模型（LLM）服务器交互的客户端，以处理查询并利用可用工具。它使用FastMCP框架构建，支持异步操作 aiohttp.
有关更多详细信息，请参阅 LLM客户端自述文件.
蛋白质数据库
这 protein_data_bank_mcp 模块提供了一个与蛋白质数据库（PDB）API交互的服务器，以获取结构组装描述、化学成分、药物库注释、分支实体、非聚合物实体、聚合物实体、单核注释、结构、公开注释、PDB簇数据聚合、聚合群来源、PDB聚类数据聚合方法和成对聚合物界面描述。它使用FastMCP框架构建，支持异步操作 aiohttp.
有关更多详细信息，请参阅 蛋白质数据库自述.
码头工人
每个模块都提供了Docker文件来构建Docker镜像。
-
构建Docker镜像：
docker build -t <module-name> . -
运行Docker容器：
docker run --env-file .env <module-name>
Docker Compose
A. docker-compose.yml 提供文件以一起运行所有服务。
-
启动所有服务：
docker-compose up -d -
停止所有服务：
docker-compose down
生成文件
A. Makefile 以简化常见任务。
- 可用目标：
setup-env：设置初始环境。build：构建所有Docker镜像。up：使用docker compose启动所有服务。down：停止使用docker compose的所有服务。restart：使用docker compose重新启动所有服务。