PubMed论文搜索服务

PubMed MCP服务器

PubMed MCP服务器使用Python、FastAPI和FastMCP构建，用于使用NCBI电子实用程序搜索PubMed论文。

特性

• MCP工具 search_pubmed(query, max_results, retstart, sort) 用于纸张搜索
• MCP工具 get_pubmed_article(pmid) 获取完整元数据和摘要
• MCP工具 get_pubmed_abstract(pmid) 仅用于摘要检索
• MCP HTTP端点的可选承载令牌保护
• 可配置的MCP路由路径和NCBI请求速率限制

项目结构

• main.py：仅限最小入口点
• app/server.py：FastAPI/MCP应用程序组装和接线
• app/tools.py：MCP工具处理程序
• app/config.py：环境设置和承载认证中间件
• app/models.py：响应数据模型
• app/pubmed_client.py：PubMed电子实用程序客户端和XML解析

环境变量

复制并填写 .env.example 作为 .env:

• PUBMED_EMAIL：NCBI要求
• PUBMED_API_KEY：可选，提高吞吐量
• PUBMED_EUTILS_LIMIT：每秒请求数限制（默认值 10)
• MCP_HTTP_PATH：安装MCP的路径（默认 /pubmed-mcp)
• MCP_BEARER_TOKENS：逗号分隔的有效承载令牌

如果 MCP_BEARER_TOKENS 为空，身份验证已禁用。

跑

sh deploy-container.sh

健康检查

curl http://localhost:8001/health

MCP端点： <host>/pubmed-mcp 喜欢 http://127.0.0.1:8001/pubmed-mcp

安全扫描

安装所有依赖项，包括开发工具：

uv sync --dev

运行安全扫描：

bash security-scan.sh

工件生成于 security-scan-results/.

MCP配置

对于 开源代码

"pubmed-mcp": {
    "type": "remote",
    "url": "http://127.0.0.1:8001/pubmed-mcp",
    "oauth": false,
    "headers": {
        "Authorization": "Bearer your-mcp-token-1"
    }
}

对于 克莱恩:

"pubmed-mcp": {
    "autoApprove": [],
    "disabled": false,
    "timeout": 60,
    "type": "streamableHttp",
    "url": "http://127.0.0.1:8001/pubmed-mcp",
    "headers": {
    "Authorization": "Bearer your-mcp-token-1"
    }
}

备注

• 此服务器使用NCBI E-utility API终结点(esearch, esummary, efetch).
• 保持你的 PUBMED_EMAIL 有效并遵循NCBI使用指南：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25497/
• 检查 E-utilities Quick Start 有关NCBI使用指南：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/#chapter1.For_More_Information_8
• 检查 A General Introduction to the E-utilities 有关NCBI使用指南：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25497/

安全扫描摘要

安全详细信息

示例

临床试验