AI导哈

化学结构解析服务

一个基于RDKit和Claude AI的化学结构解析服务，能够从SMILES字符串中提取并计算分子特性，如分子量、分子式和LogP值等。

  • by blue-sugar
  • Python
  • 本地部署
  • 更新于
在 GitHub 查看 blue-sugar/chem-mcp-server

使用说明

chem-mcp服务器

化学结构分析FastMCP服务器

概要

此项目包括：SMILES为了分析标记的化学结构，提供分子特性MCP服务器。RDKit利用分子特性计算Claude AI联合加强化学信息处理。

机能

  • SMILES字符串提取和验证
  • 分子特性的计算（分子量、分子式、LogP值等）
  • Claude化学结构解析

开发环境设置

必要条件

  • Windows+WSL Ubuntu
  • Python （3.12实施）
  • 紫外线
  • 克劳德桌面

安装说明

  1. 克隆存储库
git clone https://github.com/blue-sugar/chem-mcp-server.git
cd chem-mcp-server
  1. 创建虚拟环境并安装依赖包
uv venv
uv pip sync
  1. 服务器启动脚本（run_server.sh）的编辑

/path/to/chem-mcp-server已修改为适当的路径。

克劳德桌面との連携

  1. 自环境的claude_desktop_config.json的，之mcpServers以下为：
"chemistry_properties_tools": {
  "command": "wsl.exe",
  "args": [
    "-d",
    "Ubuntu",
    "zsh",
    "-c",
    "/path/to/run_chem_prop_server.sh"
  ]
}
  1. Claude Desktop启动

使用方法

Claude的对话SMILES打开<smi></smi>通过标记包围，可以解析其化学结构。 （<smi></smi>即使不被标记包围SMILES虽然可以认识到，但是没有验证是什么程度的精度。在这里SMILES来定义自定义外观。）

入力：

アスピリン <smi>CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O</smi> の分子量と脂溶性を教えてください。

出力：

アスピリン（アセチルサリチル酸）の計算結果は以下のとおりです：

分子量
分子式: C₉H₈O₄
分子量: 180.159 g/mol

脂溶性
LogP値: 1.31

LogP値（またはオクタノール/水分配係数の対数値）は1.31であり、これはアスピリンが中程度の脂溶性を持つことを示しています。LogP値が正の値であることから、アスピリンは水相よりも油相（オクタノール）にやや溶けやすい性質を持っていることがわかります。
このLogP値は、アスピリンが生体内でどのように吸収・分布するかに影響します。適度な脂溶性により、アスピリンは消化管から吸収されやすく、また血液脳関門のような生体膜も通過することができます。
分子量が比較的小さく（180 g/mol未満）、LogP値が適度な範囲内にあることから、アスピリンはリピンスキーの5原則を満たす医薬品としての特性を持っています。

可用功能

  • extract_and_analyze_smiles从文本<smi></smi>标记SMILES提取字符串
  • get_detailed_properties：计算以下详细的分子特性
    • 分子式
    • 分子量
    • 精密质量
    • 重原子数
    • 総原子数
    • 环数
    • 可旋转连接数
    • 水素結合供与体数
    • 水素結合受容体数
    • LogP値（脂溶性）

技术详细

server.py主要组件包括：

  1. FastMCP服务器初始化
  2. SMILES字符串提取和验证功能
  3. 分子特性计算工具

RDKit使用程序库进行化学计算，将结果JSON格式导出文件时，将会显示此对话框。