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基因组数据查询服务器

BV-BRC数据MCP服务器是一个基于Flask的模型上下文协议服务器，通过bvbrc-solr-python-api模块提供对BV-BRC（细菌和病毒生物信息学资源中心）数据的访问，包括基因组和基因组特征数据的查询功能。

  • by bparrello
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 bparrello/bvbrc-data-mcp-server

使用说明

BV-BRC数据MCP服务器

一个模型上下文协议（MCP）服务器，通过bvbrc solr python api模块提供对BV-BRC（细菌和病毒生物信息学资源中心）数据的访问。

特性

  • 获取基因组和基因组特征数据
  • 各种BV-BRC数据类型的查询功能
  • 针对不同数据类别的模块化工具架构
  • 基于Flask的MCP服务器实现

安装

先决条件

  • Python>=3.10
  • 点

安装所需依赖项

  1. 创建并激活虚拟环境：
python3 -m venv .venv
source .venv/bin/activate

首先，安装bvbrc-python-api依赖关系：

  1. 克隆 bvbrc python api仓库:
git clone https://github.com/cucinellclark/bvbrc-python-api.git
cd bvbrc-python-api
  1. 安装bvbrc python api包：
pip install -U pip
pip install -e .

安装此MCP服务器

安装bvbrc-python-api依赖关系后，安装MCP服务器：

git clone https://github.com/cucinellclark/bvbrc-data-mcp-server.git
cd bvbrc-data-mcp-server
pip install -r requirements.txt

配置

服务器使用 config.json 配置文件：

{
    "base_url": "https://www.bv-brc.org/api-bulk",
    "mcp_url": "127.0.0.1",
    "port": 8059,
    "default_limit": 1000,
    "auth_url": "https://user.patricbrc.org/authenticate"
}

用法

运行MCP服务器：

python http_server.py

服务器将在端口8059上启动（可在中配置 config.json).

或者为Claude和Cursor设置mcp服务器配置文件：

{
  "mcpServers": {
    "bvbrc-data": {
      "command": "/path/to/python3",
      "args": ["/path/to/bvbrc-data-mcp-server/stdio_server.py"],
      "env": {
        "BVBRC_BASE_URL": "https://www.bv-brc.org/api-bulk",
        "BVBRC_DEFAULT_LIMIT": "1000"
      }
    }
  }
}

健康检查

服务器在以下位置提供健康检查端点 /health 返回服务器状态。

依赖项

  • flaskmcp
  • httpx>=0.28
  • bvbrc solr python api

许可证

此项目是BV-BRC MCP服务器集合的一部分。

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